Ифнс госпошлина: Государственная пошлина | ФНС России

Содержание

Государственная пошлина | ФНС России

Наименование доходов

Коды бюджетной классификации

Государственная пошлина за государственную регистрацию юридического лица,  физических лиц  в качестве индивидуальных предпринимателей, изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, за государственную регистрацию ликвидации юридического лица и другие юридически значимые действия (сумма платежа (перерасчеты, недоимка и задолженность по соответствующему платежу, в том числе по отмененному)

182 1 08 07010 01 1000 110

Государственная пошлина за государственную регистрацию юридического лица, физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей, изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, за государственную регистрацию ликвидации юридического лица и другие юридически значимые действия (при обращении через многофункциональные центры) 

182 1 08 07010 01 8000 110

Государственная пошлина за право использования наименований «Россия», «Российская Федерация» и  образованных на их основе слов и словосочетаний в наименованиях юридических лиц (сумма платежа (перерасчеты, недоимка и задолженность по соответствующему платежу, в том числе по отмененному)

182 1 08 07030 01 1000 110

Государственная пошлина за совершение действий, связанных с лицензированием, с проведением аттестации в случаях, если такая аттестация предусмотрена законодательством Российской Федерации, зачисляемая в федеральный бюджет (государственная пошлина за предоставление лицензии)

182 1 08 07081 01 0300 110

Государственная пошлина за совершение действий, связанных с лицензированием, с проведением аттестации в случаях, если такая аттестация предусмотрена законодательством Российской Федерации, зачисляемая в федеральный бюджет (государственная пошлина за переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, и (или) приложения к такому документу в связи с внесением дополнений в сведения об адресах мест осуществления лицензируемого вида деятельности, о выполняемых работах и  об оказываемых услугах в составе лицензируемого вида деятельности, в том числе о реализуемых образовательных программах)

182 1 08 07081 01 0400 110

Государственная пошлина за совершение действий, связанных с лицензированием, с проведением аттестации в случаях, если такая аттестация предусмотрена законодательством Российской Федерации, зачисляемая в федеральный бюджет (государственная пошлина за переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, и (или) приложения к такому документу в других случаях)

182 1 08 07081 01 0500 110 

Государственная пошлина за совершение действий, связанных с лицензированием, с проведением аттестации в случаях, если такая аттестация предусмотрена законодательством Российской Федерации, зачисляемая в федеральный бюджет (государственная пошлина за выдачу дубликата документа, подтверждающего наличие лицензии)

182 1 08 07081 01 0700 110

Прочие государственные пошлины за государственную регистрацию, а также за совершение прочих юридически значимых действий (государственная пошлина за совершение прочих юридически значимых действий)

182 1 08 07200 01 0039 110

Государственная пошлина за повторную выдачу свидетельства о постановке на учет в налоговом органе (сумма платежа (перерасчеты, недоимка и задолженность по соответствующему платежу, в том числе по отмененному)

182 1 08 07310 01 1000 110

Государственная пошлина за рассмотрение заявления о заключении соглашения о ценообразовании, заявления о внесении изменений в соглашение о ценообразовании (сумма платежа (перерасчеты, недоимка и задолженность по соответствующему платежу, в том числе по отмененному)

182 1 08 07320 01 1000 110

Государственная пошлина за повторную выдачу свидетельства о постановке на учет в налоговом органе (при обращении через многофункциональные центры)

182 1 08 07310 01 8000 110

Государственная пошлина за государственную регистрацию юридического лица, физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей, изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, за государственную регистрацию ликвидации юридического лица и другие юридически значимые действия (при обращении в электронной форме и выдаче через многофункциональные центры)

182 1 08 07010 01 8001 110

Государственная пошлина за повторную выдачу свидетельства о постановке на учет в налоговом органе (при обращении в электронной форме и выдаче через многофункциональные центры)

182 1 08 07310 01 8001 110

Плата за предоставление сведений и документов, содержащихся в Едином государственном реестре юридических лиц и в Едином государственном реестре индивидуальных предпринимателей (при обращении в электронной форме и выдаче через многофункциональные центры)

182 1 13 01020 01 8001 130

Плата за предоставление информации, содержащейся в государственном информационном ресурсе бухгалтерской (финансовой) отчетности (федеральные государственные органы, Банк России, органы управления государственными внебюджетными фондами Российской Федерации)

182 1 13 01600 01 6000 130

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в арбитражных судах (государственная пошлина, уплачиваемая при обращении в суды)

182 1 08 01000 01 1050 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в арбитражных судах (государственная пошлина, уплачиваемая на основании судебных актов по результатам рассмотрения дел по существу)

182 1 08 01000 01 1060 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым Конституционным Судом Российской Федерации (государственная пошлина, уплачиваемая при обращении в суды)

182 1 08 02010 01 1050 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым Конституционным Судом Российской Федерации (государственная пошлина, уплачиваемая на основании судебных актов по результатам рассмотрения дел по существу)

182 1 08 02010 01 1060 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым конституционными (уставными) судами субъектов Российской Федерации (государственная пошлина, уплачиваемая при обращении в суды)

182 1 08 02020 01 1050 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым конституционными (уставными) судами субъектов Российской Федерации (государственная пошлина, уплачиваемая на основании судебных актов по результатам рассмотрения дел по существу)

182 1 08 02020 01 1060 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (государственная пошлина, уплачиваемая при обращении в суды)

182 1 08 03010 01 1050 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (государственная пошлина, уплачиваемая на основании судебных актов по результатам рассмотрения дел по существу)

182 1 08 03010 01 1060 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации  (государственная пошлина, уплачиваемая при обращении в суды)

182 1 08 03020 01 1050 110

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым Верховным Судом Российской Федерации (государственная пошлина, уплачиваемая на основании судебных актов по результатам рассмотрения дел по существу)

182 1 08 03020 01 1060 110

Реквизиты для оплаты госпошлины

yle=»width: 500. 75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 503.05pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm 1.4pt; height: 34.45pt; border-color: currentcolor windowtext windowtext; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 501.6pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm 1.4pt; height: 13pt; border-color: currentcolor windowtext windowtext; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500. 75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500.75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500.75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500. 75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500.75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500.7pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

yle=»width: 500. 75pt; border-image: none 100% / 1 / 0 stretch; padding: 0cm; height: 13pt; border-color: currentcolor black black; border-style: none solid solid; border-width: medium 1pt 1pt;» valign=»bottom»>

Государственная пошлина по делам, рассматриваемым в судах общей юрисдикции, мировыми судьями (за исключением Верховного Суда Российской Федерации) (сумма платежа)

Отменена госпошлина за регистрацию юрлиц при электронной подаче документов в ФНС

СОГЛАШЕНИЕ О ПРЕДОСТАВЛЕНИИ И ИСПОЛЬЗОВАНИИ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ

Настоящее соглашение регламентирует отношения между АО «Аналитический центр» и физическим лицом (Пользователь) и вступает в силу с момента принятия Пользователем условий настоящего соглашения. При несогласии Пользователя с хотя бы одним из пунктов соглашения, Пользователь не имеет права дальнейшей регистрации. Продолжение процедуры регистрации говорит о полном и безоговорочном согласии с настоящим соглашением.

ТЕРМИНЫ И ОПРЕДЕЛЕНИЯ

Регистрация — процедура, в ходе которой Пользователь предоставляет достоверные данные о себе по утвержденной форме регистрации (регистрационная карта). Прохождение процедуры регистрации говорит о том, что Стороны полно и безоговорочно согласились с условиями настоящего соглашения.

Персональные данные Пользователя — данные, используемые для идентификации личности, добровольно указанные Пользователем при прохождении регистрации. Данные хранятся в базе данных на сервере АО «Аналитический центр» и подлежат использованию исключительно в соответствии с настоящим соглашением и законодательством РФ.

ИСПОЛЬЗОВАНИЕ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ

Мы используем персональные данные Пользователя только для тех целей, которые указываются при их сборе. Мы не используем персональные данные для других целей без согласия Пользователя. Мы можем использовать персональные данные Пользователя для следующих целей:

  • Для организации выдачи Пользователю электронной цифровой подписи в рамках сети Аккредитованных при Некоммерческой организации «Ассоциация Электронных Торговых Площадок» Удостоверяющих центров, а также ее обслуживания и оказания сопутствующих услуг;
  • Для обратной связи с Пользователем в целях предоставления услуги или информации, в том числе посредством рассылки рекламных, информационных и (или) иных материалов АО «Аналитический Центр» на указанную электронную почту. Отказаться от рассылки рекламных, информационных и (или) иных материалов АО «Аналитический Центр» можно нажав на соответствующую кнопку в нижнем колонтитуле любого письма в рамках такой рассылки;
  • Для ответов на запросы Пользователя в службу поддержки;
  • Для выполнения обязательств по договорам.

Для использования персональных данных для любой иной цели мы запрашиваем подтверждение Пользователя. Пользователь соглашается, что АО «Аналитический центр» оставляет за собой право использовать его персональные данные анонимно и в обобщенном виде для статистических целей.

ОБЯЗАТЕЛЬСТВА ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ ПО РЕГИСТРАЦИИ

Пользователь соглашается предоставить правдивую, точную и полную информацию о себе по вопросам, предлагаемым в регистрационной карте. Если Пользователь предоставляет неверную информацию, АО «Аналитический центр» имеет право приостановить либо отменить регистрацию.

ПРЕДОСТАВЛЕНИЕ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ ТРЕТЬИМ ЛИЦАМ

АО «Аналитический центр» не передает персональные данные третьим лицам для маркетинговых целей без разрешения Пользователя.

АО «Аналитический центр» может передавать персональные данные Пользователя компаниям, аффилированным по отношению к АО «Аналитический центр», для обработки и хранения. Пользователь соглашается с тем, что АО «Аналитический центр» передает персональные данные Пользователя уполномоченным организациям для создания и выдачи электронной подписи, выполнения требуемых услуг и операций.

АО «Аналитический центр» предоставляем третьим лицам объем персональных данных, необходимый для оказания требуемой услуги или транзакции. При необходимости АО «Аналитический центр» можем использовать персональные данные Пользователя для ответа на претензии, исковые заявления.

АО «Аналитический центр» можем собирать и, при необходимости, передавать уполномоченным органам имеющуюся в нашем распоряжении информацию для расследования, предотвращения и пресечения любых незаконных действий. АО «Аналитический центр» вправе раскрывать любые персональные данные по запросам правоохранительных органов, решению суда и в прочих случаях, предусмотренных законодательством РФ.

С целью предоставления дополнительной информации, оказания услуг, Пользователь можете быть направлен на другие ресурсы, содержащие информационные или функциональные ресурсы, предоставляемые третьими лицами.

Только в тех случаях, когда информация собирается от лица АО «Аналитический центр», использование данных Пользователя будет определяться политикой АО «Аналитический центр» в отношении конфиденциальности персональных данных. При предоставлении информации на других ресурсах будут использоваться политики в отношении конфиденциальности персональных данных, проводимые их владельцами.

АО «Аналитический центр» требует от своих партнеров использования политики в отношении конфиденциальности персональных данных, согласующихся с политикой АО «Аналитический центр».

БЕЗОПАСНОСТЬ ВАШИХ ПЕРСОНАЛЬНЫХ ДАННЫХ

АО «Аналитический центр» использует технологии безопасности, процедуры и организационные меры для защиты персональных данных Пользователя от несанкционированного доступа, использования или разглашения.

АО «Аналитический центр» стремится защитить персональные данные Пользователя, но не может гарантировать безопасность передаваемых данных.

АО «Аналитический центр» рекомендует принимать все меры по защите ваших персональных данных при работе в Интернете. Часто меняйте пароли, используйте сочетание букв и цифр при создании паролей и используйте защищенный браузер.

ХРАНЕНИЕ ДАННЫХ

АО «Аналитический центр» не хранит персональные данные Пользователя дольше, чем необходимо для целей их сбора, или чем требуется в соответствии с действующими законами или правилами.

Государственная регистрация юридических лиц, индивидуальных предпринимателей и фермерских хозяйств В избранное

I. В случае предоставления государственной услуги по государственной регистрации создаваемого юридического лица заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации юридического лица при создании по форме №Р11001.
  2. Решение о создании юридического лица в виде протокола, договора или иного документа в соответствии с законодательством РФ.
  3. Учредительный документ юридического лица, за исключением случая, если юридическое лицо будет действовать на основании типового устава, предусмотренного подпунктом «е» пункта 1 статьи 5 Федерального закона от 08.08.2001 №129-ФЗ.
  4. Выписка из реестра иностранных юридических лиц соответствующей страны происхождения или иное равное по юридической силе доказательство юридического статуса иностранного юридического лица — учредителя.
  5. Договор с Международным олимпийским комитетом и (или) Международным паралимпийским комитетом или уполномоченными ими организациями — в случае использования олимпийской и (или) паралимпийской символики в наименовании юридического лица, его фирменном наименовании.
  6. Документ, подтверждающий присвоение выпуску (выпускам) акций регистрационного номера.

Уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения (предоставляется по желанию заявителя).

II. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРЮЛ записи о том, что юридическое лицо (юридические лица) находится (находятся) в процессе реорганизации, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем уведомление о начале процедуры реорганизации по форме №Р12003.
  2. Решение о реорганизации.

III. В случае предоставления государственной услуги по государственной регистрации юридического лица, создаваемого путем реорганизации (преобразования, слияния, разделения, выделения), заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Заявление о государственной регистрации в связи с завершением реорганизации юридического лица (юридических лиц), по форме №Р12016.
  2. Учредительный документ юридического лица, за исключением случая, если юридическое лицо будет действовать на основании типового устава, предусмотренного подпунктом «е» пункта 1 статьи 5 Федерального закона от 08.08.2001 №129-ФЗ.
  3. Договор о слиянии — в случаях, предусмотренных федеральными законами.
  4. Передаточный акт или разделительный баланс.
  5. Договор с Международным олимпийским комитетом и (или) Международным паралимпийским комитетом или уполномоченными ими организациями — в случае использования олимпийской и (или) паралимпийской символики в наименовании юридического лица, его фирменном наименовании при государственной регистрации юридического лица, создаваемого путем реорганизации (преобразования, слияния, разделения, выделения).
  6. Документ, подтверждающий присвоение выпуску или выпускам акций государственного регистрационного номера или идентификационного номера, в случае если юридическим лицом, создаваемым путем реорганизации, является акционерное общество.
  7. Документ, подтверждающий внесение изменений в решение о выпуске облигаций или иных (за исключением акций) эмиссионных ценных бумаг в части замены эмитента, в случае если реорганизуемым юридическим лицом является эмитент указанных эмиссионных ценных бумаг и в результате реорганизации его деятельность прекращается или в результате его реорганизации в форме выделения обязательства по эмиссионным ценным бумагам передаются юридическому лицу, создаваемому путем такого выделения.

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

IV. В случае предоставления государственной услуги по государственной регистрации изменений, вносимых в учредительные документы юридического лица, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении изменений по форме №Р13014.
  2. Решение о внесении изменений в учредительный документ юридического лица либо иное решение и (или) документы, являющиеся в соответствии с федеральным законом основанием для внесения данных изменений.
  3. Изменения, внесенные в учредительный документ юридического лица, или учредительный документ юридического лица в новой редакции.
  4. Документ, подтверждающий принятие Банком России решения о регистрации проспекта акций, если в учредительный документ юридического лица, являющегося непубличным акционерным обществом, внесены изменения о включении в его фирменное наименование указания на то, что оно является публичным.
  5. Документ, подтверждающий принятие Банком России решения об освобождении юридического лица, являющегося публичным акционерным обществом, от обязанности раскрывать информацию, предусмотренную законодательством Российской Федерации о ценных бумагах, если в учредительный документ юридического лица, являющегося акционерным обществом, внесены изменения об исключении из его фирменного наименования указания на то, что оно является публичным.
  6. Документ, подтверждающие наличие у юридического лица, либо лица, имеющего право без доверенности действовать от имени юридического лица, либо участника общества с ограниченной ответственностью, владеющего не менее чем пятьюдесятью процентами голосов от общего количества голосов участников данного общества, права пользования в отношении объекта недвижимости или его части, расположенных по адресу, относящемуся к месту нахождения, указанному в решении об изменении места нахождения юридического лица, — в случае изменения адреса юридического лица, при котором изменяется место нахождения юридического лица.
  7. Договор с Международным олимпийским комитетом и (или) Международным паралимпийским комитетом или уполномоченными ими организациями — в случае использования олимпийской и (или) паралимпийской символики в наименовании юридического лица, его фирменном наименовании.
  8. Решение об изменении места нахождения.
  9. Документы, подтверждающие наличие права пользования в отношении объекта недвижимости или его части, расположенных по новому адресу юридического лица (в том числе, в случае изменения адреса юридического лица, при котором изменяется место нахождения юридического лица).

V. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРЮЛ изменений, касающихся сведений о юридическом лице, но не связанных с внесением изменений в учредительные документы, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении изменений по форме №Р13014.
  2. Документы, подтверждающие основание перехода доли или части доли, —  в случае внесения в ЕГРЮЛ изменений, касающихся перехода доли или части доли в уставном капитале общества с ограниченной ответственностью.

VI. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРЮЛ изменений при реорганизации юридического лица в форме присоединения к нему другого юридического лица заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении записи о прекращении деятельности присоединенного юридического лица по форме №Р16003.
  2. Договор о присоединении.

VII. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРЮЛ изменений, касающихся сведений о том, что акционерное общество находится в процессе уменьшения уставного капитала, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении изменений в ЕГРЮЛ.
  2. Решение об уменьшении уставного капитала.

VIII. В случае внесения в ЕГРЮЛ изменений о том, что юридическим лицом принято решение об изменении места нахождения, для предоставления государственной услуги в инспекцию по месту нахождения юридического лица представляются:

  1. Подписанное заявителем уведомление о внесении изменений по форме №Р13014.
  2. Решение об изменении места нахождения.

IX. В случае предоставления государственной услуги при принятии решения о ликвидации юридического заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем уведомление о принятии решения о ликвидации юридического лица по форме №Р15016.
  2. Подписанное заявителем уведомление о формировании ликвидационной комиссии или о назначении ликвидатора.
  3. Подписанное заявителем уведомление о составлении промежуточного ликвидационного баланса.*

*Уведомление о составлении промежуточного ликвидационного баланса не может быть представлено в регистрирующий орган ранее срока:

  • установленного для предъявления требований кредиторами;
  • вступления в законную силу решения суда или арбитражного суда по делу (иного судебного акта, которым завершается производство по делу), по которому судом или арбитражным судом было принято к производству исковое заявление, содержащее требования, предъявленные к юридическому лицу, находящемуся в процессе ликвидации;
  • окончания выездной налоговой проверки, оформления ее результатов (в том числе рассмотрения ее материалов) и вступления в силу итогового документа по результатам этой проверки в соответствии с законодательством Российской Федерации о налогах и сборах в случае проведения в отношении юридического лица, находящегося в процессе ликвидации, выездной налоговой проверки.

X. В случае ликвидации юридического лица в результате принятия решения о ликвидации учредителями юридического лица заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р16001.
  2. Ликвидационный баланс.

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

XI. В случае государственной регистрации при прекращении унитарного предприятия в связи с продажей или внесением его имущественного комплекса в уставный капитал акционерного общества, учреждения в связи с внесением его имущества в уставный капитал акционерного общества, унитарного предприятия или учреждения в связи с передачей имущественного комплекса унитарного предприятия или имущества учреждения в собственность государственной корпорации в качестве имущественного взноса Российской Федерации заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении в ЕГРЮЛ записи о прекращении унитарного предприятия или учреждения по форме №Р16002.
  2. Решение об условиях приватизации имущественного комплекса унитарного предприятия или решение органа государственной власти, на основании которого осуществлены внесение имущественного комплекса унитарного предприятия или имущества учреждения в уставный капитал акционерного общества либо передача указанных имущественного комплекса или имущества в собственность государственной корпорации в качестве имущественного взноса Российской Федерации.

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

  • Копия документа, подтверждающего государственную регистрацию перехода права собственности на имущественный комплекс унитарного предприятия или на имущество учреждения.

XII. В случае ликвидации юридического лица через процедуру банкротства заявитель в обязательном порядке представляет:

  • Государственная регистрация осуществляется без участия заявителя на основании определения арбитражного суда о завершении конкурсного производства, поступившего в регистрирующий орган из арбитражного суда путем направления указанного определения заказным письмом с уведомлением о вручении либо в электронной форме с использованием информационно‑телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети Интернет.

XIII. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРЮЛ сведений о юридическом лице, зарегистрированном до вступления в силу Федерального закона от 08.08.2001 №129‑ФЗ:

  • Подписанное заявителем сообщение, содержащее сведения, предусмотренные подпунктами «а» — «д», «л» пункта 1 статьи 5 Федерального закона от 08.08.2001 №129‑ФЗ, по форме №17001.

XIV. В случае предоставления государственной услуги по государственной регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р21001.
  2. Копия основного документа физического лица, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (в случае если физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, является гражданином Российской Федерации).
  3. Копия документа, установленного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя (в случае если физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, является иностранным гражданином).
  4. Копия документа, предусмотренного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя (в случае если физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, является лицом без гражданства).
  5. Копия свидетельства о рождении физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, или копия иного документа, подтверждающего дату и место рождения указанного лица в соответствии с законодательством Российской Федерации или международным договором Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, не содержит сведений о дате и месте рождения указанного лица).
  6. Копия документа, подтверждающего право физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, временно или постоянно проживать в Российской Федерации (в случае если физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, является иностранным гражданином или лицом без гражданства).
  7. Подлинник или копия документа, подтверждающего в установленном законодательством Российской Федерации порядке адрес места жительства физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, в Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, или документа, подтверждающего право физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, временно или постоянно проживать в Российской Федерации, не содержит сведений о таком адресе).
  8. Нотариально удостоверенное согласие родителей, усыновителей или попечителя на осуществление предпринимательской деятельности физическим лицом, регистрируемым в качестве индивидуального предпринимателя, либо копия свидетельства о заключении брака физическим лицом, регистрируемым в качестве индивидуального предпринимателя, либо копия решения органа опеки и попечительства или копия решения суда об объявлении физического лица, регистрируемого в качестве индивидуального предпринимателя, полностью дееспособным (в случае если физическое лицо, регистрируемое в качестве индивидуального предпринимателя, является несовершеннолетним).
  9. Решение комиссии по делам несовершеннолетних и защите их прав, созданной высшим исполнительным органом государственной власти субъекта Российской Федерации, о допуске к предпринимательской деятельности в сфере образования, воспитания, развития несовершеннолетних, организации их отдыха и оздоровления, медицинского обеспечения, социальной защиты и социального обслуживания, в сфере детско-юношеского спорта, культуры и искусства с участием несовершеннолетних (в случае если в отношении данного физического лица принято такое решение в соответствии с абзацем третьим пункта 4 статьи 22.1 Федерального закона от 08.08.2001 №129-ФЗ).
  10. Уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения (предоставляется по желанию заявителя).

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

  • Справка о наличии (отсутствии) судимости и (или) факта уголовного преследования либо о прекращении уголовного преследования по реабилитирующим основаниям, выданная физическому лицу, регистрируемому в качестве индивидуального предпринимателя, в порядке и по форме, которые устанавливаются федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке и реализации государственной политики и нормативно‑правовому регулированию в сфере внутренних дел (в случае если данное физическое лицо намерено осуществлять определенные виды предпринимательской деятельности, указанные в подпункте «к» пункта 1 статьи 22. 1 Федерального закона от 08.08.2001 №129‑ФЗ).

Уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения (предоставляется по желанию заявителя).

XV. В случае предоставления государственной услуги по внесению изменений в сведения об индивидуальном предпринимателе, содержащиеся в ЕГРИП, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении в ЕГРИП изменений по форме №Р24001.
  2. Копия документа, подтверждающего изменение ранее внесенных в ЕГРИП сведений о фамилии, имени, отчестве, документе, удостоверяющем личность, месте жительства индивидуального предпринимателя — иностранного гражданина или лица без гражданства.
  3. Решение комиссии по делам несовершеннолетних и защите их прав, созданной высшим исполнительным органом государственной власти субъекта Российской Федерации, о допуске к предпринимательской деятельности в сфере образования, воспитания, развития несовершеннолетних, организации их отдыха и оздоровления, медицинского обеспечения, социальной защиты и социального обслуживания, в сфере детско‑юношеского спорта, культуры и искусства с участием несовершеннолетних (в случае если в отношении данного физического лица принято такое решение).
  4. Документ, удостоверяющий личность.
  5. Документ, подтверждающий адрес места жительства (пребывания) индивидуального предпринимателя на территории Санкт-Петербурга.

XVI. В случае предоставления государственной услуги при прекращения физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с принятием им решения о прекращении данной деятельности заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р26001.
  2. Документ, удостоверяющий личность.
  3. Документ, подтверждающий адрес места жительства (пребывания) индивидуального предпринимателя на территории Санкт-Петербурга.

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

XVII. В случае предоставления государственной услуги по государственной регистрации крестьянского (фермерского) хозяйства заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р21002.
  2. Копия основного документа физического лица, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства, является гражданином Российской Федерации).
  3. Копия документа, установленного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина, являющегося главой крестьянского (фермерского) хозяйства (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является иностранным гражданином).
  4. Копия документа, предусмотренного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства, являющегося главой крестьянского (фермерского) хозяйства (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является лицом без гражданства).
  5. Копия свидетельства о рождении главы крестьянского (фермерского) хозяйства, или копия иного документа, подтверждающего дату и место рождения указанного лица в соответствии с законодательством Российской Федерации или международным договором Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность главы крестьянского (фермерского) хозяйства, не содержит сведений о дате и месте рождения указанного лица).
  6. Копия документа, подтверждающего право главы крестьянского (фермерского) хозяйства временно или постоянно проживать в Российской Федерации (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является иностранным гражданином или лицом без гражданства).
  7. Подлинник или копия документа, подтверждающего в установленном законодательством Российской Федерации порядке адрес места жительства главы крестьянского (фермерского) хозяйства в Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность главы крестьянского (фермерского) хозяйства, или документа, подтверждающего право главы крестьянского (фермерского) хозяйства временно или постоянно проживать в Российской Федерации, не содержит сведений о таком адресе).
  8. Нотариально удостоверенное согласие родителей, усыновителей или попечителя на осуществление главой крестьянского (фермерского) хозяйства предпринимательской деятельности, либо копия свидетельства о заключении брака главой крестьянского (фермерского) хозяйства, либо копия решения органа опеки и попечительства или копия решения суда об объявлении главы крестьянского (фермерского) хозяйства, полностью дееспособным (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства, является несовершеннолетним).
  9. Уведомление о переходе на упрощенную систему налогообложения (предоставляется по желанию заявителя).

XVIII. В случае предоставления государственной услуги по внесению изменений в сведения о крестьянском (фермерском) хозяйстве, содержащиеся в ЕГРИП, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о внесении изменений с сведения, содержащиеся в ЕГРИП, по форме №Р24002.
  2. Копия документа, подтверждающего изменение ранее внесенных в ЕГРИП сведений о фамилии, имени, отчестве, документе, удостоверяющем личность, месте жительства главы крестьянского (фермерского) хозяйства — иностранного гражданина или лица без гражданства.
  3. Документ, подтверждающий адрес места жительства (пребывания) физического лица на территории Санкт-Петербурга.

XIX. В случае предоставления государственной услуги при прекращении крестьянского (фермерского) хозяйства по решению его членов заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р26002.
  2. Документ, подтверждающий адрес места жительства (пребывания) физического лица на территории Санкт-Петербурга.

Заявитель вправе по собственной инициативе представить:

  1. Документ, подтверждающий представление в территориальный орган Пенсионного фонда Российской Федерации сведений в соответствии с подпунктами 1 — 8 пункта 2 статьи 6 и пунктом 2 статьи 11 Федерального закона от 01.04.1996 №27‑ФЗ и в соответствии с частью 4 статьи 9 Федерального закона от 30.04.2008 №56‑ФЗ.

XX. В случае предоставления государственной услуги по внесению в ЕГРИП записи о крестьянском (фермерском) хозяйстве, зарегистрированном до вступления в силу части первой Гражданского кодекса Российской Федерации, заявитель в обязательном порядке представляет:

  1. Подписанное заявителем заявление о государственной регистрации по форме №Р27002.
  2. Копия основного документа физического лица, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации на территории Российской Федерации (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства, является гражданином Российской Федерации).
  3. Копия документа, установленного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность иностранного гражданина, являющегося главой крестьянского (фермерского) хозяйства (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является иностранным гражданином).
  4. Копия документа, предусмотренного федеральным законом или признаваемого в соответствии с международным договором Российской Федерации в качестве документа, удостоверяющего личность лица без гражданства, являющегося главой крестьянского (фермерского) хозяйства (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является лицом без гражданства).
  5. Копия свидетельства о рождении главы крестьянского (фермерского) хозяйства, или копия иного документа, подтверждающего дату и место рождения указанного лица в соответствии с законодательством Российской Федерации или международным договором Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность главы крестьянского (фермерского) хозяйства, не содержит сведений о дате и месте рождения указанного лица).
  6. Копия документа, подтверждающего право главы крестьянского (фермерского) хозяйства временно или постоянно проживать в Российской Федерации (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является иностранным гражданином или лицом без гражданства).
  7. Подлинник или копия документа, подтверждающего в установленном законодательством Российской Федерации порядке адрес места жительства главы крестьянского (фермерского) хозяйства в Российской Федерации (в случае если представленная копия документа, удостоверяющего личность главы крестьянского (фермерского) хозяйства, или документа, подтверждающего право главы крестьянского (фермерского) хозяйства временно или постоянно проживать в Российской Федерации, не содержит сведений о таком адресе).
  8. Нотариально удостоверенное согласие родителей, усыновителей или попечителя на осуществление главой крестьянского (фермерского) хозяйства предпринимательской деятельности, либо копия свидетельства о заключении брака главой крестьянского (фермерского) хозяйства, либо копия решения органа опеки и попечительства или копия решения суда об объявлении главы крестьянского (фермерского) хозяйства полностью дееспособным (в случае если глава крестьянского (фермерского) хозяйства является несовершеннолетним).
  9. Документ, подтверждающий адрес места жительства (пребывания) физического лица на территории Санкт-Петербурга.

Комментарий:

  1. В случае ликвидации юридического лица через процедуру банкротства государственная регистрация осуществляется без участия заявителя на основании определения арбитражного суда о завершении конкурсного производства, поступившего в регистрирующий орган из арбитражного суда путем направления указанного определения заказным письмом с уведомлением о вручении либо в электронной форме с использованием информационно‑телекоммуникационных сетей общего пользования, в том числе сети Интернет.
  2. Необходимые для государственной регистрации заявление, уведомление или сообщение удостоверяются подписью заявителя, подлинность которой должна быть засвидетельствована в нотариальном порядке. Свидетельствование в нотариальном порядке подписи заявителя не требуется в случае:
  • представления документов, указанных в п.I, непосредственно в регистрирующий орган лично заявителем с представлением одновременно документа, удостоверяющего его личность;
  • представления документов, указанных в п.XIV, XV и XVI, в регистрирующий орган непосредственно лично заявителем с представлением одновременно документа, удостоверяющего его личность;
  • направления документов в регистрирующий орган в установленном порядке в форме электронных документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью заявителя.

Необходимо обязательно предоставить адрес электронной почты.

границ | Интерферон I типа регулирует выживаемость и функциональность В-клеток радужной форели

Введение

Интерфероны (IFN) представляют собой мощные противовирусные цитокины, индуцируемые в ходе вирусных инфекций, которые подразделяются на три класса (типы I, II и III) на основе используемых рецепторов, их геномной организации, последовательности или структурной гомологии (1). Хотя IFN типа I и типа II первоначально были разделены на основе клеток, ответственных за их продукцию, теперь очевидно, что они различаются на многих уровнях.Оба типа цитокинов участвуют в ответе на вирусную инфекцию, но, хотя IFN типа I хорошо известны своим противовирусным действием, IFN типа II играют иммунорегуляторные функции во время инфекции (2, 3). Таким образом, IFN типа I составляют большое семейство близкородственных цитокинов, классифицируемых у млекопитающих как IFNα, IFNβ, IFNε, IFNκ, IFNω, IFNδ, IFNζ и IFNτ (3, 4). Эти цитокины продуцируются почти каждым типом клеток при распознавании вируса или вирусоподобного стимула. После секреции эти IFN связываются со своим рецептором на поверхности клетки и инициируют сигнальный каскад, который в конечном итоге приводит к регуляции транскрипции сотен стимулированных IFN генов (ISG) [обзор в (5)].Среди этих IFN-индуцированных белков типа I многие из них, такие как белки устойчивости к миксовирусу (Mx), напрямую препятствуют репликации вируса (6). С другой стороны, IFNγ, единственный IFN типа II, обнаруженный у млекопитающих, секретируется почти исключительно NK- и T-лимфоцитами в ответ на определенные цитокины (7). Было показано, что IFNγ индуцирует продукцию оксида азота (NO), фагоцитоз и секрецию провоспалительных цитокинов макрофагов, способствуя их поляризации до фенотипа M1 (8). IFNγ также играет важную роль в презентации антигена, поскольку он увеличивает экспрессию MHC II и созревание макрофагов и дендритных клеток (ДК) (8, 9).Интересно, что хотя только ограниченная часть клеток экспрессирует IFNγ, его рецептор экспрессируется повсеместно, и благодаря этому взаимодействию IFNγ также способен вызывать противовирусные эффекты, аналогичные тем, которые вызываются IFN типа I (10). С другой стороны, IFN млекопитающих типа III представляют собой группу из четырех цитокинов, которые активируют сигнальный путь, аналогичный таковому для IFN типа I, через специфический рецептор (11, 12).

В дополнение к их прямому противовирусному действию на млекопитающих стало очевидным, что IFN типа I также играют плейотропные эффекты во время развития и дифференцировки B-клеток (13).У мышей, например, было показано, что IFNα / β увеличивает выживаемость B-клеток за счет уменьшения Fas-опосредованного апоптоза (14, 15) и усиливает ответы на лигирование рецепторов B-клеток (BCR), такие как мобилизация кальция, Интернализация IgM, индукция маркеров активации или пролиферация (14). Кроме того, IFN типа I значительно усиливают ответ B-клеток на лиганды Toll-подобного рецептора 7 (TLR7) (16) и действуют синергично с интерлейкином 6 (IL6), способствуя дифференцировке B-клеток в плазматические клетки, секретирующие антитела (17). .Таким образом, IFN млекопитающих типа I влияют на функции B-клеток посредством широкого спектра прямых эффектов или косвенно, регулируя DC или макрофаги, которые, в свою очередь, влияют на функциональность B-клеток (13, 18, 19). В этом контексте неудивительно, что прогрессирование системных аутоиммунных заболеваний, таких как системная красная волчанка (СКВ), часто связано с повышенной выработкой интерферона I типа (13), поскольку уровни интерферона у пациентов с СКВ коррелируют с производством аутоантител (20).

Костистые рыбы также обладают множеством IFN типа I, количество которых варьируется в зависимости от вида рыб [обзор в (21)].Число генов IFN типа I особенно велико в определенных линиях костистых, таких как лососевые, возможно, как следствие дополнительной дупликации всего генома (WGD), которая имела место на протяжении всей эволюции в этой линии. IFN рыб типа I можно филогенетически разделить на три основные группы (22), разделенные на 6 подгрупп (a, b, c, d, e и f) у лососевых. IFNa, IFNd и IFNe относятся к группе I, IFNb и IFNc — к группе II, а IFNf — к группе III, с множественными генами, присутствующими в большинстве подгрупп (23).Важно уточнить, что IFNa и IFNb не являются ортологами IFNα и IFNβ млекопитающих. К настоящему времени подтверждена противовирусная активность нескольких IFN костистого типа I, включая IFNa, IFNb и IFNc (24–26). Напротив, IFNd проявлял небольшую противовирусную активность или не проявлял ее вовсе у лосося (или рыбок данио) (25, 26). Хотя существует единственный ген для IFNγ в большинстве групп позвоночных, опять же как следствие WGD, два гена обнаружены у лососевых и карповых (27, 28). Хотя на этих видах было проведено мало функциональных исследований относительно того, существуют ли различия между двумя паралогами IFNγ, несколько независимых исследований транскрипции не выявили серьезных различий в отношении их регуляторных механизмов (27, 29-31).Интересно, что некоторые виды костистых тел [обзор в (32)] имеют дополнительный IFNγ-подобный ген, обозначенный как IFNγ-rel, который предположительно произошел в результате тандемной дупликации костистых костей. Что касается биоактивности IFNγ и IFNγ-rel, большинство анализов, проведенных до сих пор на костистых костях, были в основном сосредоточены на анализе его эффектов на макрофаги [см. Обзор (32)].

У костистых рыб к настоящему времени описаны три класса Ig: IgM, IgD и IgT (специфический для костистых рыб Ig), которые определяют различные подмножества B-клеток.IgM + IgD + составляют основной тип В-клеток в центральных иммунных тканях, таких как периферическая кровь, селезенка и головная почка (главный орган кроветворения). Как описано у млекопитающих, после активации эти наивные клетки теряют экспрессию поверхностного IgD, превращаясь в клетки IgM + IgD (33). Кроме того, как также сообщалось в конкретных компартментах слизистой оболочки человека и мышей (34–36), В-клетки, экспрессирующие исключительно IgD на клеточной поверхности, были идентифицированы в крови сома ( Ictalurus punctatus ) (37) и радужной форели ( Oncorhynchus mykiss ). ) жабры (38) и кишечник (39).Функция этих клеток до сих пор неизвестна. Клетки IgT + , с другой стороны, составляют отдельный клон B-клеток, который, по-видимому, специализируется на ответах слизистой оболочки, поскольку соотношение B-клеток IgT + к IgM + IgD + B-клеток выше в поверхности слизистой оболочки, и было показано, что ответы IgT ограничиваются компартментами слизистой оболочки в ответ на некоторые инфекции (40, 41). Интересно, что В-клетки IgM + IgD + рыб обладают многими фенотипическими и функциональными характеристиками, присущими В1-клеткам млекопитающих (42, 43), врожденным В-клеткам, которые немедленно реагируют на антигены с образованием естественных антител, которые препятствуют репликации патогенов. пока не установится специфический иммунный ответ (44).В этом контексте представлялось весьма актуальным установить, как наивные рыбьи IgM + IgD + B-клетки реагируют на врожденные сигналы, производимые на ранних стадиях патогенного воздействия, такие как IFN.

На сегодняшний день вопрос о том, влияют ли IFN типа I или II на функциональность B-клеток, был рассмотрен только у рыб в одном исследовании, в котором было показано, что IFN типа I камбалы ( Paralichthys olivaceus ) усиливает фагоцитарную способность B-клеток IgM + . а также производство ими активных форм кислорода (АФК) (45).В текущем исследовании мы изучили влияние IFN типа I и типа II на B-клетки IgM + , используя радужную форель ( Oncorhynchus mykiss ) в качестве модельного вида. Для этого мы стимулировали лейкоциты периферической крови радужной форели (PBL) рекомбинантными IFNa и IFNγ форели (rIFNa и rIFNγ), а затем изучили различные функции наивных B-клеток. Мы решили провести эти исследования с PBL, так как у радужной форели в крови обнаруживается более высокий процент В-клеток IgM + , IgD + , ~ 44% (46).Наши результаты демонстрируют, что, хотя IFNa регулирует многие аспекты функциональности B-клеток, IFN типа II оказывает лишь незначительное влияние на секрецию IgM. Воздействие IFNa форели на наивные В-клетки включает увеличение выживаемости за счет снижения апоптоза, усиление фагоцитарной способности и усиление секреции IgM и транскрипции Mx. Однако, в отличие от IFN типа I млекопитающих, IFNa форели не способен синергизировать с передачей сигналов BCR. Таким образом, это исследование демонстрирует, что, помимо прямого противовирусного воздействия, IFN костистого типа I играют важную роль в регуляции В-клеточных ответов, как у млекопитающих.Различия между эффектами, оказываемыми на млекопитающих и рыб, скорее всего, будут следствием значительных различий, существующих между обычными В-клетками млекопитающих и В-клетками рыб.

Материалы и методы

Экспериментальная рыба

Здоровая радужная форель ( Oncorhynchus mykiss ) весом ~ 50–70 г была получена из Piscifactoria Cifuentes (Сифуэнтес, Гвадалахара, Испания) и содержалась в помещениях для животных Центра исследований здоровья животных (CISA-INIA, Испания) в вентилируемом помещении. система рециркуляции воды при 15 ° C, фотопериод свет: темнота 12:12 ч.Рыбу кормили дважды в день коммерческой диетой (Skretting, Испания). Перед любой экспериментальной процедурой рыб акклиматизировали в лабораторных условиях в течение не менее 2 недель. В этот период клинических признаков заболевания не наблюдалось.

Выделение лейкоцитов

Радужную форель убивали бензокаином (Sigma-Aldrich), а кровь извлекали гепаринизированной иглой из хвостовой вены. Кровь разбавляли в 10 раз средой Лейбовица (L-15, Gibco), содержащей 100 I.Ед / мл пенициллина и 100 мкг / мл стрептомицина (P / S, Life Technologies), 10 МЕ / мл гепарина и 5% фетальной телячьей сыворотки (FCS, Thermo Fisher Scientific), а затем помещали на плотность 51% перколла (GE Healthcare). градиенты. Суспензии клеток центрифугировали при 400 × g в течение 30 мин при 4 ° C, интерфейсные клетки собирали и промывали L-15 с добавлением антибиотиков и 5% FCS. Концентрацию жизнеспособных клеток определяли путем исключения трипанового синего (Sigma-Aldrich), и клетки ресуспендировали в L-15 с 5% FCS в концентрации 2 × 10 6 клеток / мл.

Производство рекомбинантных интерферонов

rIFNa и rIFNγ получали, как описано ранее (47, 48). Оба рекомбинантных белка были экспрессированы в Escherichia coli BL21 Star (DE3) с помощью индукции изопропил-β-D-1-тиогалактопиранозидом (IPTG) и очищены в денатурирующих условиях с обширной промывкой буфером, содержащим Тритон X-100, для удаления липополисахарида (LPS) как описано ранее. Очищенные белки повторно упаковывали в буфере, содержащем 0,5 М аргинин, и повторно очищали в нативных условиях (47–49).Биоактивность была установлена ​​путем тестирования их способности индуцировать экспрессию специфических генов-мишеней, таких как Mx и CXCL11_L1 in vitro , в клеточных линиях радужной форели, таких как клеточная линия моноцитов / макрофагов радужной форели RTS11 (47, 48). Оба белка не влияли на экспрессию известных LPS-чувствительных генов, таких как IL1β и кателицидин-1 в клетках RTS11 (50), что подтверждает отсутствие контаминации LPS.

Стимуляция клеток

Лейкоциты периферической крови (PBL), суспендированные в среде L-15 с добавлением антибиотиков и 5% FCS, разливали в 24 (2 × 10 6 клеток / лунку) или 96-луночные планшеты (4 × 10 5 клеток. / well) (Nunc), в зависимости от эксперимента.RIFNa и rIFNγ использовали в конечных концентрациях 50 и 20 нг / мл, соответственно, после установления того, что это были концентрации, которые оказывали максимальные эффекты с точки зрения выживаемости В-клеток и экспрессии гена mx (данные не показаны). Эти концентрации соответствуют предыдущим результатам (47, 48, 51). Во все эксперименты были включены контроли, инкубированные только со средой. Лейкоциты культивировали при 20 ° C в течение разного времени в зависимости от эксперимента.

Проточная цитометрия

Клетки окрашивали IgM против форели [1.14 mAb мышиный IgG1, связанный с R-фикоэритрином (R-PE), 0,25 мкг / мл], IgD против форели [mAb мышиный IgG1, связанный с аллофикоцианином (APC), 4 мкг / мл] и β-цепь MHC II против форели [mAb мышиный IgG1, связанный с изотиоцианатом флуоресцеина (FITC), 4 мкг / мл] в течение 1 ч при 4 ° C, как описано ранее (52–54). Антитела флуоресцентно метили с использованием наборов для маркировки R-PE, APC или FITC Lightning-Link (Innova Biosciences) в соответствии с инструкциями производителя. После окрашивания клетки дважды промывали буфером для окрашивания (среда L-15 без фенолового красного с добавлением 2% FCS).Жизнеспособность клеток проверяли добавлением 4 ‘, 6-диамин-2’-фенилиндол дигидрохлорида (DAPI, 0,2 мкг / мл). Клетки анализировали на проточном цитометре FACS Celesta (BD Biosciences), оборудованном программным обеспечением BD FACSDiva ™. Анализ проточной цитометрии выполняли с помощью FlowJo V10 (TreeStar).

Пролиферация лейкоцитов

Набор для проточной цитометрии Click-iT ™ Plus EdU Alexa Fluor ™ 488 (Invitrogen ™) использовался для измерения пролиферации B-клеток IgM + IgD + в соответствии с инструкциями производителя.PBL инкубировали в течение 3 дней при 20 ° C в 96-луночных планшетах только с rIFN или средой. В некоторых экспериментах PBL также стимулировали немеченым моноклональным антителом (mAb) против IgM форели (клон 1.14, мышиный IgG1) в конечной концентрации 10 мкг / мл, чтобы вызвать перекрестное связывание BCR, как описано ранее (43). Через 3 дня к культурам добавляли 0,1 мкМ 5-этинил-2′-дезоксиуридина (EdU), которые затем инкубировали в течение 24 часов. После этого клетки собирали и окрашивали с помощью набора LIVE / DEAD ® Fixable Dead Cell Stain Kit (Invitrogen ™) в течение 30 минут при 4 ° C (в защищенном от света) для проверки жизнеспособности клеток в соответствии с инструкциями производителя.Впоследствии клетки окрашивали IgM против форели (1,14 mAb мышиный IgG1, связанный с R-PE, 0,25 мкг / мл) и IgD против форели (mAb мышиный IgG1, связанный с APC, 4 мкг / мл) в течение 1 ч при 4 ° С. C, как описано выше, и анализировали на проточном цитометре FACS Celesta.

Апоптоз

Анализ апоптоза выполняли с использованием набора для обнаружения апоптоза PE Annexin V (BD Pharmingen ™) в соответствии с инструкциями производителя. Вкратце, PBL инкубировали в течение 48 или 72 часов при 20 ° C в 96-луночных планшетах с rIFN или только со средой.После этого клетки окрашивали IgM против форели [1,14 mAb мышиного IgG1, связанного с FITC, 0,425 мкг / мл] в течение 20 мин при 4 ° C. После промывки окрашивающим буфером клетки центрифугировали при 400 × g в течение 5 минут при 4 ° C и 1,5 мкл PE Аннексина V и 4 мкл 7-аминоактиномицина D (7-AAD) на 200 мкл 1X Annex. V Binding Buffer добавлен к клеткам. Затем клетки инкубировали в течение 15 минут при комнатной температуре (RT) в темноте перед переносом в пробирки для проточной цитометрии (Falcon ® , 5 мл пробирка из полистирола с круглым дном, Corning), содержащие 400 мкл 1X буфера для связывания с приложением V, и анализировали в течение 1 ч на проточном цитометре FACS Celesta.

Фагоцитарная активность

PBL высевали в 24-луночные планшеты и инкубировали в течение 72 часов при 20 ° C с rIFN или только средой. Затем клетки собирали и ресуспендировали в среде L-15, дополненной антибиотиками без сыворотки, и инкубировали в течение 3 часов при 20 ° C с флуоресцентными шариками (микросферы, модифицированные карбоксилатом FluoSpheres ™, 1,0 мкм, малиновые флуоресцентные (625/645), 2% solids, Invitrogen ™) при соотношении ячейки: гранулы 1:10, как описано ранее (55). После периода инкубации клетки собирали осторожным пипетированием, и непроглоченные шарики удаляли центрифугированием (100 × г в течение 10 мин при 4 ° C) над подушкой из 3% (вес / объем) бычьего сывороточного альбумина ( BSA) лиофилизированный порошок ≥96% (Sigma-Aldrich) в PBS с добавлением 4.5% (вес / объем) D (+) — моногидрат глюкозы (Merck). Затем клетки ресуспендировали в буфере для окрашивания, метили анти-IgM-FITC (1,14) (0,425 мкг / мл) и анти-IgD-PE (40 мкг / мл) и анализировали на проточном цитометре FACS Celesta. Жизнеспособность клеток проверяли окрашиванием клеток DAPI (0,2 мкг / мл). В некоторых экспериментах цитохалазин B (0,05 мкг / мл) добавляли к клеткам непосредственно перед добавлением шариков для проверки активного фагоцитоза, как описано ранее (55). Анализ проточной цитометрии выполняли с помощью FlowJo V10, чтобы рассчитать соотношение между процентным содержанием фагоцитарных B-клеток IgM + в общей популяции B-клеток IgM + , соотношение между процентным содержанием высокофагоцитарных B-клеток IgM + среди общая популяция фагоцитарных В-клеток IgM + и средняя интенсивность флуоресценции (MFI) интернализованных гранул во всех фагоцитарных клетках IgM + .

Анализ ELISPOT

PBL от отдельных рыб стимулировали rIFN в течение 72 часов при 20 ° C или оставляли нестимулированными в тех же условиях в 96-луночных планшетах. Планшеты ELISPOT, содержащие мембраны Inmobilon-P (Millipore), активировали 70% этанолом в течение 30 с, покрывали mAb против IgM (клон 4C10) в концентрации 2 мкг / мл в фосфатном буферном солевом растворе (PBS) и инкубировали в течение ночи при 4 ? C. Для блокирования неспецифического связывания с мембраной планшеты инкубировали с 2% BSA в PBS в течение 2 часов при комнатной температуре.На этом этапе клетки, которые стимулировали rIFN в течение 72 часов, или нестимулированные клетки переносили в планшеты для ELISPOT (5 × 10 4 клеток / лунку) и оставляли на ночь при 20 ° C. На следующий день клетки смывали пять раз PBS и планшеты снова блокировали 2% BSA в PBS в течение 1 ч при комнатной температуре. После блокирования в планшеты добавляли биотинилированное mAb против IgM (клон 4C10) и инкубировали при 1 мкг / мл в течение 1 ч при комнатной температуре. После пяти стадий промывки (в PBS) планшеты проявляли с использованием стрептавидин-HRP (Thermo Scientific) в течение 1 часа при комнатной температуре, снова промывали PBS и инкубировали с 3-амино-9-этилкарбазолом (Sigma-Aldrich) в течение 30 минут при комнатной температуре. RT в темноте.Реакцию субстрата останавливали промыванием планшетов водопроводной водой. После высыхания мембран их сканировали цифровым способом и определяли количество пятен в каждой лунке с помощью системы чтения AID iSpot (Autoimmun Diagnostika GMBH).

Сортировка ячеек

PBL высевали в 24-луночные планшеты и инкубировали в течение 24 ч с rIFN или только со средой при 20 ° C. На этом этапе клетки собирали и инкубировали в течение 1 ч при 4 ° C с анти-IgM-FITC и анти-форелевым IgD-APC, как описано выше.После нескольких этапов промывки клетки ресуспендировали в окрашивающем буфере и выделяли B-клетки IgM + IgD + с помощью проточной цитометрии с использованием сортировщика клеток BD FACSAria III (BD Biosciences) на основе их профиля FSC / SSC, а затем на основе флуоресценция, испускаемая антителами против IgM и IgD. Приблизительно 70000 В-клеток IgM + IgD + собирали в PBS для последующего выделения РНК.

Чтобы подтвердить прямое влияние rIFN на выживаемость B-клеток IgM + IgD + , PBL инкубировали в течение 1 ч при 4 ° C с биотинилированным Fab-фрагментом анти-IgM 1.14 (чтобы избежать активации клеток) в буфере для окрашивания. После двух стадий промывки добавляли стрептавидин-фикоэритрин (РЕ) (BD Pharmingen). Через 20 мин при 4 ° C клетки ресуспендировали в буфере для окрашивания и выделяли B-клетки IgM + , IgD + , как описано выше. Отсортированные IgM + B-клетки IgD + затем инкубировали с rIFN или только средой в течение 3 дней при 20 ° C. По истечении этого времени клетки контрастировали с 0,2 мкг / мл DAPI и анализировали на проточном цитометре FACS Celesta.

Анализ ПЦР в реальном времени

Суммарную РНК

выделяли из отсортированных по FACS IgM + IgD + B-клеток с использованием набора Power SYBR Green Cells-to-Ct (Invitrogen), следуя инструкциям производителя. Вкратце, общая РНК обрабатывалась ДНКазой во время процесса для удаления геномной ДНК, которая могла бы мешать реакциям ПЦР, а затем обратно транскрибировалась в кДНК в соответствии с инструкциями производителя. Чтобы оценить уровни транскрипции различных генов, проводили ОТ-ПЦР в реальном времени с помощью прибора LightCycler ® 96 System (Roche) с использованием ядерных реагентов SYBR Green PCR (Applied Biosystems) и специфических праймеров (Таблица S1).Образцы, полученные от отдельных рыб, анализировали дважды при следующих условиях: 1 мин при 95 ° C, затем 45 циклов амплификации (15 с при 95 ° C и 1 мин при 60 ° C). Кривую плавления для каждого набора праймеров получали путем считывания флуоресценции на каждом градусе между 60 и 95 ° C, чтобы гарантировать, что был амплифицирован только один продукт ПЦР. Экспрессия отдельных генов была нормализована к относительной экспрессии β-актина гена домашнего хозяйства, а уровни экспрессии были рассчитаны с использованием метода 2 ( -ΔCt), где ΔCt определяется вычитанием значения β-актина из целевого значения. Ct (пороговое значение Ct установлено на 38).Этот ген домашнего хозяйства был выбран после проверки того, что не было обнаружено статистических различий между значениями Ct β-актина, полученными из разных образцов. Отрицательные контроли без матрицы и контроли обратной транскриптазы минус были включены во все анализы.

Статистический анализ

Обработка, анализ и графическое представление данных были выполнены с использованием GraphPad Prism версии 7.00 для Windows, GraphPad Software, La Jolla California USA (www.graphpad.com).Статистический анализ проводился с использованием двустороннего критерия Стьюдента t- , и различия между средними значениями считались значимыми, когда P ≤ 0,05.

Результаты

IFNa типа I увеличивает выживаемость IgM

+ IgD + B-клеток за счет уменьшения их спонтанного апоптоза

Наши результаты показывают, что инкубация PBL радужной форели с rIFNa значительно увеличивала выживаемость IgM + IgD + B-клеток через 72 часа (рисунки 1A, B).В этом и всех других экспериментах проточной цитометрии, описанных в статье, за исключением анализов апоптоза, дублеты и мертвые клетки были исключены из анализа в соответствии со стратегией стробирования, описанной на рисунке S1. rIFNa значительно увеличивал как процентное содержание B-клеток IgM + , так и абсолютное количество B-клеток IgM + в культурах (рисунки 1A, B), в то время как rIFNγ оказывал только значительное влияние, увеличивая абсолютное количество IgM + . В-клетки в культурах, но не влияли на процентное содержание В-клеток IgM + (Фигуры 1A, B).rIFNγ не влиял на выживаемость популяции лейкоцитов IgM , тогда как rIFNa вызывал небольшое, но значительное снижение процентного содержания и общего количества клеток IgM в культурах (Фигуры 1A, C). В этих экспериментах rIFNa и rIFNγ использовались в их оптимальных концентрациях (50 нг / мл и 20 нг / мл соответственно), как было установлено ранее (47, 48, 51), и в предварительных экспериментах, где в случае rIFNγ более высокие концентрации концентрации (50 нг / мл) имели аналогичные или даже более низкие эффекты на В-клетки IgM + , IgD + (фигура S2).Поскольку этот эффект rIFNa на В-клетки IgM + , IgD + мог быть косвенным, мы повторили эксперименты таким образом, что сначала были отсортированы IgM + IgD + В-клетки с анти-IgM Fab и затем стимулировали rIFN. Чистоту отсортированной популяции В-клеток оценивали с помощью проточной цитометрии (рисунок S3). В этом случае снова только rIFNa значительно увеличивал выживаемость B-клеток IgM + , IgD + , демонстрируя прямое влияние этого цитокина на выживаемость (фигура 1D).

Рисунок 1 . Выживаемость IgM + IgD + B-клеток крови в ответ на IFN типа I и типа II. PBL стимулировали 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или одной средой (контроль) и культивировали при 20 ° C в течение 72 часов. Затем лейкоциты метили специфическими моноклональными антителами против IgM и IgD форели и анализировали проточной цитометрией. Клетки были заблокированы на основе их FSC и SSC и процентного содержания клеток IgM + , IgD + , определенных на синглетных и живых (DAPI-отрицательных) клетках.Показаны репрезентативные точечные графики для одной отдельной рыбы (A) вместе со средним процентом и общим количеством клеток, обнаруженных для IgM + IgD + B-клеток (B) и IgM IgD клеток. (C) (среднее + SEM; n = 9). В независимом эксперименте В-клетки отделяли от лейкоцитов крови с использованием биотинилированного Fab-фрагмента анти-IgM 1.14, а затем инкубировали с rIFN, как описано выше. Через 72 часа процент живых IgM + IgD + B-клеток и общее количество живых IgM + IgD + B-клеток, определенный с помощью проточной цитометрии, как описано в разделе «Материалы и методы» (среднее + SEM ; n = 7) (D) .Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0,05, ** P ≤ 0,01, *** P ≤ 0,001).

Чтобы определить, является ли эта повышенная выживаемость В-клеток в присутствии rIFNa следствием лимфопролиферативных эффектов этого цитокина, мы проанализировали пролиферативный эффект rIFNa и rIFNγ по отдельности или в сочетании с перекрестным связыванием BCR (посредством инкубации с антибиотиками). -IgM). Наши результаты ясно показали, что ни один из rIFN не оказывал значительного пролиферативного действия на IgM + B-клетки крови радужной форели сами по себе (рис. 2).Синергетических эффектов между перекрестным связыванием BCR и стимуляцией rIFN не наблюдалось (рис. 2).

Рисунок 2 . Пролиферативные эффекты IFN I и II типа на IgM + IgD + B крови. Лимфопролиферативные эффекты rIFNa и rIFNγ определяли путем инкубации PBL при 20 ° C с 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или только средой. Для каждого условия также были включены лунки, содержащие 10 мкг / мл немеченого анти-IgM. Через 72 часа клетки метили EdU (1 мкМ) и инкубировали еще 24 часа.На этом этапе клетки метили mAb против IgM и против IgD и определяли процентное содержание B-клеток IgM + IgD + со встроенными EdU (пролиферирующие клетки), как описано в разделе «Материалы и методы». Представленные точечные графики представлены вместе с графиком, показывающим количественную оценку пролиферирующих IgM + IgD + B-клеток (среднее значение + SEM; n = 8).

Другой возможный механизм, посредством которого rIFNa может увеличивать выживаемость B-клеток IgM + IgD + , может заключаться в модуляции спонтанного апоптоза этих клеток.Чтобы проверить это, мы изучили апоптоз B-клеток IgM + , IgD + через 48 или 72 часа инкубации с различными rIFN. В этих экспериментах популяция лейкоцитов регистрировалась и дублеты исключались из анализа, как показано на фиг. S1, хотя в этом случае использовался маркер жизнеспособности 7-AAD. Как через 48, так и через 72 ч, значительное снижение процента раннего (Аннексин V + /7-AAD ) и позднего (Аннексин V + /7-AAD + ) апоптозного IgM + IgD + B-клеток наблюдали после стимуляции rIFNa (Фигуры 3A, B).Интересно, что процентное соотношение B-клеток с ранним и поздним апоптозом IgM + IgD + было довольно схожим через 48 и 72 часа, что позволяет предположить, что B-клетки в основном погибают в течение первых 48 часов культивирования, тогда как те, которые выживают через 48 часов, остаются. жизнеспособны в течение более длительного периода времени. Этот эффект не наблюдался в ответ на rIFNγ. В целом, наши результаты демонстрируют, что rIFNa увеличивает выживаемость наивных В-клеток крови, спасая их от спонтанного апоптоза.

Рисунок 3 .Влияние IFN типа I и типа II на спонтанный апоптоз крови IgM + IgD + B-клеток. PBL инкубировали в течение 48 часов (A) или 72 часов (B) при 20 ° C с 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или только средой (контроль). Затем клетки окрашивали IgM против форели в течение 20 мин при 4 ° C. После отмывки PE Аннексин V и 7-AAD использовали для окрашивания клеток и выявления раннего (Аннексин V + /7-AAD ) и позднего (Аннексин V + /7-AAD + ) апоптоза. .Данные были проанализированы в течение 1 часа, как описано в разделе «Материалы и методы». Представленные точечные графики представлены вместе с графиками, показывающими количественную оценку апоптотических В-клеток IgM + (среднее значение + SEM; n = 6–9). Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0,05).

IFNa типа I увеличивает фагоцитарную активность IgM

+ IgD + B-клеток

Поскольку было показано, что B-клетки костистых животных обладают сильной фагоцитарной активностью (42), мы также исследовали, влияют ли rIFNa и rIFNγ на способность B-клеток IgM + IgD + B фагоцитировать микрочастицы.Для этого PBL предварительно обрабатывали rIFN, и через 72 часа проводили анализ фагоцитоза. Наши результаты показывают, что предварительная стимуляция В-клеток IgM + , IgD + rIFNa значительно увеличивала процент фагоцитарных В-клеток IgM + IgD + в культурах по сравнению либо с нестимулированными клетками, либо с клетками, обработанными rIFNγ (рисунок 4). Кроме того, MFI интернализованных гранул в крови IgM + B-клеток, IgD + было значительно выше в клетках, обработанных rIFNa, по сравнению с контролем (рис. 4), как и процентное содержание IgM + IgD + B-клеток с большое количество проглоченных шариков (высокофагоцитарные IgM + IgD + B-клетки) (рис. 4).Когда мы проанализировали влияние этих цитокинов на популяцию IgM IgD , мы обнаружили, что в этом случае IFNa оказывал положительное влияние на процент фагоцитарных клеток, тогда как оба цитокина увеличивали процент высокофагоцитарных клеток в культурах. по сравнению с нестимулированными клетками.

Рисунок 4 . Влияние IFN типа I и типа II на фагоцитарную способность крови IgM + IgD + B-клеток. PBL инкубировали в течение 72 ч при 20 ° C с 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или только средой (контроль).По истечении этого времени клетки инкубировали с темно-красными флуоресцентными шариками (диаметром 1 мкм) в соотношении 1:10 (клетки / шарики) в течение следующих 3 часов при 20 ° C и фагоцитарную способность В-клеток устанавливали, как описано в материалах. и методы. Показаны характерные точечные графики для каждого экспериментального условия. Прямоугольные области содержат субпопуляции высокофагоцитарных клеток (клетки, которые интернализовали большее количество гранул) среди субпопуляций клеток IgM + (верхний) или IgM (нижний).Верхние графики показывают процент фагоцитарных В-клеток IgM + в общей популяции В-клеток IgM + (слева), процент фагоцитарных клеток с высоким уровнем IgM + в общей популяции фагоцитарных В-клеток IgM + (средний ) и средней интенсивности флуоресценции (MFI) интернализованных шариков внутри фагоцитарных В-клеток IgM + (справа). На нижних графиках представлена ​​такая же информация для популяции IgM . Данные — это средние значения + SEM; n = 10.Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0,05, ** P ≤ 0,01, *** P ≤ 0,001).

IFN типов I и II повышают секрецию IgM

Затем мы изучили с помощью ELISPOT, влияют ли rIFN на способность В-клеток крови радужной форели секретировать IgM, путем определения количества IgM-секретирующих клеток (плазмобластов или плазматических клеток) в этих культурах PBL. В этом случае и rIFNa, и rIFNγ значительно увеличивали количество IgM-секретирующих клеток в культурах через 3 дня по сравнению с количеством IgM-секретирующих клеток, обнаруженных в нестимулированных культурах (Рисунок 5), хотя ответ на rIFNa был значительно выше, чем у rIFNγ.

Рисунок 5 . Влияние IFN типа I и типа II на дифференцировку B-клеток IgM + , IgD + к IgM-секретирующим клеткам. PBL обрабатывали 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или только средой (контроль) и инкубировали в течение 72 часов при 20 ° C. После этого клетки добавляли в планшеты для ELISPOT, предварительно покрытые анти-IgM mAb (2 мкг / мл), и инкубировали еще 24 часа. Затем определяли количество клеток, секретирующих IgM, как описано в разделе «Материалы и методы».Показаны репрезентативные лунки от одного человека вместе с количественной оценкой пятнообразующих клеток (среднее значение + SEM; n = 12). Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0,05, *** P ≤ 0,001).

rIFN не влияют на антиген-презентирующую способность крови IgM

+ IgD + B-клеток

У млекопитающих IFNγ является одним из основных цитокинов, участвующих в стимуляции экспрессии MHC класса II в антигенпрезентирующих клетках (56).Аналогичным образом, стимуляция макрофагов RTS11 радужной форели с помощью 10 нг / мл rIFNγ значительно увеличивала транскрипцию MHC класса II между 24 и 72 часами после стимуляции (51). В этом контексте мы исследовали, могут ли rIFNγ и rIFNa модулировать экспрессию MHC II в B-клетках IgM + IgD + , поскольку они также являются антигенпрезентирующими клетками. Сначала мы оценили поверхностную экспрессию MHC-II с помощью проточной цитометрии с использованием специфического антитела против форели MHC-II. В клетках IgM + , IgD + B не наблюдалось значительной модуляции поверхностной экспрессии MHC II (фиг. 6A) или транскрипции MHC II (фиг. 6C).Кроме того, мы оценили влияние rIFN на уровень транскрипции CD80 / 86 и CD83, костимулирующих молекул, участвующих в презентации антигена, и снова никакого эффекта не было обнаружено (фиг. 6C). Интересно, что и rIFNa, и rIFNγ значительно увеличивали уровни поверхностного MHC II в клетках IgM в этих культурах (рис. 6B). Эти результаты предполагают, что rIFNa и rIFNγ не модулируют антигенпредставляющую способность В-клеток радужной форели, несмотря на то, что они оказывают влияние на другие антигенпрезентирующие клетки, возможно, на моноциты / макрофаги.

Рисунок 6 . Влияние IFN типа I и типа II на антигенпрезентирующую способность клеток крови. PBL инкубировали с 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или одной средой (контроль) в течение 72 часов при 20 ° C. Уровень поверхностной экспрессии MHC-II на В-клетках IgM + , IgD + и IgM IgD клеток затем измеряли с помощью проточной цитометрии с использованием специфических mAb против MHC-II форели. Типичная гистограмма показана вместе с графиком средних значений MFI MHC-II для IgM + IgD + B-клеток (A) или IgM IgD клеток (B) (среднее + SEM; n = 9).В другом эксперименте лейкоциты крови обрабатывали rIFN, как описано выше, и через 24 часа В-клетки IgM + IgD + сортировали с помощью проточной цитометрии. РНК экстрагировали для определения уровней транскрипции mhcII, cd83 и cd80 / 86 (C) с помощью ПЦР в реальном времени. Данные по экспрессии генов были нормализованы относительно эндогенного контроля b-actin и показаны как относительная экспрессия (среднее + SEM; n = 10). Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0.05 и ** P ≤ 0,01).

IFN типа I индуцируют транскрипцию нескольких белков Mx в крови IgM

+ IgD + B-клетки Белки

Mx представляют собой динаминоподобные GTPазы, которые играют важную роль в противовирусном иммунитете. (57) Экспрессия Mx у млекопитающих обычно индуцируется IFN типа I и типа III, но не IFN типа II (58), хотя есть некоторые исключения из этого общего правила. были недавно обнаружены у костистых рыб (59). Интересно, что недавно было показано, что семейство белков Mx расширилось у лососевых: 10 различных генов mx присутствуют у атлантического лосося и 9 — у радужной форели (48).Однако, насколько нам известно, экспрессия Mx в В-клетках рыб не изучена. Наши результаты демонстрируют, что rIFNa значительно индуцировал транскрипцию Mx1, Mx3 и Mx5 (фиг.7) в отсортированных B-клетках IgM + IgD + и значительно повышал уровни мРНК Mx2, конститутивно транскрибируемой этими клетками ( Рисунок 7). rIFNγ, с другой стороны, не оказывал значительного влияния на транскрипцию Mx (рис. 7).

Рисунок 7 . Индукция транскрипции mx в крови IgM + IgD + B-клеток в ответ на IFN типа I или типа II.Лейкоциты крови инкубировали с 50 нг / мл rIFNa, 20 нг / мл rIFNγ или только средой (контроль) при 20 ° C. Через 24 часа IgM + IgD + B-клетки были отсортированы с помощью проточной цитометрии и извлечена РНК для определения уровней транскрипции различных генов mx , присутствующих в радужной форели ( mx1 mx9 ). Данные по экспрессии генов были нормализованы относительно эндогенного контроля b-actin и показаны как относительная экспрессия (среднее + SEM; n = 10).Звездочки обозначают значительные различия между образцами, обработанными rIFN, и контрольными образцами (* P ≤ 0,05 и ** P ≤ 0,01).

Обсуждение

В дополнение к хорошо известным прямым противовирусным эффектам IFN типа I и способности IFN типа II модулировать презентацию антигена, теперь стало очевидно, что IFN также участвуют в регуляции развития и дифференцировки лимфоцитов. Однако обычно считается, что В-клетки в основном модулируются IFN типа I, тогда как Т-клетки в основном реагируют на IFN типа II (60).Чтобы исследовать, реагируют ли В-клетки рыб также на IFN типа I, мы изучили влияние модельного белка IFN I типа (IFNa) на наивные В-клетки крови и сравнили эффекты с эффектами, вызванными IFN типа II, продуцируемыми в тех же условиях. условия. В этих анализах оптимальные концентрации для каждого rIFN были установлены ранее и были разными для каждого белка (50 нг / мл для IFNa и 20 нг / мл для IFNγ) в соответствии с предыдущими публикациями (47, 48, 51). При этом все анализы, описанные в текущем исследовании, первоначально были выполнены с IFNγ в концентрации 50 нг / мл, но не было обнаружено значительных различий с результатами, представленными здесь (рисунок S2).

Первый эффект, который был четко виден при инкубации PBL с IFNa, заключался в том, что процентное содержание B-клеток IgM + IgD + и абсолютное количество IgM + IgD + B-клеток значительно увеличивалось в культурах. в присутствии цитокина через 72 ч. Поскольку многие другие типы лейкоцитов также присутствовали в этих культурах, возможно, что это увеличение в B-клетках было следствием воздействия IFNa на другие типы клеток, которые впоследствии активировали B-клетки.Например, IFN типа I млекопитающих, продуцируемый во время вирусной инфекции, может активировать DC и макрофаги с образованием BAFF и APRIL, которые, в свою очередь, активируют B-клетки (19). Следовательно, чтобы исключить возможные косвенные эффекты в наших экспериментах, мы отсортировали В-клетки крови форели и затем стимулировали их с помощью rIFNa. В этом случае наблюдались аналогичные положительные эффекты на выживаемость В-клеток, что указывает на прямой эффект цитокина. Это увеличение количества В-клеток в культурах PBL не было следствием индуцированных IFNα лимфопролиферативных эффектов, как было установлено с помощью анализов in vitro на пролиферацию .У млекопитающих IFN типа I спасает В-клетки от индуцированного Fas спонтанного апоптоза посредством механизма, включающего фосфорилирование AKT и повышающую регуляцию молекул, способствующих выживанию (14, 15). Таким образом, мы исследовали, может ли это быть причиной повышенной выживаемости В-клеток в культурах лейкоцитов крови. Наши результаты продемонстрировали, что IFNa вызывает значительное подавление спонтанного апоптоза В-клеток, предполагая механизм, аналогичный тому, который описан у млекопитающих. rIFNγ, с другой стороны, лишь незначительно увеличивал абсолютное количество B-клеток IgM + IgD + в культурах, но не влиял на процентное содержание IgM + IgD + B-клеток.Точно так же не было эффекта rIFNγ, когда клетки были отсортированы и затем инкубированы с цитокином, ни на апоптоз B-клеток. Следовательно, rIFNγ может оказывать некоторые незначительные эффекты на жизнеспособность B-клеток посредством косвенных механизмов, но на уровнях намного ниже, чем те, которые описаны здесь для rIFNa. Напротив, rIFNγ оказывал значительное влияние на фагоцитарную способность и уровни поверхностной экспрессии MHC II лейкоцитов IgM , IgD , присутствующих в культурах.

У млекопитающих IFN типа I действует как усилитель передачи сигналов BCR во время вирусных инфекций, переводя В-клетки в состояние частичной активации, при котором клетки имеют более высокую чувствительность к дальнейшей стимуляции через BCR (14).Таким образом, IFN типа I значительно усиливает ответы на лигирование BCR, которые включают пролиферацию, приток кальция, интернализацию IgM и индукцию маркеров активации (14). Однако у радужной форели rIFNa не взаимодействует с передачей сигналов BCR для индукции пролиферации. Причина такого разного ответа В-клеток форели может быть связана с тем фактом, что В-клетки рыб не пролиферируют в ответ только на лигирование BCR, в отличие от обычных клеток В2 млекопитающих, но сходных с клетками В1 млекопитающих (43). Фактически, существует много других функциональных и фенотипических сходств между В-клетками рыб и врожденными В1-клетками млекопитающих, которые включают сильную фагоцитарную способность, более длительную выживаемость в культуре клеток, низкую поверхностную экспрессию IgD или экспрессию B1-специфических маркеров (43).Интересно, что было показано, что rIFNa форели активирует одну из этих врожденных особенностей В-клеток рыб, их фагоцитарную активность, значительно увеличивая количество фагоцитарных В-клеток в культурах и процент В-клеток с большим количеством фагоцитированных гранул. В этом контексте было бы интересно исследовать на млекопитающих эффекты IFN типа I в B1-клетках млекопитающих и определить, например, индуцирует ли IFN типа I также фагоцитарную способность этих клеток, как установлено для B-клеток рыб.

IFN млекопитающих типа I, как неоднократно сообщалось, усиливает антительный ответ in vivo (61, 62). В этих экспериментах повышенные титры антител зависели от способности B-клеток напрямую отвечать на IFNα / β (61, 62), демонстрируя прямое влияние IFN типа I на дифференцировку B-клеток. Чтобы исследовать, способны ли rIFN сами по себе индуцировать дифференцировку В-клеток, наивных рыб, мы определили количество IgM-секретирующих клеток в культурах лейкоцитов крови после 72 часов воздействия.В этом случае и rIFNa, и rIFNγ значительно увеличивали количество плазмобластов / плазматических клеток в культурах, хотя, как наблюдалось на протяжении всех экспериментов, эффекты IFN типа I были значительно выше, чем эффекты IFN типа II. Возможно, это увеличение количества клеток, секретирующих IgM, является следствием общей повышенной выживаемости В-клеток в культурах, однако, в соответствии с нашими результатами, было показано, что IFNa атлантического лосося является мощным молекулярным адъювантом. для ДНК-вакцины против вируса инфекционной анемии лосося (ISAV), значительно увеличивающей специфические титры IgM к вакцине (63).Кроме того, когда был проведен транскриптомный анализ местного ответа на эту плазмиду, кодирующую IFNa, у атлантического лосося, IgM, IgD и IgT были среди генов, которые были сильно активированы (64).

Mx-генов присутствуют почти у всех позвоночных, обычно в виде одной-трех копий. У млекопитающих эти множественные копии, как правило, тесно связаны и возникают в результате локальных дупликаций генов (65). Однако, возможно, как следствие третьей WGD, специфичной для костистых животных, и более поздней WGD, специфичной для лососевых, семейство генов Mx, как и многие другие семейства генов, претерпело обширную диверсификацию, при этом у лососевых идентифицировано 6-10 различных генов (48, 59).У радужной форели присутствующие 9 генов Mx конститутивно транскрибировались макрофагами RTS11, и среди них Mx1-7 сильно индуцировались IFNa, в то время как только Mx5 и Mx6 увеличивали свои уровни мРНК в ответ на IFNγ (48). Точно так же у атлантического лосося гены mx показали дифференциальную чувствительность к IFN типа I и II, при этом гены на Chr12 сильно индуцировались IFN типа I, а гены Chr25 сильнее индуцировались IFNγ, чем IFN типа I (48, 59). Однако, насколько нам известно, какие гены mx экспрессируются в В-клетках, никогда не рассматривались у костистых рыб.Наши результаты показывают, что Mx4, Mx7, Mx8 и Mx9 не продуцируются B-клетками крови, тогда как Mx1, Mx2, Mx3 и Mx5 сильно активируются в ответ на rIFNa (но не IFNγ). Ограничивает ли эта индукция экспрессии Mx в B-клетках способность вирусов реплицироваться в этих клетках — это вопрос, который следует исследовать дополнительно, учитывая, что прямая противовирусная активность Mx-белков форели еще не была продемонстрирована.

В заключение мы сообщаем о ранее не описанной роли IFN костистого типа I в регуляции В-клеточных ответов.Наши результаты демонстрируют, что, как и у млекопитающих, IFNa увеличивает выживаемость наивных В-клеток, спасая их от спонтанного апоптоза и повышенной секреции IgM. Однако, в отличие от клеток В2 млекопитающих, В-клетки рыб, обработанные IFN типа I, не обладали повышенной реактивностью на стимуляцию BCR. Возможное объяснение этой разной реакции может быть связано с тем фактом, что В-клетки рыб по-разному реагируют на стимуляцию BCR, чем обычные В-клетки млекопитающих. Кроме того, учитывая, что В-клетки рыб фактически сохраняют некоторые врожденные функции, такие как сильная фагоцитарная способность, мы также установили, что ИФН типа I регулирует эту активность в В-клетках рыб.Наконец, тот факт, что несколько генов mx индуцируются в B-клетках в ответ на rIFNa, указывает на эффект, ограничивающий способность вирусов реплицироваться в B-клетках. Наши результаты предоставляют дополнительные доказательства взаимодействия между цитокинами врожденной иммунной системы и клетками адаптивной иммунной системы, что является важным фактором в регуляции иммунного ответа.

Заявление о доступности данных

Наборы данных, созданные для этого исследования, доступны по запросу соответствующему автору.

Заявление об этике

Исследование на животных было рассмотрено и одобрено этическим комитетом INIA.

Авторские взносы

TW продуцировал рекомбинантные IFN. OB провела и проанализировала все эксперименты с помощью IS и PD-R. EM поддерживал все эксперименты по проточной цитометрии и выполнял сортировку клеток. CT задумал работу и спланировал эксперименты с помощью TW, CS, OB и PD-R и написал основную часть статьи с участием всех других авторов.Все авторы внесли свой вклад в статью и одобрили представленную версию.

Финансирование

Эта работа была поддержана Европейским исследовательским советом (ERC Consolidator Grant No. 2016 725061 TEMUBLYM), Министерством науки, инноваций и университетов Испании (проект AGL2017-85494-C2-1-R) и Comunidad de Madrid. (грант № 2016-T1 / BIO-1672).

Конфликт интересов

Авторы заявляют, что исследование проводилось при отсутствии каких-либо коммерческих или финансовых отношений, которые могут быть истолкованы как потенциальный конфликт интересов.

Благодарности

Авторы выражают благодарность Люсии Гонсалес и Дайане Мартин за техническую поддержку.

Дополнительные материалы

Дополнительные материалы к этой статье можно найти в Интернете по адресу: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2020.01494/full#supplementary-material

Список литературы

1. Манри Дж., Лаваль Дж., Патин Э., Форнарино С., Итан Й., Фумагалли М. и др. Эволюционное генетическое вскрытие интерферонов человека. J Exp Med. (2011) 208: 2747–59. DOI: 10.1084 / jem.20111680

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

6. Халлер О., Арнхейтер Х., Павлович Дж., Стахели П. Открытие гена противовирусной устойчивости Mx: история великих идей, больших неудач и некоторых успехов. Ann Rev Virol. (2018) 5: 33–51. DOI: 10.1146 / annurev-virology-092917-043525

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

9. Steimle V, Siegrist CA, Mottet A, Lisowska-Grospierre B, Mach B.Регуляция экспрессии MHC класса II интерфероном-гамма, опосредованная трансактиваторным геном CIITA. Наука . (1994) 265: 106–9. DOI: 10.1126 / science.8016643

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

11. Котенко С.В., Галлахер Г., Баурин В.В., Льюис-Антес А., Шен М., Шах Н.К. и др. IFN-лямбды опосредуют противовирусную защиту через особый рецепторный комплекс цитокинов класса II. Nat Immunol. (2003) 4: 69–77. DOI: 10.1038 / ni875

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

12.О’Брайен Т.Р., Прокунина-Олссон Л., Доннелли Р.П. IFN-lambda4: парадоксальный новый член семейства интерфероновых лямбда. J Interferon Cytokine Res. (2014) 34: 829–38. DOI: 10.1089 / jir.2013.0136

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

13. Кифер К., Оропалло М.А., Канкро М.П., ​​Маршак-Ротштейн А. Роль интерферонов типа I в активации аутореактивных В-клеток. Immunol Cell Biol. (2012) 90: 498–504. DOI: 10.1038 / icb.2012.10

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

15.Бадр Г., Саад Х., Вали Х., Хассан К., Абдель-Таваб Х., Альхаза И.М. и др. Интерферон типа I (IFN-альфа / бета) спасает В-лимфоциты от апоптоза через PI3Kdelta / Akt, Rho-A, NFkappaB и Bcl-2 / Bcl (XL). Cell Immunol. (2010) 263: 31–40. DOI: 10.1016 / j.cellimm.2010.02.012

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

16. Грин Н.М., Лоуз А., Кифер К., Бускони Л., Ким Ю.М., Бринкманн М.М. и др. Ответ мышиных В-клеток на лиганды TLR7 зависит от петли обратной связи IFN-бета. J Immunol. (2009) 183: 1569–76. DOI: 10.4049 / jimmunol.0803899

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

17. Митани Ю., Такаока А., Ким С.Х., Като Ю., Йокочи Т., Танака Н. и др. Перекрестная связь сигнального комплекса интерферон-альфа / бета с gp130 для эффективной передачи сигналов интерлейкина-6. Гены Клеток . (2001) 6: 631–40. DOI: 10.1046 / j.1365-2443.2001.00448.x

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

18.Ле Бон А, Скьявони Дж., Д’агостино Дж., Грессер I, Беларделли Ф., Жесткий ДФ. Интерфероны типа i сильно усиливают гуморальный иммунитет и могут способствовать переключению изотипа, стимулируя дендритные клетки in vivo . Иммунитет . (2001) 14: 461–70. DOI: 10.1016 / S1074-7613 (01) 00126-1

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

19. Вольф А.И., Моздзановска К., Куинн В.Дж. III, Мецгар М., Уильямс К.Л., Катон А.Дж. и др. Защитные ответы противовирусных антител на мышиной модели инфекции вирусом гриппа требуют TACI. J Clin Invest. (2011) 121: 3954–64. DOI: 10.1172 / JCI57362

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

20. Хуа Дж, Киру К., Ли К., Ворона М.К. Функциональный анализ интерферона типа I в плазме системной красной волчанки и ассоциации с аутоантителами к анти-РНК-связывающим белкам. Arthritis Rheum. (2006) 54: 1906–16. DOI: 10.1002 / art.21890

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

22. Редмонд А.К., Зоу Дж., Секомбс С.Дж., Маккуин Д.Д., Дули Х.Открытие всех трех типов у хрящевых рыб позволяет филогенетически разрешить происхождение и эволюцию интерферонов. Front Immunol. (2019) 10: 1558. DOI: 10.3389 / fimmu.2019.01558

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

23. Zou J, Gorgoglione B, Taylor NG, Summathed T., Lee PT, Panigrahi A, et al. Лососевые имеют необычайно сложную систему IFN типа I: характеристика локуса IFN у радужной форели Oncorhynchus mykiss позволяет выявить две новые подгруппы IFN. J Immunol. (2014) 193: 2273–86. DOI: 10.4049 / jimmunol.1301796

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

24. Zou J, Tafalla C, Truckle J, Secombes CJ. Идентификация второй группы IFN типа I у рыб проливает свет на эволюцию IFN у позвоночных. J Immunol. (2007) 179: 3859–71. DOI: 10.4049 / jimmunol.179.6.3859

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

25. Аггад Д., Мазель М., Будино П., Могенсен К. Э., Хэмминг О. Дж., Хартманн Р. и др.Две группы интерферонов, индуцированных вирусом рыбок данио, передают сигнал через различные рецепторы со специфическими и общими цепями. J Immunol. (2009) 183: 3924–31. DOI: 10.4049 / jimmunol.05

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

26. Свингеруд Т., Солстад Т., Сан Б., Нюруд М.Л., Киленг О., Грейнер-Толлерсруд Л. и др. Подтипы IFN атлантического лосося типа I демонстрируют различия в противовирусной активности и клеточно-зависимой экспрессии: доказательства высокого уровня продуцирования IFNb / IFNc клеток в лимфоидных тканях рыб. J Immunol. (2012) 189: 5912–23. DOI: 10.4049 / jimmunol.1201188

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

27. Перселл М.К., Лейнг К.Дж., Вудсон Дж.С., Торгаард Г.Х., Хансен Дж.Д. Характеристика генов интерферона у гомозиготной радужной форели выявляет два новых гена, альтернативный сплайсинг и дифференциальную регуляцию дублированных генов. Fish Shellfish Immunol. (2009) 26: 293–304. DOI: 10.1016 / j.fsi.2008.11.012

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

28.Ябу Т., Тода Х., Шибасаки Й., Араки К., Ямасита М., Анзай Х. и др. Механизмы противовирусной защиты опосредуются гамма-изоформами 1 и 2 интерферона карпа ginbuna через два различных гамма-рецептора интерферона. J Biochem. (2011) 150: 635–48. DOI: 10.1093 / jb / mvr108

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

29. Араки К., Такидзава Ф., Ямасаки М., Эсуми М., Моримото Т., Ототаке М. и др. Профили экспрессии генов интерферона гамма в ответ на иммуностимуляторы и аллоантиген у карася гинбуна Carassius auratus langsdorfii . Рыба. Sci. (2013) 79: 213–20. DOI: 10.1007 / s12562-012-0590-5

CrossRef Полный текст | Google Scholar

30. Бельмонте Р., Ван Т., Дункан Дж. Дж., Скаар И., Мелида Н., Булоне В. и др. Роль патогенных углеводов клеточной стенки и простагландина E2 в иммунном ответе и подавлении иммунитета рыб оомицетом Saprolegnia parasitica . Infect Immun. (2014) 82: 4518–29. DOI: 10.1128 / IAI.02196-14

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

31.Ван Т., Йоханссон П., Абос Б., Холт А., Тафалла С., Цзян Ю. и др. Первый углубленный анализ новых цитокинов Th3-типа у лососевых рыб выявил различные паттерны экспрессии и модуляции, но перекрывающиеся биоактивности. Мишень . (2016) 7: 10917–46. DOI: 10.18632 / oncotarget.7295

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

33. Granja AG, Tafalla C. Различные субпопуляции IgM (+) B-клеток, находящиеся в брюшной полости вакцинированной радужной форели, по-разному регулируются BAFF. Рыбные моллюски Иммунол . (2019) 85: 9–17. DOI: 10.1016 / j.fsi.2017.10.003

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

34. Арпин С., де Бутейлер О., Разанахаона Д., Фужье-Вивье И., Бриер Ф., Баншеро Дж. И др. Нормальный аналог клеток миеломы IgD в зародышевом центре демонстрирует сильно мутировавший ген IgVH, переключатель Cmu-Cdelta и экспрессию легкой цепи лямбда. J Exp Med . (1998) 187: 1169–78. DOI: 10.1084 / jem.187.8.1169

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

35.Chen K, Xu W., Wilson M, He B, Miller NW, Bengten E, et al. Иммуноглобулин D усиливает иммунный надзор, активируя противомикробные, провоспалительные и стимулирующие В-клетки программы в базофилах. Нат Иммунол . (2009) 10: 889–98. DOI: 10.1038 / ni.1748

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

36. Кёльш К., Чжэн Нью-Йорк, Чжан К., Дежурный А, Хелмс К., Матиас, доктор медицины и др. Зрелые В-клетки класса, переведенные на IgD, обладают аутореактивностью у здоровых людей. J Clin Invest. (2007) 117: 1558–65. DOI: 10.1172 / JCI27628

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

37. Эдхольм Э.С., Бенгтен Э., Стаффорд Дж. Л., Саху М., Тейлор Э. Б., Миллер Н. В. и др. Идентификация двух популяций IgD + B-клеток у канального сома, Ictalurus punctatus . Дж Иммунол . (2010) 185: 4082–94. DOI: 10.4049 / jimmunol.1000631

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

38. Кастро Р., Бромаж Е., Абос Б., Пигнателли Дж., Гонсалес Гранха А., Луке А. и др.CCR7 в основном экспрессируется в костистых жабрах, где он определяет субпопуляцию лимфоцитов IgD + IgM-B. J Immunol. (2014) 192: 1257–66. DOI: 10.4049 / jimmunol.1302471

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

39. Пердигеро П., Мартин-Мартин А., Бенедисенти О., Диас-Розалес П., Морель Е., Муньос-Атьенса Е. и др. Клетки Teleost IgD (+) IgM (-) B дают клонально увеличенные и слегка мутировавшие кишечные IgD-ответы в отсутствие лимфоидных фолликулов. Сотовый представитель .(2019) 29: 4223–35. DOI: 10.1016 / j.celrep.2019.11.101

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

40. Чжан Я., Салинас И., Ли Дж., Парра Д., Бьорк С., Сюй З. и др. IgT, примитивный класс иммуноглобулинов, специализирующийся на иммунитете слизистых оболочек. Nat Immunol. (2010) 11: 827–35. DOI: 10.1038 / ni.1913

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

41. Сюй З., Такидзава Ф., Парра Д., Гомес Д., фон Герсдорф, Йоргенсен Л., ЛаПатра С.Е. и др.Иммуноглобулины слизистой на респираторных поверхностях отмечают древнюю ассоциацию, которая предшествовала появлению четвероногих. Нац Коммуна . (2016) 7: 10728. DOI: 10.1038 / ncomms10728

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

42. Ли Дж., Барреда Д. Р., Чжан Я., Бошра Х., Гельман А. Э., Лапатра С. и др. В-лимфоциты ранних позвоночных обладают сильными фагоцитарными и микробицидными способностями. Nat Immunol. (2006) 7: 1116–24. DOI: 10.1038 / ni1389

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

43.Abos B, Bird S, Granja AG, Morel E, More Bayona JA, Barreda DR, et al. Идентификация первой молекулы CD5 костистых тел: дополнительные доказательства фенотипического и функционального сходства между B-клетками IgM (+) рыб и B1-клетками млекопитающих. J Immunol. (2018) 201: 465–80. DOI: 10.4049 / jimmunol.1701546

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

44. Баумгарт Н. Двойная жизнь клетки B-1: самореактивность выбирает защитные эффекторные функции. Нат Рев Иммунол . (2011) 11: 34–46. DOI: 10.1038 / nri2901

CrossRef Полный текст | Google Scholar

45. Tang X, Yang S, Sheng X, Xing J, Zhan W. Транскриптомный анализ иммунного ответа mIgM (+) B лимфоцитов японской камбалы ( Paralichthys olivaceus ) на Lactococcus lactis in vitro показал, что IFN I. -3 может усилить их фагоцитоз. Front Immunol. (2019) 10: 1622. DOI: 10.3389 / fimmu.2019.01622

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

46.Abos B, Castro R, Pignatelli J, Luque A, Gonzalez L, Tafalla C. Транскрипционная гетерогенность клеток IgM + в тканях радужной форели ( Oncorhynchus mykiss ). PLOS ONE . (2013) 8: e82737. DOI: 10.1371 / journal.pone.0082737

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

47. Ван Т., Хуанг В., Коста М.М., Мартин С.А., Секомбс С.Дж. Две копии генов, кодирующих субъединицы предполагаемых рецепторов интерлейкина (IL) -4 / IL-13, IL-4Rα, IL-13Rα1 и IL-13Rα2, были идентифицированы у радужной форели ( Oncorhynchus mykiss ) и имеют сложную структуру. выражения и модуляции. Иммуногенетика . (2011) 63: 235–53. DOI: 10.1007 / s00251-010-0508-2

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

48. Ван Т., Лю Ф., Тиан Дж., Секомбс С.Дж., Ван Т. Линейное / видоспецифическое расширение семейства генов Mx у костистых рыб: дифференциальная экспрессия и модуляция девяти генов Mx у радужной форели Oncorhynchus mykiss . Fish Shellfish Immunol. (2019) 90: 413–30. DOI: 10.1016 / j.fsi.2019.04.303

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

49.Ван Т., Диас-Розалес П., Коста М.М., Кэмпбелл С., Сноу М., Колле Б. и др. Функциональная характеристика IL-21 немлекопитающего: радужная форель Oncorhynchus mykiss IL-21 усиливает экспрессию сигнальных цитокинов Th-клеток IFN-гамма, IL-10 и IL-22. J Immunol. (2011) 186: 708–21. DOI: 10.4049 / jimmunol.1001203

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

50. Ganassin RC, Bols NC. Развитие линии клеток, подобных моноцитам / макрофагам, RTS11, из селезенки форели. Fish Shellfish Immunol. (1998) 8: 457–76. DOI: 10.1006 / fsim.1998.0153

CrossRef Полный текст | Google Scholar

51. Zou J, Carrington A, Collet B, Dijkstra JM, Yoshiura Y, Bols N, et al. Идентификация и биоактивность IFN-гамма у радужной форели Oncorhynchus mykiss : первый цитокин Th2-типа, функционально охарактеризованный у рыб. J Immunol. (2005) 175: 2484–94. DOI: 10.4049 / jimmunol.175.4.2484

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

52.Делука Д., Уилсон М., Уорр Г.В. Гетерогенность лимфоцитов форели Salmo gairdneri , определенная с помощью моноклональных антител к IgM. Eur J Immunol. (1983) 13: 546–51. DOI: 10.1002 / eji.1830130706

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

53. Рамирес-Гомес Ф., Грин В., Рего К., Хансен Дж. Д., Коста Дж., Катария П. и др. Открытие и характеристика секреторных IgD у радужной форели: секреторные IgD вырабатываются с помощью нового механизма сплайсинга. J Immunol. (2012) 188: 1341–9. DOI: 10.4049 / jimmunol.1101938

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

54. Granja AG, Leal E, Pignatelli J, Castro R, Abos B., Kato G, et al. Идентификация дендритоподобных CD8alpha + клеток костистой кожи, представляющих потенциального общего предка дендритных клеток млекопитающих с перекрестным представлением. J Immunol. (2015) 195: 1825–37. DOI: 10.4049 / jimmunol.1500322

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

55.Саймон Р., Диаз-Розалес П., Морель Э., Мартин Д., Гранха А.Г., Тафалла С. Олигодезоксинуклеотиды CpG модулируют врожденные и адаптивные функции IgM (+) B-клеток у радужной форели. Front Immunol. (2019) 10: 584. DOI: 10.3389 / fimmu.2019.00584

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

58. Holzinger D, Jorns C, Stertz S, Boisson-Dupuis S, Thimme R, Weidmann M, et al. Для индукции экспрессии гена MxA вирусом гриппа A требуется передача сигналов интерферона типа I или типа III. J Virol. (2007) 81: 7776–85. DOI: 10.1128 / JVI.00546-06

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

59. Робертсен Б., Грейнер-Толлерсруд Л., Йоргенсен Л.Г. Анализ генома атлантического лосося выявил кластер генов Mx, которые сильнее реагируют на IFN гамма, чем на IFN типа I. Dev Comp Immunol. (2019) 90: 80–9. DOI: 10.1016 / j.dci.2018.09.004

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

60.Muller U, Steinhoff U, Reis LF, Hemmi S, Pavlovic J, Zinkernagel RM и др. Функциональная роль интерферонов типа I и типа II в противовирусной защите. Наука . (1994) 264: 1918–21. DOI: 10.1126 / science.8009221

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

61. Финк К., Ланг К.С., Манджаррес-Ордуно Н., Джунт Т., Сенн Б.М., Холденер М. и др. Ранние опосредованные интерфероном сигналы типа I на В-клетках специфически усиливают противовирусные гуморальные ответы. Eur J Immunol. (2006) 36: 2094–105. DOI: 10.1002 / eji.200635993

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

62. Ле Бон А., Томпсон С., Камфуйс Э., Дюран В., Россманн С., Калинке У. и др. Передний край: усиление ответа антител за счет прямой стимуляции В- и Т-клеток интерфероном типа I. J Immunol. (2006) 176: 2074–8. DOI: 10.4049 / jimmunol.176.4.2074

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

63. Чанг С.Дж., Сунь Б., Робертсен Б.Адъювантная активность интерферона типа I рыб показана на модели вакцинации вирусной ДНК. Вакцина . (2015) 33: 2442–8. DOI: 10.1016 / j.vaccine.2015.03.093

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

64. Собхез М., Краснов А., Чанг С. Дж., Робертсен Б. Анализ транскриптома плазмид-индуцированных генов проливает свет на роль IFN типа I в качестве адъюванта в ДНК-вакцине против вируса инфекционной анемии лосося. PLOS ONE . (2017) 12: e0188456. DOI: 10.1371 / journal.pone.0188456

PubMed Аннотация | CrossRef Полный текст | Google Scholar

DEMETER растительная ДНК-деметилаза индуцирует противовирусный ответ за счет передачи сигналов интерферона в клетках животных

Клонирование

NLS-фрагмент цитомегаловируса был получен путем отжига комплементарных олигонуклеотидов DG104 и DG105 и их вставки в сайты pEGFP-C1 I (Bgl II и Sal Клонтех). Фрагмент DMEΔN677ΔIDR1 :: lnk 19 (далее именуемый DMEΔ) амплифицировали с помощью ПЦР с использованием праймеров DG49 и DG65, а затем клонировали в сайты Sal I и Bam HI вектора pEGFP-C1 с NLS для получения pEGFP-NLS. -ДМЭΔ.Фрагмент EGFP-NLS-DMEΔ амплифицировали с помощью ПЦР с праймерами DG392 и DG394, расщепляли Nhe I и Pme I, а затем клонировали в соответствующие сайты вектора pCDNA3.1 / hygro / lacZ для получения pCDAN3.1-GFP. -NLS-DMEΔ. В качестве контроля конструкция pCDNA3.1-GFP была получена с использованием по существу той же процедуры, за исключением того, что фрагмент GFP был амплифицирован с использованием праймеров DG392 и DG393. Последовательности праймеров представлены в дополнительной таблице 1.

Культура клеток и анализ пролиферации клеток

Клетки HEK-293T выращивали в среде Игла, модифицированной Дульбекко (DMEM) (Hyclone) с добавлением 10% фетальной бычьей сыворотки (Hyclone) и 1% раствор антибиотика / антимикотика (Гиклон).Для анализа пролиферации клеток клетки HEK-293T (2 × 10 5 клеток / планшет) высевали на 60-миллиметровый планшет для культивирования клеток, выращивали в течение 24 часов, а затем трансфицировали pCDNA3.1-GFP, -DMEΔ, и плазмиды -DMEΔ (K1286Q) с использованием реагента Lipofectamine 2000 (Invitrogen) в соответствии с протоколом производителя. Среду DMEM, содержащую 200 мкг / мл гигромицина B (AG Scientific), заменяли каждые 24 часа. Количество клеток подсчитывали каждые 24 ч после трансфекции с помощью гемоцитометра в течение до четырех дней.Клетки HEK-293T, несущие плазмиды pCDNA3.1-GFP и -DMEΔ, названы 293T-GFP и 293T-DMEΔ соответственно. Другой набор планшетов для культивирования клеток (5 × 10 5 клеток / планшет) готовили параллельно и обрабатывали 25 мкМ 5-азацитидина (5аза) (MP Biomedicals) через 24 часа после трансфекции. Среду DMEM, содержащую 200 мкг / мл гигромицина B (AG Scientific) (+25 мкМ 5аза, при необходимости), меняли каждые 24 часа. Количество клеток подсчитывали каждые 24 ч после обработки 5aza в течение до трех дней.

Анализ клеточной сортировки с активацией флуоресценции (FACS)

Клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ получали, как описано в разделе о культуре клеток, и собирали через 48 часов после трансфекции. Среду DMEM, содержащую 200 мкг / мл гигромицина B (AG Scientific), заменяли через 24 ч после трансфекции. GFP-положительные клетки собирали с использованием FACS Aria III (BD Biosciences). Для анализа клеточного цикла клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ собирали центрифугированием через 48 часов после трансфекции.Клетки ресуспендировали в 1 мл ледяного 70% этанола и смешивали при осторожном встряхивании в течение ночи при 4 ° C. Фиксированные клетки промывали фосфатно-солевым буфером (PBS) и собирали центрифугированием при 300 g в течение 6 мин. Для окрашивания йодидом пропидия (PI) гранулы ресуспендировали в 0,5 мл связывающего буфера (10 мМ HEPES, pH 7,4, 140 мМ NaCl и 2,5 мМ CaCl 2 ) и 10 мкл РНКазы A (80 мкг / мл. , Sigma), а затем окрашивали 25 мкл раствора PI (50 мкг / мл, Sigma), инкубируя их на качалке в течение 30 мин в темноте при комнатной температуре.Окрашенные PI клетки подвергали анализу на проточном цитометре FACS Calibur (BD Biosciences), и все гистограммы проточной цитометрии анализировали с помощью программного обеспечения ModFit LT версии 3.0 (Verity Software).

Микроскопический анализ

Для проверки целостности мембраны с помощью окрашивания PI клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ окрашивали 8 мкг / мл раствора PI (Sigma) в течение 10 минут в темноте при комнатной температуре. Клетки дважды промывали 3% бычьим сывороточным альбумином (BSA) в PBS и окрашивали 300 нМ 4 ‘, 6-диамидино-2-фенилиндолом (DAPI, Invitrogen) в 1 мл PBS в течение 5 минут при комнатной температуре.Клетки дважды промывали 3% BSA в PBS и помещали в флуоресцентную среду для закрепления (Dako). Клетки исследовали под конфокальным лазерным сканирующим микроскопом LSM700 (Carl Zeiss), а изображения обрабатывали и анализировали с помощью программного обеспечения ZEN 2009 (Carl Zeiss).

TUNEL assay

клеток HEK-293T (1 × 10 5 клеток / слип) помещали на покрытое поли-L-лизином (Sigma) покровное стекло в 3 мл среды DMEM, инкубировали в течение 24 часов и трансфицировали. с плазмидами pCDNA3.1-GFP и -DMEΔ, как описано в разделе о культуре клеток.Через 48 часов после трансфекции клетки фиксировали в 100% метаноле в течение 15 минут при -20 ° C. Фиксированные клетки промывали 3% BSA в PBS и инкубировали с 45 мкл свежеприготовленной терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы (TdT), реакционного буфера для мечения ник-концов dUTP (TUNEL) (Roche) (1x TdT реакционный буфер и 5 мМ CoCl 2 ). в течение 10 мин при 37 ° C во влажной камере. Затем клетки подвергали реакции TUNEL с 400 ед. Фермента TdT (Roche) и 20 мкМ BrdUTP (Invitrogen) в 50 мкл реакционного буфера TUNEL в течение 1 ч при 37 ° C в камере влажности.После трех 5-минутных промываний 3% BSA в PBS клетки инкубировали с антителом BrdUTP, конъюгированным с AlexaFluor 594 (Life Technologies, B35132) в буфере для разведения (5% бычий сывороточный альбумин и 0,3% Triton X-100 в PBS) для 1 ч в темноте при комнатной температуре. Наконец, клетки трижды промывали 3% BSA в PBS, окрашивали DAPI и помещали в флуоресцентную среду для закрепления (Dako). Клетки исследовали под конфокальным лазерным сканирующим микроскопом LSM700 (Carl Zeiss), а изображения обрабатывали и анализировали с помощью программного обеспечения ZEN 2009 (Carl Zeiss).Фракции TUNEL-положительных клеток анализировали с помощью FACS в соответствии с процедурой, описанной выше, с помощью программного обеспечения Flowjo (Tree Star) для расчета.

полиинозиновая: полицитидиловая кислота (поли (I: C)) трансфекция

клеток HEK-293T (5 × 10 5 клеток / планшет) высевали на 60-миллиметровый планшет для культивирования клеток, выращивали в течение 24 часов, а затем трансфицировали с поли (I: C) (10 мкг / мл, Sigma). Клетки собирали через 36 часов после трансфекции и подвергали последующему анализу.

in vitro Анализ 5mC гликозилазы

Реакция in vitro в основном следовала процедуре, описанной Mok et al . 19 с небольшими изменениями. Через два дня после трансфекции GFP-положительные клетки отсортировывали с помощью FACS, собирали центрифугированием при 300 g в течение 5 минут при 4 ° C, а затем ресуспендировали в 100 мкл буфера для экстракции (50 мМ Tis-HCl, pH 7,4, 100 мМ NaCl. , 10% глицерин, 0,1 мМ дитиотреитол, коктейльная таблетка полного ингибитора протеазы, Roche). Клетки лизировали ультразвуком в течение 2 мин на льду (выходная мощность 4; рабочий цикл 50%; Branson Sonifer 250). Лизат центрифугировали при 15000 об / мин в течение 20 минут при 4 ° C, и весь экстракт клеток (10 мкг) инкубировали с радиоактивно меченным олигонуклеотидным субстратом 19 (13.3 нМ) в 15 мкл реакционной смеси с 10 мМ трис-HCl, pH 7,4, 50 мМ NaCl, 1 мМ дитиотреитола, 0,1 мМ EDTA, pH 8,0 при 37 ° C в течение 4 часов. Очищенный белок SUMO-DMEΔN677ΔIDR1 :: lnk (50 нг) использовали в качестве положительного контроля.

Вестерн-блоттинг

Клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ получали, как описано в разделе анализа FACS. Клетки лизировали в 10 мл буфера для лизиса (50 мМ Трис-HCl, pH 8,0, 150 мМ NaCl, 0,5% Nonidet P-40 и полная коктейльная таблетка ингибитора протеазы, Roche) на льду в течение 30 мин.Клеточные лизаты собирали и разделяли на 10% SDS-полиакриламидном геле. Гель наносили на мембрану Hybond C (GE Healthcare). Мембрану блокировали TBST (20 мМ Tris-HCl, pH 7,4, 137 мМ NaCl и 0,1% Tween-20), содержащим 3% BSA, в течение 1 ч при комнатной температуре, а затем инкубировали с раствором первичного антитела (описанного ниже) в течение ночи. при 4 ° C. После промывания TBST мембрану инкубировали с вторичным антителом, конъюгированным с пероксидазой хрена (HRP), в течение 1 часа при комнатной температуре.Сигналы регистрировались с использованием хемилюминесцентного субстрата SuperSignal West Pico (Thermo Scientific) и визуализировались путем экспонирования на рентгеновской пленке (Fujifilm). Первичные антитела, используемые для вестерн-анализа, были против циклина D1 (1: 1000, Santa Cruz Biotechnology, SC-20044), циклина A (1: 5000, Santa Cruz Biotechnology, SC-596), циклина B1 (1: 1000, Santa Cruz Biotechnology, SC-245), p21 (1: 500, Santa Cruz Biotechnology, SC-6246), c-Myc (1: 500, Santa Cruz Biotechnology, SC-746), IFN β (1: 500, Abcam, ab6979) , PARP (1: 1000, Cell Signaling Technology, 9542) и β-актин (1: 10 000, Santa Cruz Biotechnology, SC-47778).Соответственно, в качестве вторичных антител использовали козий антимышиный IgG-HRP (1: 10 000, Santa Cruz Biotechnology, SC-2005) и козий анти-кроличий IgG-HRP (1: 10 000, Santa Cruz Biotechnology, SC-2004).

Анализ микроматрицы

Анализ микроматрицы выполняли на матричной платформе Human Genome U133 Plus 2.0 (Affymetrix). Клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ получали, как описано в разделе анализа FACS. GFP-положительные клетки собирали с использованием FACS Aria III (BD Science), а общую РНК выделяли с помощью набора RNeasy Mini Kit (Qiagen).Мечение и гибридизацию с микрочипом выполняли в соответствии с инструкциями производителя. Массивы сканировали с помощью Affymetrix GeneChip Scanner 3000 7 G. Данные были извлечены с помощью Affymetrix Command Console 1.1 и нормализованы с использованием алгоритма MAS5. Наконец, матрица экспрессии генов была рассчитана с использованием пакета R Affy (v.2.11.1).

Количественный анализ ПЦР в реальном времени

Клетки собирали и общую РНК экстрагировали с использованием набора RNeasy Mini Kit (Qiagen).Синтез первой цепи кДНК выполняли с использованием 1 мкг общей РНК с праймерами Oligo (dT) (Invitrogen) и обратной транскриптазой SuperScript III (Invitrogen) в соответствии с инструкциями производителя. Затем продукты разбавляли до конечной концентрации 30 мкг / мл в воде, свободной от нуклеаз. Реакцию qRT-PCR проводили в объеме 10 мкл с набором Rotor-Gene SYBR Green PCR Kit (Qiagen), содержащим 60 нг матричной кДНК и 200 нМ каждого из ген-специфичных праймеров. Реакцию проводили при 95 ° C в течение 10 мин, затем 40–50 циклов при 94 ° C в течение 20 с, 60 ° C в течение 20 с и 72 ° C в течение 30 с на цикле Rotor-Gene Q (Qiagen).Анализ данных выполнялся, как описано ранее 50 . Последовательности праймеров, используемых в анализе qRT-PCR, представлены в дополнительной таблице 2.

Нозерн-блот-анализ

Суммарная РНК была извлечена из клеток 293T-GFP и 293T-DMEΔ через 48 часов после трансфекции и перенесена на Hybond N. + мембрана (GE Healthcare). Элемент L1 (номер доступа M19503) амплифицировали с помощью ПЦР с использованием праймеров DG2106 и DG2107 и случайным образом метили [α- 32 P] dCTP (Perkin Elmer) с использованием фрагмента Кленова (3 ‘→ 5’ экзо ) (Биолаборатории Новой Англии).После гибридизации мембрану экспонировали на экране фосфорного изображения (Fujifilm) и измеряли радиоактивность с помощью BAS-5000 Phosphorimager (Fujifilm). Последовательности праймеров представлены в дополнительной таблице 1.

Анализ метилирования

GFP-положительные клетки 293T-GFP и 293T-DMEΔ выделяли, как описано в разделе анализа FACS. Полногеномный анализ метилирования ДНК выполняли на платформе Human Methylation 450 K BeadChip (Illumina) 51 . Вкратце, 500 нг каждого образца гДНК превращали в бисульфит с помощью набора для метилирования ДНК EZ (Zymo Research).200 нг превращенной бисульфитом ДНК амплифицировали и гибридизовали на Infinium Human Methylation 450 K BeadChip (Illumina) в соответствии с протоколом производителя и сканировали с использованием сканера Illumina iScan (Illumina). Исходные значения интенсивности флуоресценции нормализовали с использованием модуля метилирования Illumina GenomeStudio (V2011). Нормализованные интенсивности использовали для расчета значений β. Значение β представляет собой процент метилированных цитозинов в локусе в диапазоне от 0 (отсутствие метилирования) до 1 (полное метилирование).Данные о метилировании BeadChip представлены как дополнительный набор данных 2 и депонированы в базе данных GEO под номером доступа GSE96864. Для локус-специфического анализа конверсию бисульфита проводили с использованием набора EpiTect Fast Bisulfite Conversion Kit (Qiagen). Обработанные бисульфитом фрагменты амплифицировали с помощью ПЦР с использованием праймеров, специфичных для генов IFI6, IFI44L и MLh4. Продукты ПЦР клонировали в вектор для клонирования RBC T-A (Real Biotech Corporation) и секвенировали. Паттерны метилирования ДНК анализировали с помощью программы CyMATE (http: // www.cymate.org). Последовательности праймеров для бисульфитного секвенирования представлены в дополнительной таблице 3.

Обнаружение смыслового / антисмыслового транскрипта с помощью TAG (TASA-TD) ПЦР

Эксперимент по существу проводили, как описано ранее 40 . Вкратце, через 48 часов после трансфекции суммарную РНК экстрагировали из FACS-отсортированных GFP-положительных клеток с использованием Trizol (Invitrogen) и синтезировали кДНК первой цепи. Нитьспецифическая ПЦР была проведена для генов L1, ERV-K и β-актина с использованием ТАГ и ген-специфичных смысловых и антисмысловых праймеров.Количественное определение продуктов ПЦР проводили с использованием ImageJ (http://imagej.nih.gov). Последовательности праймеров для TASA-TD ПЦР представлены в дополнительной таблице 4.

Доступность данных

Данные транскриптома и ДНК-метилома доступны в базе данных GEO (номер доступа GSE96863, GSE96864).

% PDF-1.4 % 8816 0 obj> эндобдж xref 8816 73 0000000016 00000 н. 0000004728 00000 н. 0000004968 00000 н. 0000005097 00000 н. 0000005187 00000 н. 0000005489 00000 н. 0000005629 00000 н. 0000005955 00000 н. 0000132016 00000 н. 0000170526 00000 н. 0000196067 00000 н. 0000196297 00000 н. 0000196500 00000 н. 0000196880 00000 н. 0000196942 00000 н. 0000197016 00000 н. 0000197097 00000 н. 0000197187 00000 н. 0000197236 00000 н. 0000197343 00000 н. 0000197392 00000 н. 0000197483 00000 н. 0000197532 00000 н. 0000197638 00000 п. 0000197687 00000 н. 0000197786 00000 н. 0000197835 00000 н. 0000197926 00000 н. 0000197975 00000 н. 0000198065 00000 н. 0000198114 00000 н. 0000198224 00000 н. 0000198273 00000 н. 0000198372 00000 н. 0000198421 00000 н. 0000198524 00000 н. 0000198573 00000 н. 0000198671 00000 н. 0000198720 00000 н. 0000198809 00000 н. 0000198858 00000 н. 0000198965 00000 н. 0000199014 00000 н. 0000199107 00000 н. 0000199156 00000 н. 0000199273 00000 н. 0000199322 00000 н. 0000199421 00000 н. 0000199470 00000 н. 0000199573 00000 н. 0000199622 00000 н. 0000199715 00000 н. 0000199764 00000 н. 0000199880 00000 н. 0000199929 00000 н. 0000200037 00000 н. 0000200086 00000 н. 0000200186 00000 н. 0000200235 00000 н. 0000200339 00000 н. 0000200387 00000 н. 0000200481 00000 н. 0000200529 00000 н. 0000200624 00000 н. 0000200671 00000 н. 0000200762 00000 н. 0000200809 00000 н. 0000200923 00000 н. 0000200970 00000 н. 0000201070 00000 н. 0000201117 00000 н. 0000004408 00000 н. 0000001795 00000 н. трейлер ] >> startxref 0 %% EOF 8888 0 obj> поток xXSS> 7 @ IH @ FŐF Wt /! * «» Pj X’۱n {p * 8uZ ]; zKѵk-8qbDZ {8’Ќ7D

Октамерсвязывающий фактор 6 (Oct-6 / Pou3f1) индуцируется интерфероном и вносит вклад в опосредованные дцРНК транскрипционные ответы

  • 1.

    Krause CD, Pestka S: Исторические достижения в исследовании рецепторов интерферона. Cytokine Growth Factor Rev.2007, 18 (5-6): 473-482. 10.1016 / j.cytogfr.2007.06.009.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 2.

    Декер Т., Мюллер М., Стокингер С. Инь и янь активности интерферона I типа при бактериальной инфекции. Nat Rev Immunol. 2005, 5 (9): 675-687. 10.1038 / nri1684.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 3.

    Schindler C, Levy DE, Decker T: передача сигналов JAK-STAT: от интерферонов к цитокинам. J Biol Chem. 2007, 282 (28): 20059-20063. 10.1074 / jbc.R700016200.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 4.

    Platanias LC: механизмы передачи сигналов, опосредованной интерфероном типа I и типа II. Nat Rev Immunol. 2005, 5 (5): 375-386. 10.1038 / nri1604.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 5.

    Decker T, Kovarik P, Meinke A: ГАЗ-элементы: несколько нуклеотидов, оказывающих большое влияние на экспрессию генов, индуцированную цитокинами. J Interferon Cytokine Res. 1997, 17 (3): 121-134. 10.1089 / jir.1997.17.121.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 6.

    Мацумото М., Танака Н., Харада Х, Кимура Т., Йокочи Т., Китагава М., Шиндлер С., Танигути Т. Активация фактора транскрипции ISGF3 интерфероном-гамма. Biol Chem. 1999, 380 (6): 699-703.10.1515 / BC.1999.087.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 7.

    Циммерманн А., Триллинг М., Вагнер М., Уилборн М., Бубик I, Йонджич С., Кошиновски Ю., Хенгель Х .: Цитомегаловирусный белок обнаруживает двойную роль STAT2 в передаче сигналов IFN- {gamma} и противовирусных ответах. J Exp Med. 2005, 201 (10): 1543-1553. 10.1084 / jem.20041401.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 8.

    Schroder K, Hertzog PJ, Ravasi T, Hume DA: Интерферон-гамма: обзор сигналов, механизмов и функций. J Leukoc Biol. 2004, 75 (2): 163-189. 10.1189 / jlb.0603252.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 9.

    ван Боксель-Дезайр А.Х., Рани М.Р., Старк Г.Р.: Комплексная модуляция передачи сигналов, специфичных для клеточного типа, в ответ на интерфероны I типа. Иммунитет. 2006, 25 (3): 361-372. 10.1016 / j.immuni.2006.08.014.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 10.

    Der SD, Zhou A, Williams BR, Silverman RH: Идентификация генов, дифференциально регулируемых интерфероном альфа, бета или гамма, с использованием массивов олигонуклеотидов. Proc Natl Acad Sci USA. 1998, 95 (26): 15623-15628. 10.1073 / pnas.95.26.15623.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 11.

    де Вир MJ, Holko M, Frevel M, Walker E, Der S, Paranjape JM, Silverman RH, Williams BR: Функциональная классификация генов, стимулированных интерфероном, идентифицированных с помощью микрочипов.J Leukoc Biol. 2001, 69 (6): 912-920.

    CAS PubMed Google Scholar

  • 12.

    Филлипс К., Луизи Б.: Виртуоз универсальности: протеины POU, которые гибко подходят к размеру. J Mol Biol. 2000, 302 (5): 1023-1039. 10.1006 / jmbi.2000.4107.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 13.

    Райан А.К., Розенфельд М.Г.: Ценности семейства доменов POU: гибкость, партнерство и коды развития.Genes Dev. 1997, 11 (10): 1207-1225. 10.1101 / gad.11.10.1207.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 14.

    Scholer HR, Hatzopoulos AK, Balling R, Suzuki N, Gruss P: Семейство октамер-специфичных белков, присутствующих во время эмбриогенеза мыши: свидетельство специфической для зародышевой линии экспрессии фактора Oct. EMBO J. 1989, 8 (9): 2543-2550.

    PubMed Central CAS PubMed Google Scholar

  • 15.

    Мейер Д., Граус А., Краай Р., Лангевельд А., Малдер М. П., Гросвельд Г.: Фактор связывания октамера Oct6: клонирование и экспрессия кДНК в ранних эмбриональных клетках. Nucleic Acids Res. 1990, 18 (24): 7357-7365. 10.1093 / нар / 18.24.7357.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 16.

    Monuki ES, Weinmaster G, Kuhn R, Lemke G: SCIP: ген глиального домена POU, регулируемый циклическим AMP. Нейрон. 1989, 3 (6): 783-793.10.1016 / 0896-6273 (89) -Х.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 17.

    He X, Treacy MN, Simmons DM, Ingraham HA, Swanson LW, Rosenfeld MG: Экспрессия большого семейства регуляторных генов POU-домена в развитии мозга млекопитающих. Природа. 1989, 340 (6228): 35-41. 10.1038 / 340035a0.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 18.

    Faus I, Hsu HJ, Fuchs E: Oct-6: регулятор экспрессии гена кератиноцитов в многослойном плоском эпителии.Mol Cell Biol. 1994, 14 (5): 3263-3275.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 19.

    Андерсен Б., Вайнберг В. К., Реннекампф О., МакЭвилли Р. Дж., Бермингем Дж. Р., Хушманд Ф., Васильев В., Хансбро Дж. Ф., Питтелькоу М. Р., Юспа С. Г.: Функции генов домена POU Skn-1a / i и Tst- 1 / Oct-6 / SCIP в дифференцировке эпидермиса. Genes Dev. 1997, 11 (14): 1873-1884. 10.1101 / gad.11.14.1873.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 20.

    Baumeister H, Meyerhof W: Фактор транскрипции домена POU Tst-1 активирует экспрессию гена рецептора 1 соматостатина в бета-клетках поджелудочной железы. J Biol Chem. 2000, 275 (37): 28882-28887. 10.1074 / jbc.M002175200.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 21.

    Jaegle M, Mandemakers W, Broos L, Zwart R, Karis A, Visser P, Grosveld F, Meijer D: Фактор POU Oct-6 и дифференцировка клеток Шванна. Наука. 1996, 273 (5274): 507-510.10.1126 / science.273.5274.507.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 22.

    Bermingham JR, Scherer SS, O’Connell S, Arroyo E, Kalla KA, Powell FL, Rosenfeld MG: Tst-1 / Oct-6 / SCIP регулирует уникальный этап периферической миелинизации и необходим для нормального дыхание. Genes Dev. 1996, 10 (14): 1751-1762. 10.1101 / гад.10.14.1751.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 23.

    Ghislain J, Charnay P: Контроль миелинизации в шванновских клетках: цис-регуляторный элемент Krox20 объединяет активности Oct6, Brn2 и Sox10. EMBO Rep.2006, 7 (1): 52-58. 10.1038 / sj.embor.7400573.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 24.

    Сварен Дж., Мейер Д. Молекулярный аппарат транскрипции гена миелина в шванновских клетках. Глия. 2008, 56 (14): 1541-1551. 10.1002 / glia.20767.

    PubMed Central Статья PubMed Google Scholar

  • 25.

    Ghazvini M, Mandemakers W, Jaegle M, Piirsoo M, Driegen S, Koutsourakis M, Smit X, Grosveld F, Meijer D: специфичный для типа клеток аллель гена POU Oct-6 показывает автономную функцию шванновских клеток в развитии нервов и регенерация. EMBO J. 2002, 21 (17): 4612-4620. 10.1093 / emboj / cdf475.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 26.

    Ryu EJ, Wang JY, Le N, Baloh RH, Gustin JA, Schmidt RE, Milbrandt J: Неправильная экспрессия Pou3f1 приводит к гипомиелинизации периферических нервов и потере аксонов.J Neurosci. 2007, 27 (43): 11552-11559. 10.1523 / JNEUROSCI.5497-06.2007.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 27.

    Шрайбер Дж., Эндерих Дж., Сок Э., Шмидт С., Рихтер-Ландсберг С., Вегнер М.: Избыточность белков POU класса III в линии олигодендроцитов. J Biol Chem. 1997, 272 (51): 32286-32293. 10.1074 / jbc.272.51.32286.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 28.

    Jensen NA, Pedersen KM, Celis JE, West MJ: Неврологические нарушения, преждевременная летальность и дефицит центральной миелинизации у трансгенных мышей, сверхэкспрессирующих фактор транскрипции гомео-домена Oct-6. J Clin Invest. 1998, 101 (6): 1292-1299. 10.1172 / JCI1807.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 29.

    Hai M, Muja N, DeVries GH, Quarles RH, Patel PI: Сравнительный анализ линий клеток Шванна как модельных систем для исследований транскрипции гена миелина.J Neurosci Res. 2002, 69 (4): 497-508. 10.1002 / jnr.10327.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 30.

    Данн Т.Л., Росс И.Л., Хьюм Д.А.: Фактор транскрипции Oct-2 экспрессируется в первичных мышиных макрофагах. Кровь. 1996, 88 (10): 4072-

    CAS PubMed Google Scholar

  • 31.

    Honda K, Taniguchi T: IRF: главные регуляторы передачи сигналов Toll-подобными рецепторами и цитозольными рецепторами распознавания образов.Nat Rev Immunol. 2006, 6 (9): 644-658. 10.1038 / nri1900.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 32.

    Дойл С.Л., О’Нил Л.А.: Толл-подобные рецепторы: от открытия NFkappaB до нового понимания регуляции транскрипции врожденного иммунитета. Biochem Pharmacol. 2006, 72 (9): 1102-1113. 10.1016 / j.bcp.2006.07.010.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 33.

    Takeuchi O, Akira S: MDA5 / RIG-I и распознавание вирусов. Curr Opin Immunol. 2008, 20 (1): 17-22. 10.1016 / j.coi.2008.01.002.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 34.

    Levy DE, Marie I, Smith E, Prakash A: усиление и диверсификация индукции IFN с помощью положительной обратной связи, опосредованной IRF-7. J Interferon Cytokine Res. 2002, 22 (1): 87-93. 10.1089 / 1079953452692.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 35.

    Sadzak I, Schiff M, Gattermeier I, Glinitzer R, Sauer I, Saalmuller A, Yang E, Schaljo B, Kovarik P: Рекрутирование Stat1 в хроматин требуется для индуцированного интерфероном фосфорилирования серина домена трансактивации Stat1. Proc Natl Acad Sci USA. 2008, 105 (26): 8944-8949. 10.1073 / pnas.0801794105.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 36.

    Baranek C, Sock E, Wegner M: POU-белок Oct-6 представляет собой ядерно-цитоплазматический челночный белок.Nucleic Acids Res. 2005, 33 (19): 6277-6286. 10.1093 / нар / gki947.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 37.

    Sock E, Enderich J, Rosenfeld MG, Wegner M: Идентификация сигнала ядерной локализации белка Tst-1 / Oct6 домена POU. J Biol Chem. 1996, 271 (29): 17512-17518. 10.1074 / jbc.271.29.17512.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 38.

    Mesplede T, Island ML, Christeff N, Petek F, Doly J, Navarro S: Фактор транскрипции POU Oct-1 репрессирует индуцированную вирусом экспрессию гена интерферона A. Mol Cell Biol. 2005, 25 (19): 8717-8731. 10.1128 / MCB.25.19.8717-8731.2005.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 39.

    Mandemakers W, Zwart R, Jaegle M, Walbeehm E, Visser P, Grosveld F, Meijer D: специфичный для дистальных шванновских клеток энхансер опосредует аксональную регуляцию фактора транскрипции Oct-6 во время развития и регенерации периферических нервов. .EMBO J. 2000, 19 (12): 2992-3003. 10.1093 / emboj / 19.12.2992.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 40.

    Meijer D: Neuroscience. Поехали на рыбалку, поймали змею. Наука. 2009, 325 (5946): 1353-1354. 10.1126 / science.1180103.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 41.

    Nickols JC, Valentine W, Kanwal S, Carter BD: Активация фактора транскрипции NF-kappaB в шванновских клетках необходима для образования периферического миелина.Nat Neurosci. 2003, 6 (2): 161-167. 10.1038 / nn995.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 42.

    Welstead GG, Brambrink T, Jaenisch R: Создание iPS-клеток из MEFS посредством принудительной экспрессии Sox-2, Oct-4, c-Myc и Klf4. J Vis Exp. 2008, 14

  • 43.

    Vierbuchen T, Ostermeier A, Pang ZP, Kokubu Y, Sudhof TC, Wernig M: Прямое преобразование фибробластов в функциональные нейроны определенными факторами.Природа. 2010, 463 (7288): 1035-1041. 10.1038 / природа08797.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 44.

    Li L, Sun L, Gao F, Jiang J, Yang Y, Li C, Gu J, Wei Z, Yang A, Lu R: Stk40 связывает фактор плюрипотентности Oct4 с путем Erk / MAPK и контролирует внеэмбриональная дифференцировка энтодермы. Proc Natl Acad Sci USA. 2010, 107 (4): 1402-1407. 10.1073 / pnas.0

    7107.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 45.

    Huang J, Teng L, Liu T, Li L, Chen D, Li F, Xu LG, Zhai Z, Shu HB: Идентификация новой серин / треониновой киназы, которая ингибирует TNF-индуцированную активацию NF-kappaB и индуцированную p53 транскрипцию . Biochem Biophys Res Commun. 2003, 309 (4): 774-778. 10.1016 / j.bbrc.2003.08.069.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 46.

    Pillai RS, Will CL, Luhrmann R, Schumperli D, Muller B: Очищенные snRNP U7 не содержат белков D1 и D2 Sm, но содержат Lsm10, новый 14 кДа Sm D1-подобный белок.EMBO J. 2001, 20 (19): 5470-5479. 10.1093 / emboj / 20.19.5470.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 47.

    Yang XC, Torres MP, Marzluff WF, Dominski Z: Три белка U7-специфичного кольца Sm функционируют как молекулярный регулятор, определяющий сайт процессинга 3′-конца в пре-мРНК гистонов млекопитающих. Mol Cell Biol. 2009, 29 (15): 4045-4056. 10.1128 / MCB.00296-09.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 48.

    Monuki ES, Kuhn R, Lemke G: Репрессия гена миелина P0 фактором транскрипции POU SCIP. Mech Dev. 1993, 42 (1-2): 15-32. 10.1016 / 0925-4773 (93) -Ф.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 49.

    Ремени А., Томилин А., Шолер Х. Р., Вилманнс М.: Дифференциальная активность ДНК-индуцированных четвертичных структур факторов транскрипции ПОУ. Biochem Pharmacol. 2002, 64 (5-6): 979-984. 10.1016 / S0006-2952 (02) 01164-4.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 50.

    Kuhlbrodt K, Herbarth B, Sock E, Enderich J, Hermans-Borgmeyer I, Wegner M: Совместная функция белков POU и белков SOX в глиальных клетках. J Biol Chem. 1998, 273 (26): 16050-16057. 10.1074 / jbc.273.26.16050.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 51.

    Reiprich S, Kriesch J, Schreiner S, Wegner M: Активация экспрессии гена Krox20 с помощью Sox10 в миелинизирующих шванновских клетках.J Neurochem. 2009

    Google Scholar

  • 52.

    Muller U, Steinhoff U, Reis LF, Hemmi S, Pavlovic J, Zinkernagel RM, Aguet M: Функциональная роль интерферонов типа I и типа II в противовирусной защите. Наука. 1994, 264 (5167): 1918-1921. 10.1126 / science.8009221.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 53.

    Karaghiosoff M, Neubauer H, Lassnig C, Kovarik P, Schindler H, Pircher H, McCoy B, Bogdan C, Decker T., Brem G: Частичное нарушение цитокиновых ответов у Tyk2-дефицитных мышей.Иммунитет. 2000, 13 (4): 549-560. 10.1016 / S1074-7613 (00) 00054-6.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 54.

    Durbin JE, Hackenmiller R, Simon MC, Levy DE: Целевое нарушение гена Stat1 мыши приводит к нарушению врожденного иммунитета к вирусным заболеваниям. Клетка. 1996, 84 (3): 443-450. 10.1016 / S0092-8674 (00) 81289-1.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 55.

    Reis LF, Ruffner H, Stark G, Aguet M, Weissmann C: Мыши, лишенные фактора регуляции интерферона 1 (IRF-1), демонстрируют нормальную экспрессию генов интерферона I типа. EMBO J. 1994, 13 (20): 4798-4806.

    PubMed Central CAS PubMed Google Scholar

  • 56.

    Erlandsson L, Blumenthal R, Eloranta ML, Engel H, Alm G, Weiss S, Leanderson T: Интерферон-бета необходим для производства интерферона-альфа в фибробластах мыши. Curr Biol.1998, 8 (4): 223-226. 10.1016 / S0960-9822 (98) 70086-7.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 57.

    Baccarini M, Bistoni F, Lohmann-Matthes ML: естественная клеточная цитотоксичность in vitro против Candida albicans: предшественники макрофагов в качестве эффекторных клеток. J Immunol. 1985, 134 (4): 2658-2665.

    CAS PubMed Google Scholar

  • 58.

    Todaro GJ, Green H: количественные исследования роста клеток эмбриона мыши в культуре и их развития в устоявшиеся линии.J Cell Biol. 1963, 17: 299-313. 10.1083 / jcb.17.2.299.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 59.

    Strobl B, Bubic I, Bruns U, Steinborn R, Lajko R, Kolbe T., Karaghiosoff M, Kalinke U, Jonjic S, Muller M: Новые функции тирозинкиназы 2 в противовирусной защите против цитомегаловируса мыши. J Immunol. 2005, 175 (6): 4000-4008.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 60.

    Zwart R, Broos L, Grosveld G, Meijer D: ограниченный паттерн экспрессии фактора POU Oct-6 во время раннего развития нервной системы мышей. Mech Dev. 1996, 54 (2): 185-194. 10.1016 / 0925-4773 (95) 00472-6.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 61.

    Lillemeier BF, Koster M, Kerr IM: STAT1 от клеточной мембраны к ДНК. EMBO J. 2001, 20 (10): 2508-2517. 10.1093 / emboj / 20.10.2508.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 62.

    Jaegle M, Ghazvini M, Mandemakers W, Piirsoo M, Driegen S, Levavasseur F, Raghoenath S, Grosveld F, Meijer D: Белки POU Brn-2 и Oct-6 разделяют важные функции в развитии шванновских клеток. Genes Dev. 2003, 17 (11): 1380-1391. 10.1101 / gad.258203.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 63.

    Ананко Е.А., Кондрахин Ю.В., Меркулова Т.И., Колчанов Н.А.: Распознавание интерферон-индуцируемых сайтов, промоторов и энхансеров.BMC Bioinformatics. 2007, 8: 56-10.1186 / 1471-2105-8-56.

    PubMed Central Статья PubMed Google Scholar

  • 64.

    Коварик П., Стойбер Д., Новый М., Деккер Т.: Stat1 объединяет сигналы, полученные от рецепторов IFN-гамма и LPS во время активации макрофагов. EMBO J. 1998, 17 (13): 3660-3668. 10.1093 / emboj / 17.13.3660.

    PubMed Central CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 65.

    Letertre C, Perelle S, Dilasser F, Arar K, Fach P: Оценка эффективности зондов LNA и MGB в анализах ПЦР с 5′-нуклеазами. Зонды Mol Cell. 2003, 17 (6): 307-311. 10.1016 / j.mcp.2003.08.004.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 66.

    Джульетти А., Оверберг Л., Валкс Д., Декаллон Б., Буйон Р., Матье С. Обзор количественной ПЦР в реальном времени: приложения для количественной оценки экспрессии генов цитокинов.Методы. 2001, 25 (4): 386-401. 10.1006 / meth.2001.1261.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 67.

    Karaghiosoff M, Steinborn R, Kovarik P, Kriegshauser G, Baccarini M, Donabauer B, Reichart U, Kolbe T., Bogdan C, Leanderson T: Центральная роль интерферонов типа I и Tyk2 в индуцированном липополисахаридом эндотоксин-шоке . Nat Immunol. 2003, 4 (5): 471-477. 10.1038 / ni910.

    CAS Статья PubMed Google Scholar

  • 68.

    Деннис Г., Шерман Б.Т., Хосак Д.А., Ян Дж., Гао В., Лейн Х.С., Лемпицки Р.А.: ДЭВИД: База данных для аннотаций, визуализации и интегрированного обнаружения. Genome Biol. 2003, 4 (5): P3-10.1186 / GB-2003-4-5-p3.

    Артикул PubMed Google Scholar

  • 69.

    Хуанг да В., Шерман Б.Т., Лемпицки Р.А.: Систематический и комплексный анализ больших списков генов с использованием ресурсов биоинформатики DAVID. Nat Protoc. 2009, 4 (1): 44-57. 10.1038 / нпрот.2008.211.

    Артикул PubMed Google Scholar

  • Врожденные иммунные ответы на ротавирусную инфекцию


    1. Введение


    Хозяева выработали очень сложные механизмы предотвращения и контроля вирусных инфекций. К ним относятся врожденный иммунный ответ, запрограммированный в большинстве эукариотических клеток и запускаемый вскоре после проникновения вируса, а также более специализированный адаптивный иммунный ответ, определяемый аспектами антигенной специфичности и памяти.После инфицирования клетки-хозяина большинство вирусов запускают один или несколько рецепторов распознавания образов (PRR), которые эволюционировали, чтобы распознавать вирус-специфические сигнатуры или патоген-ассоциированные молекулярные структуры (PAMP) (например, 5′-трифосфатная РНК), и при связывании лиганда. , запускают консервативные пути передачи сигналов, которые завершаются функциональной активацией критических факторов транскрипции хозяина (TF), участвующих в инициации различных противовирусных ответов. Несколько генов, индуцированных вирусным стрессом (vSIG), транскрибируются в результате этой ранней активации, включая те, которые кодируют секреторные интерфероны I и III типа (IFN).Экспрессия и секреция IFN приводят к их связыванию с родственными поверхностными рецепторами на клетках как по аутокринному, так и по паракринному типу, с последующей активацией лиганд-стимулированного сигнального каскада JAK-STAT. Активированные STAT вместе с другими вспомогательными факторами затем перемещаются в ядро ​​и инициируют вторую волну транскрипции, что приводит к экспрессии сотен генов, кодирующих антивирусные белки, нацеленные на множественные аспекты репликации, сборки, созревания и распространения вирусов.Эта вторая фаза ответа IFN также имеет решающее значение для обеспечения того, чтобы начальная экспрессия IFN усиливалась посредством положительной обратной связи, что обеспечивает устойчивое установление антивирусного состояния в различных типах клеток-хозяев, как инфицированных, так и неинфицированных. Коэволюция хозяев и их вирусов [также известная как гипотеза красной королевы (Muraille, 2013)], вероятно, привела не только к нынешней сложности врожденного ответа хозяина, но и к появлению вирусных стратегий, блокирующих врожденный ответ на нескольких этапах для обеспечения эволюционного преимущества (Medzhitov, Janeway, 1997).Соответственно, большинство патогенных вирусов, включая ротавирусы (RV), кодируют факторы, нацеленные на повторяющиеся этапы сигнальных путей индукции и амплификации IFN. Поскольку многие из основных аспектов структуры, репликации и патофизиологии правого желудочка рассматриваются в других частях этой книги (главы 2.1–2.4 и 2.6), они здесь не рассматриваются. Однако некоторые аспекты биологии RV могут иметь особое отношение к врожденному иммунному ответу хозяина на вирусы. Ротавирусы инкапсидируют 11-сегментный геном дцРНК, и во время репликации образуется кэпированная мРНК, которая служит матрицей для неконсервативной репликации генома.Вместе такие нуклеиновые кислоты RV представляют собой чрезвычайно мощные стимулы для компонентов аппарата PRR хозяина, включая RIG-I, MDA-5 и TLR3. Однако этапы репликации, транскрипции и сборки в жизненном цикле RV (в соответствии с существующей парадигмой) происходят внутри субвирусных частиц и специализированных участков сборки внутри клетки (вироплазмы) и, вероятно, препятствуют любому значительному воздействию вирусной дцРНК на врожденные сенсоры в клетке. цитоплазма, особенно на ранних стадиях инфицирования (Arnold et al., 2013а). Для индукции интерферона RV в некоторых, но не во всех типах клеток in vitro требуется репликация вируса (Sen et al., 2009; Deal et al., 2010), а участки сборки RV (вироплазмы) могут играть защитную роль, не только изолируя потенциальные вирусные PAMP (Sen et al., 2011; Uzri and Greenberg, 2013), но также критические факторы врожденного ответа хозяина, такие как NF-kB (Holloway et al., 2009). Хотя модели клеточных культур in vitro продолжают оставаться жизненно важными для расшифровки взаимодействий RV с врожденным иммунным ответом, существуют важные различия между системами культивирования клеток in vitro и репликацией in vivo из-за уникальных аспектов тропизма RV и гетерогенности врожденных иммунных ответов на RV в организме человека. различные типы клеток кишечника.В частности, RV преимущественно инфицируют зрелые ворсинчатые энтероциты в тонком кишечнике и плохо реплицируются, если вообще воспроизводятся в иммунных клетках кишечника. Однако вскоре после инфицирования RV как кишечные эпителиальные, так и иммунные клетки вырабатывают врожденные реакции, и недавние исследования (Frias et al., 2012; Sen et al., 2012; Deal et al., 2013; Feng et al., 2013; Pane) et al., 2014) указывают на критическую роль обоих типов клеток в ограничении репликации определенных штаммов RV.

    2. Гомологичные и гетерологичные ротавирусы: контрастирующие парадигмы регуляции врожденного иммунитета


    Ротавирусная инфекция иммунокомпетентного хозяина протекает остро и при условии, что хозяин переживает тяжелое обезвоживание, разрешается в течение нескольких дней.Ранняя работа установила, что как in vitro, так и in vivo, хотя RV является мощным индуктором IFN, репликация нескольких штаммов RV эффективна и относительно нечувствительна к эффектам IFN (La Bonnardiere and Laude, 1983; De Boissieu et al., 1993) . Отсутствие существенного противовирусного эффекта IFN на репликацию RV in vivo отражается в его высокой контагиозности; примечательно, что одна инфекционная частица ротавируса в культуре клеток может составлять минимальную инфекционную дозу для нескольких видов хозяев (Graham et al., 1987; Burns et al., 1995). В отличие от этих результатов для гомологичных RV (т. Е. RV, часто выделяемых из видов-хозяев, где они вызывают заболевание), репликация (и инфекционность) ротавирусов в гетерологичных видах-хозяевах (например, RV обезьяны или RV крупного рогатого скота у грудных мышей) является строго ограничено (Arnold et al., 2013a; Sen et al., 2012; Feng et al., 2008; Greenberg, Estes, 2009; Angel et al., 2012). Этот естественный «видовой барьер» или ограничение диапазона хозяев (HRR) был использован для разработки нескольких ослабленных ротавирусных вакцин и вакцин-кандидатов, и предыдущие исследования в этой лаборатории установили важную роль неструктурного белка RV NSP1 и IFN хозяина. ответ в феномене HRR (Feng et al., 2008, 2013; Burns et al., 1995; Гринберг и Эстес, 2009 г .; Ангел и др., 2012; Басс и др., 1992; Franco et al., 1996a, b; Роуз и др., 1998; Франко и Гринберг, 1999). В модели RV-инфекции у грудных мышей инфицирование гетерологичными RV (такими как обезьяний или бычий RV) приводит к плохой репликации вируса, ограниченному заболеванию, когда инокулят не очень большой, и плохой трансмиссивности. Генетическое устранение рецептора, специфичного для IFN типа I (IFNAR1 — / — ), приводит к умеренному (но не статистически значимому) увеличению кишечной репликации RRV у мышей IFNAR1 (Feng et al., 2008). Комбинированные нокауты рецепторов IFN типа I и II (IFNAGR — / — ) приводят к значительно более длительной и обширной репликации RRV в кишечнике по сравнению с мышами WT. Сходное усиление репликации можно наблюдать у мышей, лишенных STAT1, что, вероятно, отключает кумулятивные IFN-α / β / γ- и IFN-λ-зависимые ответы (Sen et al., 2012; Feng et al., 2008). Помимо более высокой репликации в кишечнике, RRV значительно лучше реплицируется в системных сайтах у мышей, лишенных рецепторов IFN типов I и II, или STAT1.Примечательно, что у мышей IFNAGR — / — или STAT1 — / — инфекция RRV приводит к развитию тяжелого системного заболевания, которое приводит к заболеваемости или смертности почти 85–90% животных (Feng et al., 2008 г.). Более легкое самоограничивающееся заболевание наблюдалось у мышей IFNAR — / — , инфицированных RRV, но не наблюдалось у мышей IFNGR — / — (в отличие от мышей IFNAGR — / — , как отмечалось ранее). Комбинированный эффект IFNAR1 и IFNGR1 и отсутствие системного заболевания у IFNGR-дефицитных мышей представляет интерес и согласуется с выводами о том, что во время инфекции RV кишечные иммунные клетки (которые являются основными ответчиками IFNGR1) секретируют значительные IFN типа I (Sen и другие., 2012). Исследования, изучающие природу перекрестного взаимодействия рецепторов IFN, показали, что в MEF от IFNAR1- и IFNGR1-дефицитных мышей, STAT1-опосредованные ответы на IFN-γ нарушены, в то время как STAT1-ответы на IFN-α в клетках IFNGR1 — / — нарушены. не затронуты (Takaoka et al., 2000). Следовательно, перекрестные помехи между двумя типами IFN кажутся однонаправленными в том смысле, что передача сигналов IFN-γ зависит от передачи сигналов IFN-α / β, но не наоборот.
    В отличие от штамма обезьяньего RRV, инфицирование сосущих мышей с нокаутом IFN-рецептора / STAT1 гомологичным мышиным RV EW не является существенно более эффективным или патогенным, чем у мышей WT и IFNAGR- или STAT1-дефицитных. у мышей не обнаруживается заметного системного заболевания после инфицирования RV мышей (Sen et al., 2012; Feng et al., 2008; 2013; Гринберг и Эстес, 2009). Таким образом, чувствительность гомологичных и гетерологичных штаммов RV к действию IFN заметно различается у мышей-сосунков. В этих исследованиях также наблюдалось важное различие между обезьяньей RRV и гетерологичными линиями крупного рогатого скота и свиней (NCDV и OSU), которые не могли воспроизводиться до обнаруживаемых уровней даже у мышей с IFN-рецептором или STAT1-дефицитных мышей (Feng et al., 2008, 2013). Основа для этих различий может быть связана с ограничениями репликации, опосредованными VP4-опосредованным проникновением вируса, в дополнение к ограничениям на основе IFN, как обсуждается ниже.Напротив, другой гетерологичный штамм обезьян (SA11) был подобен RRV и показал примерно 10 3 -кратное усиление репликации в кишечнике при 5 dpi у мышей, у которых отсутствовали ответы IFN-α / γ (Feng et al., 2008). Совсем недавно в других исследованиях мы воспроизвели и расширили эти более ранние данные о значительной дифференциальной чувствительности к IFN (> 10 4 ) репликации EW мышей и обезьяньего RRV в кишечнике, используя высококоличественное (и сопоставимое) измерение вирусной нагрузки с помощью qRT- ПЦР (Sen et al., 2012; Feng et al., 2013). Кишечная репликация RRV, которая довольно эффективна по сравнению с несколькими другими гетерологичными вирусами у грудных мышей, все еще была строго ограничена (более чем в 10 000 раз) по сравнению с гомологичным штаммом EW мышей. Ограниченная репликация RRV могла быть спасена с коэффициентом ~ 10 3 у мышей STAT1 — / — . Напротив, репликация EW RV существенно не различалась между WT и STAT1-дефицитными мышами (менее чем в 10 раз). Белок VP4 RRV при экспрессии на генетическом фоне RR мышей ограничивал репликацию вируса только на ∼1 log (Sen et al., 2012; Feng et al., 2013), тогда как замена мышиного гена, кодирующего NSP1, его аналогом RRV привела к RRV-подобному ограничению репликации (Feng et al., 2013), что указывает на то, что чувствительность RRV к IFN не связана с VP4-ассоциированной вступительные требования, но вместо этого в решающей степени зависит от NSP1. Другие сравнения показали, что, в отличие от VP4 RRV, ген VP4 из гетерологичного штамма британских RV крупного рогатого скота серьезно ограничивает репликацию в кишечнике мышей, предполагая, что гетерологичный хозяин также может быть невосприимчивым к инфекции определенными RV из-за неэффективного проникновения вируса, опосредованного VP4 (Feng и другие., 2013). Таким образом, существует значительный объем доказательств, подтверждающих вывод о том, что в модели сосущих мышей гомологичные мышиные RV являются мощными ингибиторами IFN-опосредованных противовирусных ответов, включая все STAT1-зависимые ответы (IFN типов I, II и III). Напротив, компетентные к входу в клетки кишечника мыши гетерологичные RV, такие как штаммы обезьяньего RRV и SA11, очень чувствительны к антирепликационным эффектам IFN, и роли различных IFN (особенно IFN-λ) в ограничении их репликации должны быть тщательно изучен в будущих исследованиях.В недавно опубликованном исследовании (Lin et al., 2016) с использованием мышей-сосунков с дефицитом IFNAR1, IFNLR или обоих IFNALR мы обнаружили, что отсутствие IFNAR или IFNLR по отдельности или в комбинации не привело к значительному усилению репликации EW RV мыши. Подобные исследования с гетерологичной инфекцией RV обезьян выявляют IFNAR1- и IFNLR-зависимую репликацию вируса и позволяют более детально сравнить роль этих IFNR в регуляции репликации гетерологичного RV in vivo (Lin et al., 2016).

    3.Обнаружение ротавирусной инфекции: врожденные сенсоры хозяина, участвующие в распознавании ротавируса


    Вхождение и репликация вируса приводят к появлению нескольких вирус-специфичных PAMP в эпителиальной клетке кишечника хозяина, включая вирусный гликопротеин, геномную РНК / ДНК, вирусные транскрипты и репликацию нуклеиновых кислот. промежуточные звенья. Клетки-хозяева экспрессируют набор структурно связанных PRR, которые позволяют обнаруживать инфекцию и передавать сигналы путей индукции IFN. Эукариотические PRR включают внутренние клеточные RIG-I-подобные рецепторы (RLR) и NOD-подобные рецепторы (NLR), которые активируются исключительно внутри инфицированных клеток, а также внешние Toll-подобные рецепторы (TLR), экспрессия которых на клетке поверхности и везикулярные мембраны расширяют свою функциональность на неинфицированные клетки-свидетели, такие как дендритные клетки и макрофаги.В нескольких исследованиях изучались взаимодействия между PAMP RV и PRR хозяина (Sen et al., 2011; Broquet et al., 2011; Qin et al., 2011; Pott et al., 2012; Nandi et al., 2014), что привело к лучшее понимание этого компонента врожденного иммунитета хозяина к RV.
    Геномная РНК RV: Примечательно, что еще в 1982 году было отмечено, что «инфекционный RV, по-видимому, не представляет свою дцРНК в форме, подходящей для индукции IFN» (McKimm-Breschkin and Holmes, 1982). Независимо от их способности разрушать IFN, репликация различных штаммов RV приводит к ранней и значительной индукции пути IFN, что сопровождается повышенной экспрессией нескольких транскриптов (ISG15, ISG20, IFIT1, IFIT2 и т. Д.)), белки (IFIT, IRF7) и фосфорилированием сигнальных промежуточных продуктов (IRF3, STAT1 и др.) (Sen et al., 2009; 2011; 2012; 2014; Holloway et al., 2009; Frias et al., 2010; 2012; Broquet et al., 2011; Qin et al., 2011; Nandi et al., 2014; Rollo et al., 1999; Graff et al., 2009; Bagchi et al., 2010; Liu et al. , 2010; Pott et al., 2011; Arnold et al., 2013b; Bagchi et al., 2013; Di Fiore et al., 2015; Morelli et al., 2015). Эта индукция происходит уже на 3-5 hpi (Sen et al., 2009, 2011) и отличается от стимуляции пути IFN облученным УФ-излучением «инактивированным» вирусом, которая происходит намного позже (около 12 hpi) (McKimm-Breschkin and Holmes , 1982), вероятно, через высвобождение и экспонирование вирусного генома дцРНК после деградации капсидных белков.Как обсуждается позже, к этому времени в инфицированной клетке синтезируются неструктурные белки, кодируемые RV, которые могут сильно ингибировать индукцию IFN (и которые отсутствуют в экспериментах с инактивированным RV). Исследования с использованием очищенной дцРНК RV показали, что она эффективно индуцирует активацию RLR, TLR и NLR, приводящую к экспрессии IFNβ и воспалительных цитокинов, таких как IL1β и IL18 (Kanneganti et al., 2006; Sato et al., 2006). Хотя TLR3, первичный PRR для обнаружения дцРНК, плохо экспрессируется на IEC у грудных мышей и человеческих младенцев, наблюдается возрастное увеличение его экспрессии в этих клетках у мышей старшего возраста и взрослых (Pott et al., 2012). Эксперименты с использованием siRNA-опосредованного нокдауна TLR3 не смогли выявить убедительную роль в ранних ответах IFN на RV в MEFs (Sen et al., 2011; Broquet et al., 2011).
    Напротив, типом клеток, где дцРНК RV является мощным PAMP, является плазматическая дендритная клетка (pDC), хотя родственные PRR, участвующие в ней, неизвестны (Deal et al., 2010; 2013; Douagi et al., 2007 ; Gonzalez et al., 2010; Lopez-Guerrero et al., 2010). Высокоочищенные первичные pDC человека, которые подвергаются действию инактивированного RV, сильно экспрессируют IFNα уже через 6 часов после воздействия, в то время как pDC, подвергнутые воздействию вирусоподобных частиц, содержащих VP2, VP6, VP4 и VP7, но не дцРНК, не экспрессируют интерфероны типа 1 (Deal et al. ., 2010). Таким образом, ранняя dsRNA-опосредованная активация IFN может не иметь особого значения для кишечных эпителиальных клеток, поддерживающих репликацию RV, но может быть весьма важной для индукции IFN, которая происходит in vivo в нереплицирующихся компартментах, таких как иммунные клетки кишечника (Sen et al., 2012) и, возможно, в TLR3, экспрессирующих IECs от взрослых мышей, инфицированных RV (Pott et al., 2012).
    Побочные продукты репликации RV: Ранняя активация PRR в инфицированных клетках зависит от репликации вируса.Исследования бычьего UK RV в эмбриональных фибробластах мыши (MEF) показали, что, несмотря на кодирование полного набора как структурных, так и неструктурных вирусных белков, британская инфекция MEF приводит к устойчивой секреции IFNβ (Sen et al., 2009). Стоит отметить, что в некоторых других клеточных линиях, таких как COS7 и HT29, UK RV очень способен эффективно ингибировать ответы IFNβ (Sen et al., 2009), демонстрируя, что регулирование RV экспрессии IFN является контекстуальным, а не абсолютным — и важный фактор, который следует учитывать при классификации фенотипов ИФН РВ на отдельные типы клеток.В MEF ранняя индукция IFN была отменена УФ-инактивированным UK вирусом, что указывает на то, что побочный продукт (продукты) репликации действует как PAMP (ы) для ранней активации PRR (Sen et al., 2009). Последующая биохимическая и ферментативная характеристика РНК RV из инфицированных клеток и систем транскрипции in vitro показала, что виды мРНК RV с экспонированными 5′-фосфатными группами и с не полностью 5′-O-метилированными «кэпными» структурами были особенно эффективны при стимуляции PRR (Uzri and Greenberg, 2013) (рис.2.8.1). Используя генетически нокаутные MEF, лишенные различных PRR, был определен их относительный вклад в раннюю активацию IFN с помощью RV (Sen et al., 2011; Broquet et al., 2011). Судя по таким исследованиям, вполне вероятно, что транскрипция RV запускает связанные с митохондриями RLR RIG-I (индуцированный ретиноевой кислотой ген I) и MDA-5 (антиген 5, связанный с дифференцировкой меланомы) на ранней стадии после инфицирования. В соответствии с функцией RLR, активация RIG-I и MDA-5 с помощью RV полностью зависит от митохондриального адаптера MAVS.В то время как отсутствие MAVS приводит к полной потере распознавания RV (и последующей секреции IFN позже при инфицировании) клеткой-хозяином, этот дефект не полностью повторяется удалением только RIG-I или MDA5, что указывает на то, что оба PRR действуют избыточно. в обнаружении присутствия RV, возможно, путем нацеливания на 5′-фосфатные фрагменты и не полностью 5′-O-кэпированные концы вирусных транскриптов, соответственно. Интересно, что RLR LGP2 (лаборатория генетики и физиологии 2), в котором отсутствуют домены активации и рекрутирования каспаз (CARD), необходимые для передачи сигналов к MAVS, важен для индукции IFN RV (Broquet et al., 2011), хотя механизм этого не понят. Помимо вирусной нуклеиновой кислоты, RV также кодирует неструктурный гликопротеин, NSP4, который секретируется во внеклеточную среду и проявляет определенные свойства, подобные адъюванту. Недавние данные показывают, что NSP4 может представлять собой RV PAMP в макрофагах и запускать экспрессию провоспалительных цитокинов с помощью пути, который использует внешнюю PRR TLR2 (Ge et al., 2013) (см. Главу 2.4). Независимо от их специфических антагонистических способностей к IFN, все RV, по-видимому, распознаются механизмом PRR хозяина [например, следующие пары штаммов индукторов и супрессоров IFN, соответственно — UK и RRV в MEF (Sen et al., 2009), SA11-5S и SA11-4F в клетках HT29 (Arnold and Patton, 2011)]. PAMP-опосредованная активация приводит к рекрутированию адаптерных молекул TRAF с помощью MAVS — критический шаг в MAVS-зависимой активации как IRF3, так и NF-κB (Liu et al., 2013). Интересно, что и внешний капсидный белок правого желудочка VP4, и неструктурный белок-антагонист интерферона NSP1 регулируют передачу сигналов TRAF (Bagchi et al., 2013; LaMonica et al., 2001), хотя неизвестно, приводит ли это к нарушению функции MAVS. Следовательно, согласно имеющимся данным, RV, по-видимому, не регулируют раннее распознавание PAMP, что может быть неизбежным следствием инфекции RV.

    Рис. 2.8.1. Ранняя реакция хозяина интерфероном на ротавирусную инфекцию.
    (1) Вход RV в клетки-хозяева сопровождается удалением самого внешнего слоя капсида и активацией транскрипции двухслойной частицы. Закрепленная вирусная мРНК экструдируется из частиц, содержащих геном вирусной дцРНК. (2) Производные вирусной транскрипции (и репликации), в том числе молекулы с незащищенными 5′-фосфатными фрагментами, несовершенно закрытая РНК, локальные шпильчатые структуры и олигомеры РНК более высокого порядка, являются потенциальными RV PAMP.Такие PAMP запускают активацию PRR хозяина — в первую очередь RIG-I, MDA-5 и LGP2 — с последующей прионоподобной олигомеризацией митохондриального фактора MAVS. Активация пути таким образом приводит к сборке специфических сигнальных комплексов, которые фосфорилируют и функционально активируют факторы транскрипции IRF3 (3) и NF-κB (4). Ядерная транслокация IRF3, NF-κB и других факторов транскрипции приводит к заселению промоторных элементов нескольких антивирусных генов, включая IFN типа I, и запуску транскрипционной программы, характерной для начальной фазы индукции IFN (5).Конкретные примеры антивирусных генов, индуцированных исключительно в инфицированных клетках, были идентифицированы из измерений отдельных клеток in vivo и показаны. ДцРНК-зависимая киназа PKR играет критическую роль во время инфицирования RV в экспрессии IFN типа I из индуцированных транскриптов. Ротавирус кодирует несколько тормозных механизмов, предотвращающих установление этого начального антивирусного состояния. В зависимости от конкретной инфицированной клетки-хозяина и вирусного штамма вирусная трансляция белка RV NSP1 (6) приводит к деградации следующих факторов: RIG-I, MAVS, IRF3 и β-TrCP.Интересно, что сам NSP1 может подвергаться протеасомной деградации, хотя значение этого феномена неясно. Кроме того, во время инфекции происходит RV-опосредованная секвестрация субъединицы p65 NF-κB в вироплазме (неизвестными вирусными факторами) (6). Используемые сокращения: RV — ротавирус; дцРНК, двухцепочечная РНК; PAMP, молекулярный паттерн, связанный с патогенами; PRR, рецептор распознавания образов; RIG-I, ген I, индуцируемый ретиноевой кислотой; MDA-5, белок 5, связанный с дифференцировкой меланомы; LGP2, лаборатория генетики и физиологии 2; MAVS, митохондриальный противовирусный сигнальный белок; IRF3, фактор регуляции интерферона 3; NF-κB, ядерный фактор каппа B; ИФН, интерферон; PKR, дцРНК-зависимая протеинкиназа; NSP1, неструктурный белок 1; β-TrCP, содержащая повтор бета-трансдуцина убиквитин-протеинлигаза E3.


    После синтеза вирусных белков во время инфекции вирусный белок NSP1, по-видимому, снижает активность двух компонентов активации PRR, RIG-I (Qin et al., 2011) и MAVS (Nandi et al., 2014), направляя их деградацию. . Следствием этого ингибирования (происходящего через ~ 8 часов или позже во время инфекции), которому предшествуют вирусная транскрипция и синтез NSP1, может быть снижение величины индукции IFN внутри инфицированных клеток на более поздних этапах инфицирования. Сообщалось, что белки NSP1 из штаммов OSU и SA11 взаимодействуют с RIG-I в системе временной сверхэкспрессии, и для этого взаимодействия не требуется С-концевой (∼170-а.о.) IRF3-связывающий домен NSP1 (Qin et al., 2011). Экспрессия NSP1 также приводит к ингибированию опосредованной RIG-I экспрессии IFNβ и снижению экспрессии белка RIG-I по протеасомно-независимому пути (Qin et al., 2011). Недавно также сообщалось, что NSP1 из OSU свиней и штаммов Wa, DS-1 и KU RV человека способны деградировать MAVS протеасомозависимым образом (Nandi et al., 2014). NSP1 взаимодействовал с MAVS, и одного С-концевого 395-аа было достаточно, чтобы опосредовать это взаимодействие, хотя для деградации MAVS требовался полноразмерный белок (Nandi et al., 2014). Хотя эти наблюдения интересны, некоторые ключевые вопросы должны быть решены в будущих исследованиях. В настоящее время неизвестно, происходит ли опосредованное NSP1 ингибирование RIG-I во время инфекции RV. Несколько парадоксально, хотя белок OSU-NSP1 способен разрушать как RIG-I, так и MAVS, было показано, что инфицирование свиной RV OSU (и родственным RV SB1A) приводит к устойчивой и устойчивой активации IRF3, предположительно управляемой MAVS. (Graff et al., 2009; Sen et al., 2014). Точно так же инфекция UK RV приводит к активации IRF3 S396 во время инфицирования клеток 3T3, которая сохраняется до более поздних времен (12–16 hpi) MAVS-зависимым образом (Sen et al., 2009, 2011). Наконец, отсутствуют окончательные доказательства того, взаимодействует ли NSP1 напрямую с RIG-I или MAVS, и, подобно большинству других потенциальных взаимодействий NSP1, это взаимодействие не было проанализировано с использованием соответствующих очищенных бинарных компонентов. NSP1 может вместо этого нацеливаться на общий компонент этого сигнального комплекса, приводя к вторичным наблюдаемым ассоциациям NSP1 с другими членами (через непрямые взаимодействия). Такие непрямые взаимодействия с NSP1 возможны, поскольку несколько партнеров-хозяев NSP1, которые уже были идентифицированы, являются частью общих сигнальных комплексов.

    4. Промежуточные звенья: врожденные факторы, передающие индукцию интерферона во время ротавирусной инфекции


    После обнаружения патогена PRR претерпевают конформационные изменения, приводящие к привлечению адаптеров, которые затем рекрутируют и активируют протеинкиназы и нижестоящие факторы транскрипции (TF) (Arnold et al. , 2013а). В случае RLR RIG-I и MDA-5 активация приводит к конформационным перестройкам и перестройкам более высокого порядка, процессу, в котором за связыванием РНК следует взаимодействие PRR с незащищенными цепями K63-убиквитина.Такие активированные PRR быстро индуцируют прионоподобную олигомеризацию митохондриального адаптера MAVS, который затем привлекает TRAF-2, 5 и 6 и два киназных комплекса (IKK-α / β / γ и TBK1-IKKi), что приводит к активации ТФ NF-κB и IRF3 (рис. 2.8.1). Семенные исследования Харди с соавторами пришли к выводу, что, в зависимости от изученного штамма RV, белок NSP1 RV нацелен на IRF3 (Graff et al., 2002) или β-TrCP (важный кофактор для активации NF-κB) (Graff et al., 2009) в индукционном каскаде IFN.В нескольких исследованиях были обнаружены детали этих взаимодействий, в результате чего были получены интересные сведения о регуляции RV ответа на IFN (Sen et al., 2009; 2011; 2012; Arnold et al., 2013b; Douagi et al., 2007; Arnold and Patton, 2011). ; Barro, Patton, 2005; 2007; Graff et al., 2007; Feng et al., 2009). В контексте инфекции два основных подхода оказались полезными для расшифровки задействованных промежуточных факторов: использование мутантных штаммов RV, кодирующих усеченный NSP1, у которых отсутствует антагонистическая функция IFN, и использование штаммов RV дикого типа, кодирующих полноразмерный NSP1, который индуцировать IFN в некоторых типах клеток (но не в других).Важно отметить, что эти 2 подхода могут запрашивать различные функции NSP1 во время инфицирования RV.
    TRAFs: Помимо VP4-кодируемых TRAF-связывающих мотивов, NSP1 также был идентифицирован как ингибитор TRAF2, важного компонента MAVS и неканонической передачи сигналов NF-kB (Bagchi et al., 2013). Белок NSP1 из разных штаммов RV взаимодействует с TRAF2 и нацелен на его деградацию. Интересно, что как разрушающие IRF3 (обезьяний SA11), так и ингибирующие NF-kB (свиньи OSU, бычий A5-13) штаммы RV разрушают TRAF2.Распад TRAF2 с помощью NSP1, как было показано, ингибирует неканонический путь NF-kB, запускаемый экзогенным IFN (Bagchi et al., 2013). В частности, NSP1 блокирует ядерную транслокацию p52 (который, в отличие от «канонического» p65, является репрессором, лишенным домена активации транскрипции, и не является существенным для индукции IFN) в ответ на экзогенную стимуляцию IFN. До сих пор NSP1-направленная деградация TRAF2, по-видимому, не важна для индукции IFN, но вместо этого может играть роль в p52-зависимой регуляции экспрессии цитокинов, запускаемой IFN (или другими цитокинами), а также в сенсибилизации клеток к потенциалу p52 -опосредованные проапоптотические эффекты IFNβ, хотя эти возможности непосредственно не исследовались.
    NF-kB: Своевременная и надежная индукция IFN типа I требует образования комплекса, который включает IRF3 и NF-kB, оба из которых имеют решающее значение для индукции гена, но с одной важной оговоркой. В частности, как только вирусы активируют IRF3 / IRF7, вопрос о том, является ли NF-kB важным для индукции IFNβ, остается спорным, и NF-kB, поочередно, был предложен как необходимый для поддержания базальной аутокринной экспрессии IFNβ и ISG в отсутствие инфекции (или при отсутствии инфекции). клетки) (Wang et al., 2010).Следует отметить, что инфицирование штаммами RV, такими как NCDV и OSU, которые ингибируют активацию NF-kB, приводит к эффективному NSP1-зависимому блокированию индукции и секреции IFNβ, хотя IRF3 активируется и является ядерным (Holloway et al., 2009; Graff et al., 2009 г.). Кроме того, IECs, инфицированные мышиным RV in vivo, индуцируют несколько IRF3-зависимых транскриптов, но не NF-kB-зависимых транскриптов или транскриптов IFNβ (Sen et al., 2012). Таким образом, RV-опосредованная активация IRF3 сама по себе недостаточна для индукции IFNβ, и специфическое нацеливание на NF-kB также может привести к эффективному ингибированию IFN.
    Белок NSP1 RV из определенных штаммов (в основном штаммов свиней и человека) нацелен на β-TrCP, белок F-бокса и важный фактор активации NF-kB, для деградации (Graff et al., 2009; Di Fiore et al., 2015 ; Морелли и др., 2015). В каноническом пути субъединицы NF-kB удерживаются в неактивной конфигурации с помощью ингибирующих молекул IκB-α. При стимуляции RLR IκB-α фосфорилируется внутри фосфодегронного мотива (DSGxS, где x обычно представляет собой гидрофобный остаток) с помощью IKK, а затем распознается и разрушается белком F-бокса β-TrCP, который является субстрат-направляющим компонентом комплекс убиквитинлигазы E3 Skp1-Cul1-F box-белок-Rbx1 [(SCF), ключевым ферментативным компонентом E3-лигазы этого комплекса является Rbx1], высвобождая тем самым NF-kB для функций транскрипции.Белок NSP1 из штаммов свиного и человека RV содержит IκB-α-подобную фосфодегронную последовательность (называемую PDL, или фосфодегроноподобный мотив) на С-конце, эффективно составляя «ловушку β-TrCP» (Di Fiore et al., 2015; Морелли и др., 2015). Мотив PDL DSGIS встречается в карбоксил-8-аа области NSP1 из штаммов человека и свиней и отсутствует в других белках NSP1, включая штаммы крупного рогатого скота. Примечательно, что не все PDL-содержащие NSP1 человека и свиньи разлагают β-TrCP, хотя все они являются мощными ингибиторами NF-kB, что указывает на то, что взаимодействие β-TrCP (а не деградация) имеет решающее значение для подавления RV NF-kB (Morelli et al. al., 2015). Детерминанты последовательности, которые предсказывают, вероятно ли возникновение NSP1-опосредованной деградации β-TrCP, в настоящее время неизвестны, но маловероятно, что они находятся в RING-домене NSP1, который является высококонсервативным. Мутация двух предсказанных серинов фосфорилирования казеинкиназы II в мотиве фосфодегрона NSP1 (положения 480 и 483 в OSU NSP1) привела к полному прекращению ингибирования NF-kB, что указывает на существенную потребность в первичном фосфорилировании NSP1 для последующего взаимодействия β-TrCP (Morelli и другие., 2015). Эти открытия интересны, поскольку они раскрывают детерминанты способности NSP1 блокировать NF-kB-зависимые ответы IFN, имитируя клеточный мотив. Однако некоторые загадочные вопросы о RV-опосредованной регуляции NF-kB по сравнению с индукцией IFN остаются без ответа. NCDV RV крупного рогатого скота, NSP1 которого не содержит мотив PDL, все еще способен расщеплять β-TrCP протеасомозависимым образом и активно ингибирует деградацию p-IκB-α и функцию NF-kB во время инфекции, указывая на то, что механизмы, независимые от PDL-мотива могут существовать (Graff et al., 2009). Действительно, несколько линий доказательств указывают на дополнительные стратегии RV для узурпации функций NF-kB, связанных с врожденной реакцией (Holloway et al., 2009; Sen et al., 2012; Graff et al., 2009; Arnold and Patton, 2011; Holloway et al., 2014). RV A5-16 крупного рогатого скота, который кодирует сильно укороченный NSP1 длиной ~ 50 аминокислот, лишенный как мотива PDL, так и RING-пальца, способен секвестировать NF-kB p65 в вироплазме через 6 hpi. Интересно, что ингибирование p65 после TNF-α-опосредованной активации также сообщалось во время инфицирования штаммами RRV и Wa RV (которые оказывают противоположное действие на β-TrCP) уже на 6 hpi и может представлять собой альтернативный β-TrCP-независимый механизм, с помощью которого штаммы RV блокируют функцию NF-kB (Holloway et al., 2009). В инфицированных клетках p65 удерживается в вироплазме вместо того, чтобы перемещаться в ядро, хотя вирусные белки, лежащие в основе этого взаимодействия, остаются неизвестными (Holloway et al., 2009, 2014). EW RV мышей, чей кодируемый NSP1 также не содержит взаимодействующего мотива с β-TrCP, ассоциирован с нарушением функции NF-kB (Sen et al., 2012). Лизаты кишечника мышей, инфицированных мышиным EW (но не обезьяньим штаммом RRV), демонстрируют накопление белка IκB-α на 16hpi, что сопровождается в инфицированных вирусом IEC повышением IRF3-, но не NF-kB-зависимых транскриптов ISG, и в сторонних (вирусно-отрицательных) IEC за счет значительного снижения базальной транскрипции генов-мишеней NF-kB, таких как Peli1 и A20 (Sen et al., 2012). Таким образом, вероятно, что другие белки RV и / или секретируемые клеточные факторы приводят к ингибированию NF-kB во время инфекции.
    IRF3 и другие IRF: Активация PRR и последующая сборка комплексов адапторкиназы приводит к фосфорилированию IRF3 по множественным остаткам серина / треонина и к конформационным изменениям, которые опосредуют димеризацию IRF3. Затем димерный IRF3 перемещается в ядро, где он участвует в экспрессии нескольких вирусных стресс-индуцированных генов (vSIG) и IFN.Первым признаком того, что RV блокирует ранние IRF3-зависимые ответы IFN, было обнаружение того, что RV NSP1 взаимодействует с IRF3 и опосредует его протеасомную деградацию (Graff et al., 2002; Barro and Patton, 2005). Используя дрожжевой 2-гибридный анализ, извлечение рекомбинантного GST-IRF3 из лизатов инфицированных клеток и иммунопреципитацию эндогенного IRF3 из инфицированных клеток, было показано, что RV NSP1 взаимодействует с IRF3. Подходы к мутагенезу определили, что для этого взаимодействия требуется карбокси-конец NSP1, и мутанты, содержащие только последние 326-аа, область, богатую спиралевидным содержанием, могут взаимодействовать с IRF3 (Graff et al., 2007). Консервативный N-концевой мотив пальца RING в NSP1 также важен, но недостаточен для взаимодействия. Взаимодействие NSP1-IRF3, вероятно, является прямым взаимодействием из-за его первоначальной идентификации в бинарном дрожжевом 2-гибридном скрининге, хотя важно отметить, что регуляция IRF3 (т. Е. Деградация) сама по себе может включать др. Неидентифицированные важные промежуточные факторы. IFN-индуцирующая способность фосфомиметического мутанта IRF3, в котором пять критических остатков S / T мутированы до аспарагиновой кислоты, что приводит к конститутивной активации и димеризации, эффективно ингибируется NSP1, что указывает на то, что NSP1 нацелен на димерную форму IRF3 (Sen et al. al., 2009). Это представление подкрепляется анализом различных мутантов IRF (Arnold et al., 2013b), который демонстрирует, что деградация IRFs с помощью NSP1 требует консервативного карбоксильного домена димеризации IRF. Ранее мы наблюдали, что NSP1-опосредованная деградация IRF3 на самом деле более эффективна, когда IRF3 активирован (Sen et al., 2009), указывая на возможность того, что начальная PAMP-опосредованная стимуляция IRF3 во время инфекции RV может служить для генерации более подходящая мишень для деградации NSP1.Это также предлагает интересное объяснение активации IRF3 (по крайней мере, как следует из его транскрипционной активности) на 16 hpi внутри RV-инфицированных кишечных эпителиальных эпителиальных клеток кишечника in vivo (Sen et al., 2012). Определенные штаммы RV, особенно выделенные от свиней и людей-хозяев, кодируют белки NSP1, которые неспособны расщеплять IRF3, по крайней мере, в типах клеток, исследованных до сих пор (Arnold and Patton, 2011). Заражение такими штаммами обычно приводит к устойчивой и устойчивой активации IRF3 в ходе инфекции, хотя то, как такие штаммы справляются с индуцированными IRF3 противовирусными vSIG, все еще неизвестно (Sen et al., 2009; Graff et al., 2009). Как обсуждалось, такие белки NSP1, тем не менее, ингибируют индукцию IFN, направляя активацию NF-kB в путь индукции IFN.
    Регуляция IFN с помощью NSP1, вероятно, будет более сложной, чем каркас, в котором все белки NSP1 являются ингибиторами IRF3 или NF-kB, и такие функции могут сильно зависеть от типа изученных клеток. Были идентифицированы штаммы RV дикого типа (в отличие от мутантных штаммов, кодирующих усеченные белки NSP1), которые индуцируют IRF3-зависимую секрецию IFNβ в некоторых типах клеток и эффективно разрушают IRF3 в других (Sen et al., 2009). Bovine RV UK или его кодируемый NSP1, экспрессируемый отдельно, может нацеливаться на эндогенный IRF3 для деградации в клетках COS7 обезьяны (и в клетках 293 / HT29 человека). Однако инфекция UK RV или экспрессия UK NSP1 не приводит к деградации IRF3 в мышиных фибробластах 3T3 (или в первичных MEF), а вместо этого запускает секрецию IFNβ. Интересно, что UK NSP1 эффективно воздействует на рекомбинантный обезьяний IRF3, экзогенно экспрессируемый в клетках 3T3 для протеасомной деградации. Напротив, рекомбинантный мышиный IRF3, экспрессируемый в клетках COS7, все еще невосприимчив к опосредованной UK NSP1 деградации (Sen et al., 2009). Таким образом, способность NSP1 разрушать IRF3 зависит от клетки-хозяина, и сравнение различных NSP1 в клетках 3T3, вероятно, определит UK NSP1 как «не деградирующий IRF3». Альтернативные независимые от деградации NSP1 механизмы ингибирования IRF3, которые зависят от природы стимуляции PRR, также вероятно существуют. В частности, в клетках 3T3 UK NSP1 (или инфекция UK RV) не может ингибировать активацию IRF3-чувствительного (PRDIII) репортера люциферазы, стимулированного сверхэкспрессией мышиного IRF3.Однако UK NSP1 эффективно ингибирует активность PRDIII в отсутствие деградации IRF3, когда вместо этого путь стимулируется комплексным с липосомами внутриклеточным поли (I: C) (Sen et al., 2009). Таким образом, NSP1 может также ингибировать функцию IRF3, несмотря на отсутствие деградации в определенных контекстах стимуляции PRR, что, вероятно, актуально in vivo, где стимуляция может быть специфичной для типа клетки и времени. В дополнение к этой сложности, отсутствие ингибирования IRF3 «разрушающим IRF3» NSP1, как сообщалось для UK NSP1 in vitro, также было отмечено in vivo (Sen et al., 2012). Измерение IRF3-зависимой транскрипции в изолированных мышиных IEC через 16 часов после инфицирования мышиным RV EW in vivo показывает, что IRF3-зависимые vSIG значительно повышаются. Активность IRF3, вероятно, специфична для пути, поскольку она не сопровождается одновременным увеличением мишеней NF-kB или самих генов IFN в этих отдельных клетках. Одна возможность состоит в том, что во время инфицирования in vivo RV ингибирует NF-kB (и, следовательно, его IFN-мишень для транскрипции) раньше, чем IRF3, что приводит к наблюдаемым изменениям транскрипции.Альтернативная возможность состоит в том, что такие транскрипты являются результатом неспособности EW NSP1 ингибировать IRF1 и / или IRF7, оба из которых имеют транскрипционные «следы», в значительной степени перекрывающиеся с таковыми из IRF3. Очевидно, что необходимы дополнительные исследования взаимодействий NSP1-IRF, особенно в контексте инфекции in vivo, когда на сигнальные состояния IRF1 / IRF3 / IRF7, вероятно, влияют перекрестные помехи от иммунных клеток в кишечнике, и где IRF могут регулироваться во времени, чтобы углубить наше понимание. Только золотые участники могут продолжить чтение.Войдите или зарегистрируйтесь, чтобы продолжить

    Нравится:

    Нравится Загрузка …

    Связанные

    Elements Оптимизация налогообложения Малые и средние экономические агенты во время кризиса

    Автор

    Включено в список:
    • Negoescu Gheorghe

      (Университет Овидия Констанца, Румыния)

    • Mihalcea Lucean

      (Университет Дунареа де Жос, Галац, Румыния)

    Abstract

    В Румынии существует высокий уровень налогообложения, который резко снижает оставшиеся денежные средства, доступные экономическим агентам в условиях, в которых краткосрочные и долгосрочные ссуды предоставляются под процентные ставки в два-три раза выше, чем в Европе, США и Япония.Неуплата долга перед государством приведет к доступу (проценты, пени и штрафы), значительная отсрочка на один год может привести к двойной пошлине. В этих условиях малые предприятия вынуждены искать личные сбережения (надеюсь) для погашения дебиторской задолженности в IFN с невыгодными процентными условиями или с ростовщиками преступного мира. В этих условиях неудивительно, что количество корпоративных банкротов увеличилось. В нашей попытке ответить на PFA альтернативная занятость или как форма налоговой оптимизации.

    Рекомендуемое цитирование

  • Negoescu Gheorghe & Mihalcea Lucean, 2015. « Элементы налоговой оптимизации для малых и средних экономических агентов во время кризиса ,» Риск в современной экономике, Галацкий университет «Дунареа де Жос», факультет экономики и делового администрирования, страницы 314–319.
  • Ручка: RePEc: ddj: fserec: y: 2015: p: 314-319

    Скачать полный текст от издателя

    Самые популярные товары

    Это элементы, которые чаще всего цитируют те же работы, что и эта, и цитируются в тех же работах, что и эта.
    1. Люкеан МИХАЛЧЕЯ, 2012. « Антикризисное управление: вызовы или возможности для государственных и частных менеджеров перед лицом экономической катастрофы », EuroEconomica, Danubius University of Galati, выпуск 1 (31), страницы 41-45, февраль.
    2. Георге НЕГОЕСКУ и Риана Ирен РАДУ, 2012 г. « Новые взгляды на роль знаний предпринимателей в экономическом развитии одного еврорегиона », Риск в современной экономике, Галацкий университет «Дунареа де Жос», факультет экономики и делового администрирования, страницы 51-56.
    3. Люкеан МИХАЛЧЕЯ, 2012. « Антикризисное управление: вызовы или возможности для государственных и частных менеджеров перед лицом экономической катастрофы », Риск в современной экономике, Галацкий университет «Дунареа де Жос», факультет экономики и делового администрирования, страницы 429-432.
    4. Георгий НЕГОЭСКУ, 2014. « Влияние увеличения капитала на финансовые показатели компании », Риск в современной экономике, Галацкий университет «Дунареа де Жос», факультет экономики и делового администрирования, страницы 358–362.
    5. Георгий Негоеску, 2012. « Сравнительный анализ, основа некоторых жизнеспособных решений в предпринимательстве », EuroEconomica, Danubius University of Galati, выпуск 2 (31), страницы 127-135, май.

    Исправления

    Все материалы на этом сайте предоставлены соответствующими издателями и авторами. Вы можете помочь исправить ошибки и упущения. При запросе исправления укажите дескриптор этого элемента: RePEc: ddj: fserec: y: 2015: p: 314-319 .См. Общую информацию о том, как исправить материал в RePEc.

    По техническим вопросам, касающимся этого элемента, или для исправления его авторов, заголовка, аннотации, библиографической информации или информации для загрузки, обращайтесь:. Общие контактные данные провайдера: https://edirc.repec.org/data/fegalro.html .

    Если вы создали этот элемент и еще не зарегистрированы в RePEc, мы рекомендуем вам сделать это здесь. Это позволяет привязать ваш профиль к этому элементу. Это также позволяет вам принимать потенциальные ссылки на этот элемент, в отношении которых мы не уверены.

    Если CitEc распознал библиографическую ссылку, но не связал с ней элемент в RePEc, вы можете помочь с этой формой .

    Если вам известно об отсутствующих элементах, цитирующих этот элемент, вы можете помочь нам создать эти ссылки, добавив соответствующие ссылки таким же образом, как указано выше, для каждого ссылочного элемента. Если вы являетесь зарегистрированным автором этого элемента, вы также можете проверить вкладку «Цитаты» в своем профиле службы авторов RePEc, поскольку там могут быть некоторые цитаты, ожидающие подтверждения.

    По техническим вопросам, касающимся этого элемента, или для исправления его авторов, названия, аннотации, библиографической информации или информации для загрузки, обращайтесь: Гианина Михай (адрес электронной почты указан ниже). Общие контактные данные провайдера: https://edirc.repec.org/data/fegalro.html .

    Обратите внимание, что исправления могут занять пару недель, чтобы отфильтровать различные сервисы RePEc.

    Хантавирус Регулирование интерфероновых ответов типа I

    Хантавирусы в первую очередь инфицируют эндотелиальные клетки человека (ЭК) и вызывают два смертельных заболевания человека.Раннее добавление интерферона I типа (IFN) к ЭК блокирует репликацию хантавируса, и, таким образом, для того, чтобы хантавирусы были патогенными, им необходимо предотвратить раннюю индукцию интерферона. Репликация PHV блокируется в человеческих EC, но не ингибируется в IFN-дефицитных клетках VeroE6, и, в соответствии с этим, инфицирование EC PHV приводит к ранней индукции IFN β и множества генов, стимулированных интерфероном (ISG). Напротив, хантавирусы ANDV, HTNV, NY-1V и TULV ингибируют раннюю индукцию ISG и успешно реплицируются в ЭК человека.Ингибирование хантавирусом ответов IFN приписывают нескольким вирусным белкам, включая регуляцию цитоплазматическим хвостом белков Gn (Gn-T). Gn-T препятствует образованию комплексов STING-TBK1-TRAF3, необходимых для активации IRF3 и индукции IFN, в то время как Gn-T PHV не может изменять этот комплекс или регулировать индукцию IFN. Эти данные показывают, что вмешательство в раннюю индукцию IFN необходимо для репликации хантавирусов в ЭК человека, и предполагают, что для того, чтобы хантавирусы были патогенными, необходимы дополнительные детерминанты.Механизм, с помощью которого Gn-Ts нарушает передачу сигналов IFN, вероятно, выявит потенциальные терапевтические вмешательства и предложит белковые мишени для ослабления хантавирусов.

    1. Введение
    1.1. Болезнь

    Хантавирусы присутствуют во всем мире и вызывают два заболевания: геморрагическую лихорадку с почечным синдромом (HFRS) и хантавирусный легочный синдром (HPS). ГЛПС в основном присутствует в Евразии и вызывается несколькими хантавирусами, включая вирус Хантаан (HTNV), вирус Сеула (SEOV), вирус Пуумала (PUUV) и вирус Добрава (DOBV) [1–3].Уровень смертности от HFRS составляет 0,1–5% от причин смерти, включая шок (75%), уремию (50%), отек легких (15%), а также кровоизлияние в центральную нервную систему или энцефалопатию (5%) [1–7 ]. В 1993 г. дискретный североамериканский хантавирус (вирус Sin Nombre, SNV) был обнаружен на юго-западе США как причина нового высоколетального респираторного синдрома, получившего название HPS [1, 2, 8–14]. С тех пор хантавирусы, вызывающие HPS, были обнаружены по всей Америке [15–20]. Андский вирус (ANDV) является прототипом южноамериканского HPS, вызывающего хантавирус, и единственный хантавирус, который, как сообщается, передается от человека к человеку [21–24].Хотя хантавирусы являются преимущественно патогенными, вирус Проспект Хилла (PHV) и вирус Тулы (TULV) являются хантавирусами, которые не связаны с болезнями человека и называются здесь непатогенными, хотя неясно, вызывают ли эти вирусы субклинические инфекции человека [1, 2, 25–29].

    У пациентов с HFRS и HPS эндотелиальные клетки инфицированы повсеместно по всему телу [5, 8, 13, 29, 30]. Хантавирусная инфекция эндотелия нелитична, но приводит к заметным последствиям в легких и почках, которые содержат обширное ложе эндотелиальных клеток.В соответствии с измененными барьерными функциями инфицированного эндотелия жидкостным барьером, хантавирусные заболевания характеризуются повышенной проницаемостью сосудов, острой тромбоцитопенией, кровотечением и отеком легких в отсутствие лизиса эндотелиальных клеток [5, 8, 13].

    1.2. Передача

    Хантавирусы принадлежат к семейству Bunyaviridae и являются единственными членами этого семейства, передающимися человеку отдельными мелкими млекопитающими-хозяевами [2, 14]. Специфичность хантавируса-хозяина и географическое распределение ареала хозяев определяют потенциал заболеваний HPS или HFRS у людей во всем мире [1, 2, 25, 31, 32].Хантавирусы эволюционировали вместе со своими мелкими млекопитающими-хозяевами, постоянно заражая своих естественных хозяев в отсутствие болезней [32]. Зараженные хозяева секретируют хантавирус в течение длительных периодов времени, и передача от хозяина к хозяину происходит через укусы и экскрецию вируса [1, 2, 13, 33]. Хотя у хозяев не наблюдается клинических проявлений болезни, неясно, как хантавирусы уклоняются от иммунных ответов хозяина, чтобы установить устойчивость вируса.

    1.3. Геном и структура

    Хантавирусы представляют собой оболочечные вирусы с отрицательной цепью РНК диаметром ~ 100 нм, имеющие сферическую форму и высокоструктурированную решетчатую поверхность [1, 2, 8].Геномы хантавирусов состоят из трех сегментов: малого (S), среднего (M) и большого (L) [14]. Сегмент L кодирует единственную РНК-зависимую РНК-полимеразу (Pol) 220 кДа, которая высококонсервативна среди хантавирусов, но экспрессируется на низких уровнях в инфицированных клетках [1, 14]. S-сегмент кодирует белок нуклеокапсида (N), который является наиболее экспрессируемым белком хантавируса и главной антигенной детерминантой, присутствующей в инфицированных клетках. N-белок покрывает вирусную РНК и играет роль в сборке вирионов [14, 34, 35].S-сегмент в TULV и PUUV содержит альтернативную внутреннюю ORF, которая кодирует короткий 90-аминокислотный неструктурный белок (NS) [25, 26, 36]. Предполагается, что NS TULV играют роль в регуляции IFN; однако NS либо усечены, либо отсутствуют в других хантавирусах [36, 37].

    Сегмент M кодирует единственный белок-предшественник, котрансляционно расщепляемый на два гликопротеина Gn (N-конец) и Gc (C-конец), предположительно клеточными сигнальными пептидазами [14, 38]. Расщепление происходит после универсально консервативного мотива WAASA, формирующего Gn и Gc гликопротеины, которые транспортируются и локализуются в ER / cis-Golgi [39-42].Gn и Gc представляют собой интегральные мембранные белки I типа с их N-концами в просвете ER и цитоплазматическими C-концами [39, 41, 43, 44]. Цитоплазматический хвост Gc состоит всего из 9 аминокислот и содержит предполагаемый сигнал удержания ER [45]. Gn содержит предсказанную сигнальную последовательность, несколько потенциальных трансмембранных доменов, двойную гидрофобную якорную последовательность, предсказанные домены RING и цинковых пальцев, а также цитоплазматический хвост (Gn-T) длиной 142 аминокислот [39, 43, 45-50 ]. Вирионы образуются путем отпочкования в просвет Гольджи и выхода из клетки в соответствии с секреторным процессом [1, 14, 39, 43, 46].

    Было показано, что Gn-T патогенных хантавирусов блокирует индукцию IFN вышестоящими активаторами RIG-I и TBK1, но не IRF3-5D. Gn-T непатогенного PHV не обладает способностью регулировать клеточные ответы IFN и может фактически усиливать активацию пути. Напротив, Gn-T непатогенного TULV регулирует RIG-I- и TBK1-направленную индукцию IFN аналогично патогенным штаммам [49–51]. Gn-T патогенных хантавирусов несут в себе мотив ITAM и C-концевой домен degron [47, 48, 52].PHV и TULV Gn-Ts лишены мотивов дегрона и стабильно экспрессируются. Взаимные изменения между NY-1V и PHV идентифицировали 4 остатка, которые управляют деградацией NY-1V Gn-T [52]. Хотя предполагается, что дегроны присутствуют в PUUV, TULV и PHV [53], сообщалось об увеличении деградации Gn-Ts из патогенных NY-1V, SNV, ANDV и HTNV по сравнению с PHV и TULV [47, 51 , 52]. Роль дегрона остается неясной, поскольку стабильно экспрессируемый Gn-T TULV все еще регулирует индукцию IFN, и это предполагает, что degron не требуется для регуляции IFN [51].

    2. Хантавирусы и реакция на интерферон I типа
    2.1. Интерферон

    IFN типа I (IFN α / β ) — это цитокины, которые индуцируются и секретируются в ответ на вирусную инфекцию и играют важную роль в регуляции репликации вируса [54, 55]. Многие вирусы регулируют индукцию IFN, чтобы успешно реплицироваться в клетках [54]. Вирусные дцРНК или элементы РНК распознаются Toll-подобными рецепторами или внутриклеточными РНК-геликазами, которые направляют сигнальные каскады клетки-хозяина, ведущие к индукции IFN α / β [56].Внутриклеточно индуцируемый ретиноевой кислотой ген I (RIG-I) и связанный с меланомой ген 5 (Mda5) функционируют как цитоплазматические сенсоры дискретных типов вирусной РНК [57, 58]. Связывание РНК активирует RIG-I и Mda5 и открывает тандемные домены активации и рекрутирования (CARD). CARD напрямую взаимодействуют с расположенным в митохондриях адаптерным белком MAVS (также известным как IPS-1 / CARDIF / VISA) и дополнительно активируют сборку нижестоящих сигнальных комплексов, содержащих сохраненный в ER белок STING (стимулятор генов интерферона) (также называемый MITA / ERIS) [59–65] (рис. 1).STING — каркасный белок, который рекрутирует TANK-связывающую киназу-1 (TBK1) и фактор транскрипции фактора регуляции интерферона-3 (IRF-3) вместе с комплексом факторов, связанных с рецептором TNF (TRAF), необходимых для фосфорилирования IRF3 и NF-. Активация κ B [54, 58, 60, 62, 65–68]. TRAF3 образует гомо- и гетеротримерные комплексы с TRAF2, связывает TBK1 и необходим для активации IRF3 и индукции IFN практически всеми сигнальными путями [67, 69–72]. Для индукции транскрипции IFN β необходимы факторы транскрипции IRF3 и NF- κ B для связывания промотора IFN β [54, 56, 66, 73].TBK1 фосфорилирует IRF3, что приводит к образованию димеров фосфоIRF3, которые перемещаются в ядро ​​(рис. 1). TBK1 также фосфорилирует I κ B, и это активирует NF- κ B, разрешая его ядерную транслокацию [73–76]. После индуцирования IFN β секретируется EC и связывается с рецепторами IFN (IFNAR) аутокринным или паракринным образом, запуская активацию киназ Janus (JAK) [77]. JAK фосфорилируют факторы передачи сигнала и активаторы транскрипции (STAT), дополнительно активируя нижестоящие сигнальные пути, которые приводят к индукции IFN и направляют продукцию многих генов, стимулированных интерфероном (ISG) [78, 79].Результатом является то, что этот процесс представляет собой производство группы клеточных ISG, которые коллективно ингибируют различные аспекты вирусной транскрипции и репликации [54, 56, 66, 77, 78].


    2.2. Ответы эндотелиальных клеток во время хантавирусной инфекции

    В нескольких отчетах показано, что репликация хантавируса может быть заблокирована путем предварительной обработки клеток IFN α / β [49, 81–85]. Alff et al. продемонстрировали, что предварительная обработка ЭК IFN α блокирует репликацию хантавируса, и ингибирование все еще наблюдается при добавлении IFN α к ЭК через 6–12 часов после инфицирования.Тем не менее, добавление IFN α через 15–24 часа после заражения мало повлияло на репликацию хантавируса [49]. Эти данные подтверждают идею о том, что патогенные хантавирусы должны регулировать раннюю индукцию IFN для успешной репликации, и согласуются с клиническими данными, указывающими на то, что лечение IFN эффективно только профилактически или вскоре после заражения хантавирусом [85, 86]. Однако время ранней регуляции IFN может различаться между конкретными хантавирусами в зависимости от того, насколько быстро они реплицируются в эндотелиальных клетках человека [87, 88].ANDV, по-видимому, регулирует IFN-индуцированную экспрессию белка ISG56 в течение по крайней мере 12 часов с индукцией, происходящей через 24 часа. Впоследствии хантавирусы вызывают резкое увеличение индукции ISG через 72 часа после заражения [88, 89]. Другая статья указывает на то, что увеличение индукции ISG после инфицирования эпителиальных клеток A549 различными хантавирусами практически не происходит [90].

    В то время как патогенные хантавирусы инфицируют и реплицируются в ЭК человека, исследования показали, что репликация непатогенных PHV строго ограничена в ЭК [49, 87].В отличие от патогенных хантавирусов HTNV, NY-1V и ANDV, было обнаружено, что PHV сильно индуцирует IFN и многие ISG в ЭК человека в ранние сроки после заражения [87, 89]. В соответствии с почти полным отсутствием репликации PHV в ЭК, уровни S-сегмента РНК и нуклеокапсидного белка снижались через 2–5 дней после заражения [87]. Напротив, титры патогенных хантавирусов увеличиваются от 1 до 5 дней после инфицирования ЭК, и это происходило одновременно с повышением уровней мРНК и нуклеокапсидного белка [49]. Напротив, патогенные и непатогенные хантавирусы реплицируются с одинаковыми титрами в клетках Vero E6, которые дефицитны по продукции IFN и лишены локуса IFN типа I [91, 92].

    Анализ микрочипов ДНК

    ЭК, инфицированных хантавирусом, также выявил поразительные различия в индукции ISG непатогенным PHV и патогенным HTNV или вирусом Нью-Йорка-1 (NY-1V) [87]. PHV управляет индукцией высокого уровня многих ISG через 1 день после заражения, тогда как патогенные штаммы NY-1V (HPS), ANDV (HPS) или HTNV (HFRS) практически не выявляют ответов ISG. Эксперименты с использованием ОТ-ПЦР дополнительно продемонстрировали, что инфекция ЭК в PHV сильно индуцировала MxA и ISG56 (через один день после заражения), тогда как патогенные NY-1V или HTNV вызывали небольшие изменения мРНК MxA и ISG56 [49].Отдельное исследование показывает, что ANDV и PHV различаются по своей способности регулировать ранние ответы ISG [89]. За этими наблюдениями последовали исследования, в которых сравнивали PHV-индуцированные ответы IFN с патогенными антагонизированными хантавирусом ответами IFN после инфицирования ЭК человека [81, 87]. Эти сообщения свидетельствуют об увеличении продукции IFN и индукции ISG в ранние сроки после инфицирования, что ограничивает репликацию PHV [49, 89]. Напротив, патогенные хантавирусы подавляют раннюю индукцию ISG, тем самым задерживая начало ранних ответов IFN и уклоняясь от защитных механизмов хозяина, которые в противном случае ингибировали бы репликацию в ЭК человека [49, 87].Одна из возможностей заключается в том, что PHV не обладает способностью быть патогеном человека, поскольку он активно индуцирует ранние ответы IFN и неспособен регулировать раннюю индукцию IFN в ЭК человека. Однако регуляция IFN не является единственной детерминантой патогенности хантавируса, поскольку непатогенный TULV регулирует ответы IFN и успешно реплицируется в ЭК человека [51]. Эти данные свидетельствуют о том, что регуляция IFN необходима, но недостаточна для того, чтобы хантавирусы были патогенами человека.

    2.3. Вирусные белки, участвующие в регуляции IFN
    2.3.1. Nucleocapsid Protein (N Protein)

    Сообщается, что вирусные белки, ответственные за регуляцию IFN, представляют собой цитоплазматический хвост Gn и белки NSs некоторых хантавирусов [37, 49–51, 89, 93]. Исследования показали, что экспрессия N-белка не подавляет индукцию IFN или ISG активаторами пути IFN RIG-I и TBK1, расположенными выше по течению, с использованием анализов репортера люциферазы [49, 51, 94]. Хотя нет исследований, показывающих, что экспрессия N-белка специфически регулирует индукцию IFN, в двух исследованиях сообщается, что N-белок ингибирует ядерную локализацию NF- κ B в ответ на TNF в клетках A549 или 293T, однако активация NF- κ B требуется. для ответов промотора IFN [95, 96].Сообщается, что белок N ингибирует индуцированную TNF- α активацию NF- κ B, предотвращая связывание импортина α 4 с NF- κ B и его ядерную транслокацию [95, 96], в то время как другое исследование показало, что белок N секвестры NF- κ B в цитоплазме [89]. Хотя эти сообщения предполагают широкую регуляцию NF- κ B с помощью N-белка, участие N-белка в регуляции NF- κ B противоречит исследованиям, показывающим, что N-белок не может блокировать IFN β или NF. — κ B транскрипционные ответы, управляемые RIGI или TBK1 [49, 51, 94].Таким образом, белок N может специфически регулировать TNF-специфический путь активации NF- κ B, но, по-видимому, не является повсеместным ингибитором NF- κ B, который блокирует индукцию IFN. Эти противоречивые результаты необходимо разрешить с помощью общих индукторов, анализов и ЭК человека.

    В одном сообщении предполагается, что ANDV стимулирует экспрессию MxA в EC через 24 часа после заражения, и постулируется, что N-белок образует комплекс с MxA, который препятствует накоплению S-сегмента и N-белка [81].В отдельном отчете Levine et al. [94] предполагают, что ANDV и SNV модулируют как раннюю индукцию IFN, так и нижестоящий путь передачи сигналов JAK / STAT. Было обнаружено, что ANDV и SNV вызывают минимальную или отсроченную экспрессию ISG56 и MxA в клетках A549 и Huh7-TLR3 [94]. Экспрессия предшественника гликопротеина SNV действовала как мощный ингибитор транскрипционной активности IFN β и ISRE, в то время как экспрессия белка SNV N не ингибировала индукцию транскрипции IFN, NF- κ B или ISRE.В этом исследовании сделан вывод о том, что ранние ответы IFN ингибируются в SNV-инфицированных клетках из-за действия гликопротеинов хантавируса, в то время как гликопротеин ANDV и белок N ослабляют действие IFN на пути JAK / STAT [94]. Однако эти результаты не объясняют, почему: (1) хантавирусы вызывают ответы IFN и ISG в присутствии высоких уровней N-белка; (2) все хантавирусы индуцируют высокие уровни IFN и ISG на поздних сроках после заражения; или (3) репликация патогенного хантавируса нечувствительна к поздней индукции IFN и происходит в присутствии высокого уровня индукции ISG и MxA [87].

    2.3.2. Неструктурные белки (NS)

    Многие буньявирусы экспрессируют неструктурные белки (NS), которые обладают регулирующей активностью IFN [93, 97–100]. Белок NS вируса Bunyamwera ингибирует активацию IRF3 и NF- κ B [100], в то время как NS вируса лихорадки долины Рифт (RVFV) препятствует транскрипции мРНК IFN β [97, 99]. В недавней статье предполагается, что белки TULV и PUUV NSs ингибируют индукцию IFN β , но зарегистрированное ингибирование было только 10-30% снижением ответа IFN, и неясно, снижает ли этот уровень снижения IFN функционально противовирусные эффекты IFN [ 37, 93].Кроме того, штамм TULV, экспрессирующий укороченные NS, был полностью способен реплицироваться в компетентных клетках IFN, хотя штаммы TULV, экспрессирующие полноразмерные NS, по сообщениям, выживали для большего количества пассажей. Это открытие предполагает, что NS могут иметь общий эффект на IFN-ограниченный рост [37]. Патогенные хантавирусы ANDV, NY-1V и HTNV либо имеют усеченные, либо несуществующие белки NS, и неясно, вносят ли белки NSs вклад в регуляцию IFN этими патогенными хантавирусами [37, 93].

    2.3.3. Гликопротеины

    Белок Gn хантавируса транспортируется в ER и содержит цитоплазматический хвост длиной 142 остатка (Gn-T), который взаимодействует с цитоплазматическими вирусными и клеточными белками [1, 47–50, 52]. Gn-T содержит высококонсервативные домены, которые могут выполнять функции, подобные матриксному белку, для сборки вирусов в поздние сроки после инфицирования, но которые также могут функционировать в регуляции ранних ответов IFN [47–50, 52]. Несколько сообщений указывают на то, что патогенный хантавирус Gn-T регулирует индукцию IFN, блокируя активацию как IRF3, так и NF- κ B [49, 50].Gn-Ts патогенных NY-1V и ANDV, но не непатогенные PHV, ингибируют индукцию IFN перед активацией IRF3 на уровне комплекса TBK1 [49, 50]. Однако Gn-T из непатогенного TULV также ингибирует TBK1-направленную активацию NF- κ B и IRF3, что указывает на то, что регуляция IFN не ограничивается патогенными хантавирусами.

    TBK1 рекрутируется на C-конец каркасного белка, STING, который, как и Gn, представляет собой ER-резидентный белок с цитоплазматическим хвостом длиной> 100 остатков [60, 61, 64, 65].С-концевые 39 остатков STING связывают TBK1 и необходимы для активации IRF3. Таким образом, активация STING RIG-I / Mda5-MAVS приводит к привлечению комплексов TBK1 и фосфорилированию IRF3 и IkB (Рисунок 1) [60, 62, 65]. Было показано, что NY-1V Gn-T взаимодействует с TRAF3 IP, но не с комплексами TBK1, и TRAF3 является критическим фактором, необходимым для фосфорилирования IRF3 и индукции IFN β [50, 72, 101]. TRAF3 связывается с TRAF-взаимодействующим мотивом (TIM) в MAVS через свой C-концевой домен TRAF и может дополнительно связывать MAVS с событиями активации STING [67, 69, 71, 72, 102].TRAF3 также связывается с TBK1, связывая вышестоящие сигнальные ответы RIG-I / Mda5-MAVS-STING с TBK1-направленной активацией IRF3 и NF- κ B и транскрипцией из IFN β и элемента ответа IFN (ISRE), содержащего промоторы [67, 70, 71, 103, 104] (Рисунок 1).

    Gn-T из NY-1V не может связывать TBK1, но ко-IP связывает TRAF3 через его N-концевой домен, хотя остатки, необходимые для связывания Gn-T с TRAF3, еще предстоит идентифицировать. Совместной экспрессии NY-1V Gn-T было также достаточно для предотвращения образования комплексов TRAF3-TBK1, что согласуется со способностью Gn-Ts нарушать активацию нижестоящего сигнального пути и индукцию IFN.Однако неясно, является ли ко-IP или комплексное ингибирование результатом прямого взаимодействия с TRAF3 или происходит через взаимодействие с комплексом, собранным с помощью STING, который содержит TRAF3 [50]. Напротив, PHV Gn-T не взаимодействует с TRAF3, неспособен блокировать транскрипционные ответы, направленные на RIG-I или TBK1, IFN или ISRE и не может ингибировать образование комплекса TBK1-TRAF3 [49, 50]. Эти исследования предполагают, что взаимодействия Gn-T нарушают специфические для пути IFN комплексы STING-TBK1-TRAF3 [65], и предполагают потенциальные механизмы регуляции IFN белком хантавируса.

    TULV представляет собой серотипически отличный непатогенный хантавирус [25, 26], который, в отличие от PHV, успешно реплицируется в ЭК человека. Это свидетельствует о его способности регулировать ответы IFN подобно патогенным хантавирусам [51, 105]. Предыдущие исследования, сравнивающие врожденный иммунный ответ клеток HTNV и TULV, показали, что ЭК, инфицированные TULV, вызывают более сильный ответ IFN β , который индуцирует MxA раньше, чем HTNV, и увеличивает репликацию HTNV [27]. Однако более низкая скорость репликации TULV в ЭК противоречит недавним исследованиям, в которых TULV успешно реплицируется в ЭК и достигает вирусных титров, аналогичных уровням, полученным после патогенной хантавирусной инфекции [51, 105–107].Эксперименты с ОТ-ПЦР, измеряющие уровни мРНК MxA и ISG56 в TULV-инфицированных EC, дополнительно демонстрируют, что TULV регулирует ранние ответы IFN, аналогичные патогенным хантавирусам. По сравнению с PHV, TULV подавлял ответы MxA и ISG56 через 1 день после заражения [51].

    Анализ TULV Gn-T также показал его способность ингибировать TBK1-направленные транскрипционные ответы от промоторов ISRE, IFN β и κ B, аналогичных патогенным хантавирусам [51]. Однако, в отличие от патогенного хантавируса Gn-Ts, TULV Gn-T не может связываться с TRAF3 [51].Чтобы картировать расположение регуляции IFN в Gn-Ts, исследовали способность усеченных экспрессированных белков Gn-T. С-концевые 42 остатка Gn-T TULV блокировали TBK1- и RIG-I-направленные ISRE и IFN-транскрипционные ответы, хотя неясно, как TULV Gn-T ингибирует индукцию IFN в отсутствие взаимодействий связывания TRAF3 [51] . Однако недавние данные с использованием мутантов дегрон NY-1V предполагают, что взаимодействия TRAF3 не требуются для белка, чтобы регулировать ответы IFN, но вместо этого являются функцией взаимодействий degron, которые могут привлекать TRAF3 или связанный с TRAF3 лигазный комплекс E3 в Gn-Ts. .Пока неясно, какие компоненты комплекса и остатки Gn-T необходимы для регуляции активации сигнального пути IFN и транскрипционных ответов [51]. Эти результаты демонстрируют необходимость изучения взаимодействий Gn-T с отдельными компонентами комплекса STING-TBK1-IRF3 для выяснения этого механизма регуляции IFN (Рисунок 1).

    Было предложено несколько гипотез о том, как хантавирусы регулируют клеточные ответы IFN. С-концевые 42 аминокислоты Gn-T патогенных хантавирусов содержат дегронный домен, который направляет убиквитинирование и протеасомную деградацию Gn [52].Связывание патогенного хантавируса Gn-T с TRAF3, убиквитинлигазой E3, вероятно, направляет убиквитинирование и деградацию патогенного хантавируса Gn-T [103, 108], хотя другое исследование PUUV предполагает, что все Gn-Ts убиквитинируются и деградируют [53 ]. Состояние убиквитинирования TRAF3 регулирует формирование TBK1-направленных транскрипционных ответов, и возможно, что взаимодействие между Gn-T некоторых хантавирусов и TRAF3 изменяет состояние убиквитинирования TRAF3 и, следовательно, ингибирует индукцию IFN [51, 52].Однако, если TRAF3 не является необходимым для регуляции IFN с помощью TULV Gn-T или NY-1V Gn-T с удаленным дегроном, также возможно, что хантавирус Gn-Ts обычно задействует другой компонент комплекса STING-TBK1-IRF3 [52] . Хотя взаимодействия Gn-хвоста хантавируса со STING еще предстоит исследовать, интересно, что Gn-T из NY-1V, ANDV и TULV блокируют TBK1-направленные ISRE, IFN β и NF- κ . Ответ транскрипции B, направляемый активацией комплекса STING-TBK1. Таким образом, ER-колокализованный Gn-T может связывать STING и препятствовать димеризации STING, рекрутированию TBK1 в STING или рекрутированию IRF3 в комплекс STING-TBK1 [60, 61, 65] (Рисунок 1).

    В настоящее время неизвестно, какие домены или остатки в цитоплазматическом хвосте необходимы для ингибирования ответов IFN [51], и необходимы дальнейшие исследования для определения хантавирусных механизмов регуляции IFN в ЭК человека. Идентификация регуляторных элементов IFN, вероятно, позволит ослабить патогенные хантавирусы путем создания хантавирусов, которые не способны регулировать ответы IFN в человеческих EC, но которые жизнеспособны в IFN-дефицитных клетках VeroE6.

    2.3.4. Ответ IFN как требование для патогенеза

    Патогенные хантавирусы блокируют ранние ответы IFN, но вызывают более поздние ответы ISG высокого уровня (через 1–4 дня после заражения) [49, 87].Несмотря на индукцию многих ISG в поздние сроки после заражения, хантавирусы успешно реплицируются в ЭК, и это открытие было подтверждено показателем того, что репликация может подавляться только в том случае, если IFN добавлен менее чем через 15 часов после заражения [87]. Таким образом, патогенные хантавирусы не только разработали механизмы, позволяющие обойти раннюю индукцию ответов IFN, но они также становятся устойчивыми к более поздним ответам IFN, которые в противном случае могли бы ограничивать репликацию хантавируса [52, 87, 89, 93, 95, 96]. Неспособность PHV регулировать ранние ответы IFN дает обоснование его ограничения в ЭК человека и на одном уровне объясняет, почему PHV неспособен быть патогеном человека.

    Хотя регуляция IFN, вероятно, является требованием для того, чтобы хантавирусы были патогенными, TULV регулирует ответы IFN, реплицируется в EC и, как известно, не вызывает каких-либо заболеваний человека [51]. Это демонстрирует, что хотя регуляция IFN, по-видимому, необходима для репликации хантавируса, регуляции IFN недостаточно для того, чтобы хантавирусы были патогенами человека. По сравнению с TULV и PHV, патогенные хантавирусы блокируют функцию рецепторов интегрина, которые обычно усиливают барьерные функции эндотелия для жидкости [105, 109, 110].В соответствии с этим TULV-инфекция ЭК не изменяет проницаемость ЭК, как патогенные хантавирусы, и это указывает на то, что существуют дополнительные вирусные детерминанты патогенеза [105, 109, 110]. Регуляция IFN, использование интегрина и ответы на проницаемость, измененные хантавирусом, вероятно, являются дискретными детерминантами патогенеза хантавируса, которые могут потребоваться вместе, чтобы позволить хантавирусам быть патогенами человека.

    3. Заключение

    В нескольких исследованиях установлено, что патогенные хантавирусы регулируют раннюю индукцию IFN-ответов, вмешиваясь в сигнальные пути IRF3 и NF- κ B, а вирусный Gn-T, вероятно, регулирует раннюю индукцию IFN [ 49–51, 87, 89, 95, 96].Было показано, что Gn-T ингибирует RIG-I- и TBK1-направленный IFN, ISRE и транскрипционные ответы κ B, хотя механизм, с помощью которого Gn-T нарушает TBK1-направленные сигнальные ответы IFN, еще предстоит определить [49, 50]. Вирусные белки, которые регулируют ответы IFN, время ранней регуляции IFN и механизмы регуляции IFN могут различаться между хантавирусами. Детерминанты ингибирования IFN расположены в C-концевых 42 остатках Gn-T, но, вероятно, они модифицированы остатками внутри полноразмерного хвоста, дегроном в некоторых белках и присутствием дополнительных белков хантавируса (N, NS и Pol ).Идентификация остатков, необходимых для регуляции IFN, позволит определить элементы, которые можно модифицировать, чтобы ослабить хантавирусы и прояснить механизмы антагонизма IFN [51].